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- PDB-8yec: Crystal structure of L-ribulose 3-epimerase in complex with D-allulose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yec
タイトルCrystal structure of L-ribulose 3-epimerase in complex with D-allulose
要素Ketose 3-epimerase
キーワードISOMERASE / D-allulose / ketose 3-epimerase / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用 / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / manganese ion binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-fructose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / D-psicose / Ketose 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Watanabe, M. / Nakamichi, Y. / Mine, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of L-ribulose 3-epimerase in complex with D-allulose
著者: Watanabe, M. / Nakamichi, Y. / Mine, S.
履歴
登録2024年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Ketose 3-epimerase
F: Ketose 3-epimerase
A: Ketose 3-epimerase
B: Ketose 3-epimerase
C: Ketose 3-epimerase
D: Ketose 3-epimerase
G: Ketose 3-epimerase
H: Ketose 3-epimerase
I: Ketose 3-epimerase
J: Ketose 3-epimerase
K: Ketose 3-epimerase
L: Ketose 3-epimerase
M: Ketose 3-epimerase
N: Ketose 3-epimerase
O: Ketose 3-epimerase
P: Ketose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,61773
ポリマ－517,17316
非ポリマー6,44457
水10,485582
1
E: Ketose 3-epimerase
F: Ketose 3-epimerase
G: Ketose 3-epimerase
H: Ketose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,87818
ポリマ－129,2934
非ポリマー1,58414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11410 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area38420 Å2
手法PISA
2
A: Ketose 3-epimerase
B: Ketose 3-epimerase
C: Ketose 3-epimerase
D: Ketose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,98419
ポリマ－129,2934
非ポリマー1,69115
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area38370 Å2
手法PISA
3
I: Ketose 3-epimerase
J: Ketose 3-epimerase
M: Ketose 3-epimerase
N: Ketose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,87818
ポリマ－129,2934
非ポリマー1,58414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11500 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
4
K: Ketose 3-epimerase
L: Ketose 3-epimerase
ヘテロ分子

O: Ketose 3-epimerase
P: Ketose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,87818
ポリマ－129,2934
非ポリマー1,58414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area11340 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area38580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.425, 135.131, 151.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 16分子 EFABCDGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
Ketose 3-epimerase / D-allulose 3-epimerase / D-AE / L-ribulose 3-epimerase


分子量: 32323.332 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
遺伝子: DAE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1L7NQ96, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

-
糖 , 2種, 32分子

#2: 糖
ChemComp-PSJ / D-psicose / D-プシコ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖
ChemComp-FUD / D-fructose / フルクト-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 607分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
非ポリマーの詳細PSJ and FUD are in alternate conformations of each other.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M Sodium citrate/Citric acid pH5.5, 10% 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.2 Å / Num. obs: 625471 / % possible obs: 98.34 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 8.25
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 0.6174 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 17606 / CC1/2: 0.853 / CC star: 0.959 / Rpim(I) all: 0.3809 / Rrim(I) all: 0.7271

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 13.325 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.681 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25452 8921 5 %RANDOM
Rwork0.20737 ---
obs0.20976 169505 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.01 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35808 0 415 582 36805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01236885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01634207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2621.63950000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4361.56978710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15554662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.2155224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.854105855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.25664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0243552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1324.65818696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1294.65918696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9198.3723342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9198.37123343
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.625.02718189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.625.02718190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9189.07526659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.17156.45160513
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.1756.44160410
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.561 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 635 -
Rwork0.345 12063 -
obs--94.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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