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万見
- PDB-8yfy: CRYSTAL STRUCTURE OF THE EST1 H274D MUTANT AT PH 4.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yfy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE EST1 H274D MUTANT AT PH 4.2
要素Carboxylesterase
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA-HYDRORASE FOLD / CARBOXYLESTERASE
機能・相同性Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / : / carboxylesterase / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Carboxylesterase
機能・相同性情報
生物種Saccharolobus shibatae (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Unno, H. / Oshima, Y. / Nishino, T. / Nakayama, T. / Kusunoki, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2024
タイトル: Lowering pH optimum of activity of SshEstI, a slightly alkaliphilic archaeal esterase of the hormone-sensitive lipase family.
著者: Ohara, K. / Oshima, Y. / Unno, H. / Nagano, S. / Kusunoki, M. / Takahashi, S. / Waki, T. / Yamashita, S. / Nakayama, T.
履歴
登録2024年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8212
ポリマ－33,5281
非ポリマー2921
水4,666259
1
A: Carboxylesterase
ヘテロ分子

A: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6414
ポリマ－67,0572
非ポリマー5852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area3320 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.096, 71.817, 137.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-631-

HOH

21A-750-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carboxylesterase


分子量: 33528.344 Da / 分子数: 1 / 変異: H274D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: SshEstI, J5U21_01394, J5U22_01308 / プラスミド: PTC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5NU42, carboxylesterase
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: 12% PEG 3000, 200 MM NACL, 100 MM PHOSPHATE-CITRATE, PH 4.2, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月22日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→18.7 Å / Num. obs: 46275 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 18.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 46275 / % possible all: 78.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→18.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.935 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 2334 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.156 43939 90.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→18.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2338 0 20 259 2617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9853313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78135294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6555301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26123.524105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.8215397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5051516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.22481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2470.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9141.51926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1641.5611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08522437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91331096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6624.5873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 136 -
Rwork0.199 2568 -
obs--72.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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