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- PDB-8yg2: Crystal structure of amyloidogenic peptide Piv-NFGAIL-NH2 from Is... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yg2
タイトルCrystal structure of amyloidogenic peptide Piv-NFGAIL-NH2 from Islet Amyloid Polypeptide
要素Amyloidogenic peptide from Islet Amyloid Polypeptide
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid / CASL
機能・相同性FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Sawazaki, T. / Sasaki, D. / Sohma, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Catalysis driven by an amyloid-substrate complex.
著者: Sawazaki, T. / Sasaki, D. / Sohma, Y.
履歴
登録2024年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloidogenic peptide from Islet Amyloid Polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7622
ポリマ－7161
非ポリマー461
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)4.864, 20.466, 20.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 88.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloidogenic peptide from Islet Amyloid Polypeptide


分子量: 715.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 15.15 % / 解説: Needle
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Formic acid / PH範囲: 2.0-3.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→20.47 Å / Num. obs: 1063 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 59.11
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Num. unique obs: 55 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALS2.2.10データ削減
DIALS2.2.10データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→20.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 0.881 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.069
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 63 5.977 %
Rwork0.174 --
obs-1054 91.1 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 5.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.115 Å20 Å20.189 Å2
2---0.011 Å20 Å2
3---0.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→20.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数51 0 3 0 54
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7331.9282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0452.001157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.77756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.44626.6673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.912155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.26
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.0140.23
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.230.54323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2310.6524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.3760.81726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.380.82527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2060.67444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.2050.56343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.220.88552
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.2190.95653
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1 -
Rwork0.243 74 -
obs--94.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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