PDB-8ygy: Structure of the KLK1 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ygy

タイトル

Structure of the KLK1 from Biortus.

要素

Kallikrein-1

キーワード

HYDROLASE / Protease / Serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

tissue kallikrein / regulation of systemic arterial blood pressure / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / zymogen activation / secretory granule / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.401 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Xu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the KLK1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Xu, Y.

履歴

登録	2024年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_contact_author.email / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ygy.cif.gz	68.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ygy.ent.gz	45.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ygy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ygy_validation.pdf.gz	769 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ygy_full_validation.pdf.gz	769.5 KB	表示
XML形式データ	8ygy_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	8ygy_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/8ygy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/8ygy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kallikrein-1

ヘテロ分子

27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.708, 68.590, 80.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質

Kallikrein-1 / Kidney/pancreas/salivary gland kallikrein / Tissue kallikrein

分子量: 26429.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06870, tissue kallikrein

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 513.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 25% PEG3,350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.18082 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18082 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→45.75 Å / Num. obs: 9127 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.981 / Num. unique obs: 513

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.401→45.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 10.33 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.808 / ESU R Free: 0.301 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	439	4.823 %
R_work	0.1803	8664	-
all	0.183	-	-
obs	-	9103	87.782 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.974 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.543 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.631 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.173 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.401→45.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1855	0	51	98	2004

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.996	1.807	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.353	1.742	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.489	5	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.742	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.159	10	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.641	10	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	979
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.088	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.092	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.315	3.382	951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.311	3.381	951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.294	6.076	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.295	6.078	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.538	3.695	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.537	3.697	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.698	6.695	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.697	6.696	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.44	33.991	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.434	34.017	2094

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.401-2.463	0.238	16	0.284	329	0.282	732	0.944	0.928	47.1311	0.258
2.463-2.53	0.303	14	0.283	379	0.283	737	0.921	0.936	53.3243	0.253
2.53-2.603	0.274	21	0.251	420	0.252	697	0.938	0.948	63.2712	0.214
2.603-2.683	0.339	21	0.256	494	0.26	704	0.933	0.938	73.1534	0.217
2.683-2.771	0.335	36	0.237	560	0.244	662	0.935	0.958	90.0302	0.192
2.771-2.868	0.221	41	0.221	609	0.221	665	0.963	0.965	97.7444	0.187
2.868-2.975	0.272	27	0.172	593	0.177	620	0.947	0.979	100	0.14
2.975-3.096	0.215	26	0.195	582	0.195	609	0.972	0.976	99.8358	0.166
3.096-3.233	0.268	23	0.178	560	0.181	585	0.939	0.977	99.6581	0.149
3.233-3.39	0.217	32	0.172	521	0.174	553	0.964	0.981	100	0.15
3.39-3.573	0.236	30	0.162	514	0.165	544	0.962	0.983	100	0.141
3.573-3.788	0.268	22	0.163	480	0.168	502	0.96	0.983	100	0.144
3.788-4.048	0.158	17	0.15	466	0.15	483	0.986	0.986	100	0.133
4.048-4.369	0.156	17	0.132	424	0.133	441	0.985	0.99	100	0.121
4.369-4.782	0.203	21	0.149	394	0.151	419	0.971	0.986	99.0453	0.136
4.782-5.339	0.247	25	0.13	354	0.137	379	0.972	0.989	100	0.118
5.339-6.151	0.22	15	0.188	329	0.189	344	0.973	0.978	100	0.161
6.151-7.499	0.312	20	0.201	281	0.208	302	0.944	0.978	99.6689	0.178
7.499-10.466	0.373	8	0.178	227	0.183	235	0.962	0.98	100	0.164
10.466-45.75	0.321	7	0.283	148	0.285	156	0.979	0.949	99.359	0.267

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)