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- PDB-8yf5: Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yf5
タイトルCryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
要素
  • 5'-3' exoribonuclease
  • Decapping nuclease
  • Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcription termination / RNA polymerase II
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclease activity / mRNA 3'-end processing / exonuclease activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / DNA-templated transcription termination ...mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclease activity / mRNA 3'-end processing / exonuclease activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / DNA-templated transcription termination / mRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease ...: / 5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS
類似検索 - ドメイン・相同性
Decapping nuclease / Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein / 5'-3' exoribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Yanagisawa, T. / Murayama, Y. / Ehara, H. / Sekine, S.I.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of eukaryotic transcription termination by the Rat1 exonuclease complex.
著者: Tatsuo Yanagisawa / Yuko Murayama / Haruhiko Ehara / Mie Goto / Mari Aoki / Shun-Ichi Sekine /
要旨: The 5´-3´ exoribonuclease Rat1/Xrn2 is responsible for the termination of eukaryotic mRNA transcription by RNAPII. Rat1 forms a complex with its partner proteins, Rai1 and Rtt103, and acts as a ...The 5´-3´ exoribonuclease Rat1/Xrn2 is responsible for the termination of eukaryotic mRNA transcription by RNAPII. Rat1 forms a complex with its partner proteins, Rai1 and Rtt103, and acts as a "torpedo" to bind transcribing RNAPII and dissociate DNA/RNA from it. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the Rat1-Rai1-Rtt103 complex and three Rat1-Rai1-associated RNAPII complexes (type-1, type-1b, and type-2) from the yeast, Komagataella phaffii. The Rat1-Rai1-Rtt103 structure revealed that Rat1 and Rai1 form a heterotetramer with a single Rtt103 bound between two Rai1 molecules. In the type-1 complex, Rat1-Rai1 forms a heterodimer and binds to the RNA exit site of RNAPII to extract RNA into the Rat1 exonuclease active site. This interaction changes the RNA path in favor of termination (the "pre-termination" state). The type-1b and type-2 complexes have no bound DNA/RNA, likely representing the "post-termination" states. These structures illustrate the termination mechanism of eukaryotic mRNA transcription.
履歴
登録2024年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-3' exoribonuclease
B: Decapping nuclease
C: 5'-3' exoribonuclease
D: Decapping nuclease
E: Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,0945
ポリマ－362,0945
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 5'-3' exoribonuclease


分子量: 115314.461 Da / 分子数: 2 / 変異: D233A, D235A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: RAT1, PP7435_Chr3-0338 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: F2QV79, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Decapping nuclease


分子量: 44595.996 Da / 分子数: 2 / 変異: E213A, D215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: RAI1, PP7435_Chr1-1057 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌)
参照: UniProt: F2QLF5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#3: タンパク質 Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein


分子量: 42272.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: RTT103, PP7435_Chr1-0928 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QNA8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulphonic acidHEPES1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
310 mMpotassium chlorideKCl1
41 mMmagnesium chlorideMgCl21
51 mMTris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: EMGP2

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm
撮影電子線照射量: 61.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77924 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00318933
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52125599
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.7992479
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412725
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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