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- PDB-8yfl: crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122pS123 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yfl
タイトルcrystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122pS123
要素
  • RB1-inducible coiled-coil protein 1
  • TNIP1_FIR_pS122pS123 peptide
キーワードPROTEIN BINDING / phosphorylation / selective mitophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein lipidation / ribophagy / Atg1/ULK1 kinase complex / autophagy of peroxisome / glycophagy / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / autophagy of mitochondrion / reticulophagy ...regulation of protein lipidation / ribophagy / Atg1/ULK1 kinase complex / autophagy of peroxisome / glycophagy / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / autophagy of mitochondrion / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome membrane / positive regulation of cell size / autophagosome assembly / positive regulation of autophagy / protein-membrane adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / liver development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / autophagy / heart development / nuclear membrane / molecular adaptor activity / lysosome / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11
類似検索 - ドメイン・相同性
RB1-inducible coiled-coil protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lv, M.Q. / Wu, S.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32293213, 32100958, 32090042 and 31870760 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for TNIP1 binding to FIP200 during mitophagy.
著者: Wu, S. / Li, M. / Wang, L. / Yang, L. / Cui, J. / Li, F. / Wang, Q. / Shi, Y. / Lv, M.
履歴
登録2024年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: TNIP1_FIR_pS122pS123 peptide
C: RB1-inducible coiled-coil protein 1
D: TNIP1_FIR_pS122pS123 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0518
ポリマ－26,6564
非ポリマー3944
水3,729207
1
A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: TNIP1_FIR_pS122pS123 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6305
ポリマ－13,3282
非ポリマー3023
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6270 Å2
手法PISA
2
C: RB1-inducible coiled-coil protein 1
D: TNIP1_FIR_pS122pS123 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4203
ポリマ－13,3282
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.923, 60.923, 65.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 RB1-inducible coiled-coil protein 1 / FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa / FIP200


分子量: 12039.970 Da / 分子数: 2 / 断片: claw domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDY2
#2: タンパク質・ペプチド TNIP1_FIR_pS122pS123 peptide


分子量: 1288.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% w/v PEG 6000, 0.1M MES, 5% v/v MPD, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→26.38 Å / Num. obs: 43384 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2076 / CC1/2: 0.966

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→26.38 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 2075 4.78 %
Rwork0.2003 --
obs0.2011 43381 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1648 0 26 207 1881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7222311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7231014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5001-1.5350.30431230.26032708X-RAY DIFFRACTION97
1.535-1.57330.26481280.24622756X-RAY DIFFRACTION100
1.5733-1.61590.21281260.23942766X-RAY DIFFRACTION100
1.6159-1.66340.25211960.21752693X-RAY DIFFRACTION100
1.6634-1.71710.24881540.21642765X-RAY DIFFRACTION100
1.7171-1.77850.21100.20312769X-RAY DIFFRACTION100
1.7785-1.84960.2611540.20642774X-RAY DIFFRACTION100
1.8496-1.93380.26381260.19852726X-RAY DIFFRACTION100
1.9338-2.03570.20121160.20112826X-RAY DIFFRACTION100
2.0357-2.16320.21621520.19892715X-RAY DIFFRACTION100
2.1632-2.33010.24011420.20472782X-RAY DIFFRACTION100
2.3301-2.56440.23041250.21752768X-RAY DIFFRACTION100
2.5644-2.93510.21271560.21512741X-RAY DIFFRACTION100
2.9351-3.69630.19481480.18612731X-RAY DIFFRACTION100
3.6963-26.380.20711190.18532786X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3548-2.77321.2864.1164-0.64923.0387-0.0964-0.2084-0.16250.10780.18590.08540.1745-0.2659-0.08360.2053-0.0246-0.00580.2402-0.01020.1958-6.33675.5779-8.3682
26.5981-1.71561.10961.8247-0.8053.05060.15580.2506-0.1413-0.0633-0.07490.08850.3016-0.0254-0.07630.25160.00250.00340.19250.01180.1986-22.467514.8755-25.8705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1492 through 1591)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and resid 1492 through 1591)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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