PDB-8ygw: The Crystal Structure of MAPK11 from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ygw

タイトル

The Crystal Structure of MAPK11 from Biortus

要素

Mitogen-activated protein kinase 11

キーワード

TRANSCRIPTION / Kinase / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / Stress response / Transcription regulation / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to UV-B / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.301 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of MAPK11 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.

履歴

登録	2024年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ygw.cif.gz	83.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ygw.ent.gz	59.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ygw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ygw_validation.pdf.gz	702.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ygw_full_validation.pdf.gz	703.5 KB	表示
XML形式データ	8ygw_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8ygw_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/8ygw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/8ygw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 11

ヘテロ分子

41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.061, 61.860, 147.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 11 / MAP kinase 11 / MAPK 11 / Mitogen-activated protein kinase p38 beta / MAP kinase p38 beta / p38b / ...MAP kinase 11 / MAPK 11 / Mitogen-activated protein kinase p38 beta / MAP kinase p38 beta / p38b / Stress-activated protein kinase 2b / SAPK2b / p38-2 分子量: 41407.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK11, PRKM11, SAPK2, SAPK2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15759, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-B96 / 1-(5-TERT-BUTYL-2-P-TOLYL-2H-PYRAZOL-3-YL)-3-[4-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHOXY)-NAPHTHALEN-1-YL]-UREA / BIRB-796 分子量: 527.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₃₇N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH6.5, 28% PEGMME2,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→49.15 Å / Num. obs: 5815 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 3.3→3.57 Å / R_merge(I) obs: 0.827 / Num. unique obs: 1159

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.301→49.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 35.3 / SU ML: 0.538 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.654 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2781	284	4.913 %
R_work	0.2054	5496	-
all	0.209	-	-
obs	-	5780	99.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.808 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.978 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.254 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.301→49.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2632	0	39	26	2697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.685	1.649	3705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.239	1.562	5850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.281	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.609	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.107	10	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.801	10	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.032	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	542
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.049	8.202	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.048	8.203	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.606	12.302	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.606	12.302	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.598	8.26	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.597	8.257	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.862	12.333	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.861	12.331	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.091	103.564	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.09	103.554	3127

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.301-3.386	0.35	15	0.277	378	X-RAY DIFFRACTION	100
3.386-3.478	0.339	31	0.275	388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.478-3.578	0.343	9	0.274	386	X-RAY DIFFRACTION	100
3.578-3.688	0.291	14	0.275	361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.688-3.808	0.344	21	0.241	349	X-RAY DIFFRACTION	100
3.808-3.941	0.225	17	0.233	350	X-RAY DIFFRACTION	99.7283
3.941-4.089	0.347	14	0.21	328	X-RAY DIFFRACTION	100
4.089-4.254	0.33	17	0.195	318	X-RAY DIFFRACTION	100
4.254-4.442	0.294	20	0.188	311	X-RAY DIFFRACTION	100
4.442-4.657	0.253	20	0.17	285	X-RAY DIFFRACTION	100
4.657-4.906	0.266	18	0.185	293	X-RAY DIFFRACTION	100
4.906-5.2	0.191	9	0.176	266	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2-5.554	0.196	12	0.175	259	X-RAY DIFFRACTION	100
5.554-5.992	0.273	10	0.196	228	X-RAY DIFFRACTION	100
5.992-6.554	0.258	14	0.208	237	X-RAY DIFFRACTION	100
6.554-7.31	0.34	16	0.163	190	X-RAY DIFFRACTION	100
7.31-8.408	0.27	12	0.172	181	X-RAY DIFFRACTION	100
8.408-10.217	0.366	5	0.151	168	X-RAY DIFFRACTION	100
10.217-14.125	0.139	8	0.145	128	X-RAY DIFFRACTION	100
14.125-49.15	0.302	2	0.328	92	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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