PDB-8yfh: Structure of alpha-1,3-glucanase agn1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yfh

タイトル

Structure of alpha-1,3-glucanase agn1

要素

Glucan endo-1,3-alpha-glucosidase agn1

キーワード

HYDROLASE / glucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan endo-1,3-alpha-glucosidase / cell septum edging catabolic process / glucan endo-1,3-alpha-glucosidase activity / fungal-type cell wall disassembly involved in conjugation with cellular fusion / mating projection actin fusion focus / mating projection tip / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe DM3650 (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Horaguch, Y. / Yano, S. / Makabe, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of alpha-1,3-glucanase agn1
著者: Horaguchi, Y. / Yano, S. / Makabe, K.

履歴

登録	2024年2月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yfh.cif.gz	308.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yfh.ent.gz	212.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/8yfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/8yfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucan endo-1,3-alpha-glucosidase agn1

B: Glucan endo-1,3-alpha-glucosidase agn1

C: Glucan endo-1,3-alpha-glucosidase agn1

134 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Glucan endo-1,3-alpha-glucosidase agn1

登録者が定義した集合体
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B: Glucan endo-1,3-alpha-glucosidase agn1

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44.5 kDa, 1 ポリマー
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C: Glucan endo-1,3-alpha-glucosidase agn1

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.534, 114.514, 109.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.236, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glucan endo-1,3-alpha-glucosidase agn1 / Endo-1 / 3-alpha-glucanase agn1 分子量: 44534.848 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe DM3650 (分裂酵母) 遺伝子: agn1, SPAC14C4.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13716, glucan endo-1,3-alpha-glucosidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.9M Disodium Malonate, 0.1M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→48.01 Å / Num. obs: 158150 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / Num. unique obs: 7813 / CC_1/2: 0.791

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→19.99 Å / SU ML: 0.1602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.0924
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	7578	4.96 %
R_work	0.1654	145243	-
obs	0.1667	152821	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9459	0	0	1162	10621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	9753
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7762	13353
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	1725
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9774	1311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.2638	236	0.2297	4852	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.82-1.84	0.2578	251	0.2236	4852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2698	249	0.2101	4792	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.86-1.89	0.2296	227	0.2062	4855	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.89-1.91	0.2568	257	0.2021	4837	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.91-1.94	0.2443	257	0.1997	4822	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.94-1.97	0.2136	256	0.1881	4795	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.97-2	0.2198	261	0.1809	4816	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2-2.03	0.2162	269	0.1791	4841	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.03-2.06	0.2083	267	0.1795	4822	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.06-2.1	0.2033	256	0.1737	4820	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.1-2.13	0.21	247	0.1748	4809	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.13-2.17	0.2107	233	0.1692	4854	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.17-2.22	0.2092	249	0.1662	4792	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.22-2.27	0.1963	256	0.1724	4866	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.27-2.32	0.205	253	0.1683	4843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.1933	243	0.1757	4834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2167	238	0.1683	4852	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.44-2.51	0.2083	255	0.1761	4806	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.51-2.59	0.2134	239	0.1743	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.69	0.2063	255	0.1779	4809	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.69-2.79	0.2037	242	0.1827	4879	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.79-2.92	0.2108	239	0.1834	4854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.07	0.2258	258	0.1797	4822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.1871	278	0.1718	4842	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.27-3.52	0.1842	298	0.1603	4822	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.52-3.87	0.1915	260	0.1446	4855	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.87-4.42	0.1472	234	0.1271	4865	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.42-5.55	0.1285	239	0.1328	4910	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.55-19.99	0.1579	276	0.1634	4929	X-RAY DIFFRACTION	99.83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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