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- PDB-8ygz: The Crystal Structure of TGF beta R2 kinase domain from Biortus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ygz
タイトルThe Crystal Structure of TGF beta R2 kinase domain from Biortus.
要素TGF-beta receptor type-2
キーワードTRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase / apoptosis / ATP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / activin receptor activity ...positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / activin receptor activity / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / miRNA transport / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / membranous septum morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / lung lobe morphogenesis / aorta morphogenesis / Langerhans cell differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / cardiac left ventricle morphogenesis / secondary palate development / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of T cell tolerance induction / endocardial cushion fusion / positive regulation of NK T cell differentiation / outflow tract septum morphogenesis / myeloid dendritic cell differentiation / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / activin binding / regulation of stem cell proliferation / type I transforming growth factor beta receptor binding / SMAD protein signal transduction / embryonic cranial skeleton morphogenesis / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of stem cell differentiation / glycosaminoglycan binding / kinase activator activity / response to cholesterol / transforming growth factor beta binding / aortic valve morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / lens development in camera-type eye / atrioventricular valve morphogenesis / embryonic hemopoiesis / artery morphogenesis / trachea formation / smoothened signaling pathway / activation of protein kinase activity / ventricular septum morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of epithelial cell migration / roof of mouth development / blood vessel development / heart looping / SMAD binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / outflow tract morphogenesis / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / vasculogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / gastrulation / Notch signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / brain development / caveola / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / UCH proteinases / heart development / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / in utero embryonic development / molecular adaptor activity / receptor complex / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / extracellular space / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TGF-beta receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of TGF beta R2 kinase domain from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.
履歴
登録2024年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_contact_author.email / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,31412
ポリマ－35,5871
非ポリマー72711
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.090, 75.020, 77.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-2 / TGFR-2 / TGF-beta type II receptor / Transforming growth factor-beta receptor type II / TGF-beta ...TGFR-2 / TGF-beta type II receptor / Transforming growth factor-beta receptor type II / TGF-beta receptor type II / TbetaR-II


分子量: 35587.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P37173, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 30% PEG4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18064 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.03 Å / Num. obs: 21483 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 1719 / CC1/2: 0.752

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→48.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.026 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1025 4.783 %
Rwork0.1949 20407 -
all0.198 --
obs-21432 99.944 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.145 Å20 Å20 Å2
2--0.344 Å2-0 Å2
3----1.488 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2310 0 47 176 2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.6473240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2631.5785294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2545292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48222.602123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73515416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8921514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1790.22173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.21142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21169
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1520.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1710.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5284.4021162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5224.3991161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9826.5751447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9816.5781448
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9984.8471246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9974.8491247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9437.0641790
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9427.0661791
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.67951.2542750
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.66750.9552711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1540.315660.2721490X-RAY DIFFRACTION100
2.154-2.2130.334840.2561424X-RAY DIFFRACTION100
2.213-2.2770.34550.2461408X-RAY DIFFRACTION99.7273
2.277-2.3470.319680.2341393X-RAY DIFFRACTION100
2.347-2.4240.331720.231312X-RAY DIFFRACTION99.9278
2.424-2.5090.349670.2071274X-RAY DIFFRACTION100
2.509-2.6040.255720.2071238X-RAY DIFFRACTION100
2.604-2.710.304620.1941189X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.830.268660.211146X-RAY DIFFRACTION99.9176
2.83-2.9680.286590.2071094X-RAY DIFFRACTION100
2.968-3.1280.229560.1941054X-RAY DIFFRACTION100
3.128-3.3170.243450.1991002X-RAY DIFFRACTION100
3.317-3.5450.214400.192962X-RAY DIFFRACTION99.9003
3.545-3.8270.216480.174876X-RAY DIFFRACTION100
3.827-4.190.166370.156813X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.6820.281360.153758X-RAY DIFFRACTION100
4.682-5.3990.282270.177669X-RAY DIFFRACTION100
5.399-6.5960.218320.215566X-RAY DIFFRACTION100
6.596-9.2590.193180.199455X-RAY DIFFRACTION99.789
9.259-48.030.282150.214284X-RAY DIFFRACTION98.6799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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