PDB-8ye0: Crystal structure of KgpF prenyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ye0

タイトル

Crystal structure of KgpF prenyltransferase

要素

LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ripp / prenylation / prenyltransferase / abba fold

機能・相同性

Peptide O-prenyltransferase, LynF/TruF/PatF family / Family of unknown function (DUF5838) / transferase activity / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Microcystis aeruginosa NIES-88 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Hamada, K. / Inoue, S. / Goto, Y. / Suga, H. / Ogata, K. / Sengoku, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: De Novo Discovery of Pseudo-Natural Prenylated Macrocyclic Peptide Ligands.
著者: Inoue, S. / Thanh Nguyen, D. / Hamada, K. / Okuma, R. / Okada, C. / Okada, M. / Abe, I. / Sengoku, T. / Goto, Y. / Suga, H.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ye0.cif.gz	574.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ye0.ent.gz	396 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ye0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ye0_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ye0_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	8ye0_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	8ye0_validation.cif.gz	62.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/8ye0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/8ye0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

B: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

C: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

D: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
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1

A: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

ヘテロ分子

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2

B: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

ヘテロ分子

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3

C: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

ヘテロ分子

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4

D: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.681, 69.344, 86.426
Angle α, β, γ (deg.)	109.115, 93.102, 104.888
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase 分子量: 34024.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa NIES-88 (バクテリア) 遺伝子: EWV68_12770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A551Z2V8
#2: 化合物	ChemComp-PIS / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / THIOPYROPHOSPHATE 分子量: 193.033 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER 分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG2000MME, Bis-Tris, Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→43.64 Å / Num. obs: 69214 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.38 Å² / CC_1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.94→1.98 Å / Num. unique obs: 4404 / CC_1/2: 0.744

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MrBUMP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→43.64 Å / SU ML: 0.2641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.4017
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	1996	2.89 %
R_work	0.1908	67146	-
obs	0.1922	69142	97.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→43.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9203	0	96	353	9652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	9497
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7215	12869
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0508	1402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6121	1311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.99	0.3767	134	0.272	4747	X-RAY DIFFRACTION	94.63
1.99-2.04	0.2459	153	0.2384	4726	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.04-2.1	0.2707	140	0.2282	4703	X-RAY DIFFRACTION	95.86
2.1-2.17	0.2931	138	0.2212	4763	X-RAY DIFFRACTION	96.27
2.17-2.25	0.2862	139	0.2278	4760	X-RAY DIFFRACTION	97.53
2.25-2.34	0.2924	147	0.215	4766	X-RAY DIFFRACTION	97.13
2.34-2.44	0.2757	142	0.2188	4788	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.44-2.57	0.3078	141	0.2169	4799	X-RAY DIFFRACTION	97.53
2.57-2.73	0.2793	132	0.2117	4819	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.73-2.95	0.2703	145	0.2101	4821	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.95-3.24	0.259	153	0.197	4817	X-RAY DIFFRACTION	98.09
3.24-3.71	0.2201	141	0.1746	4883	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.71-4.67	0.1954	142	0.1538	4860	X-RAY DIFFRACTION	98.87
4.67-43.64	0.1852	149	0.1654	4894	X-RAY DIFFRACTION	99.47

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.67000786934	-6.41624704403	-3.22278751931	6.82238258093	2.55574306105	3.13502180509	-0.149773603586	0.208048580524	-0.962742428985	-0.096945678265	-0.196525721122	0.675677800685	0.351084577216	0.0419957881635	0.307084775883	0.241667832809	-0.0492940653312	-0.0475802172191	0.235427023146	-0.0156307563311	0.582243341663	-3.38423797066	-30.4383475723	27.0922242793
2	3.02879444226	-0.660420624689	-1.27359951515	1.71901340309	0.687139420368	2.32319707422	0.0830921212578	0.233873894293	-0.241198259992	-0.316812318435	-0.202000443527	0.263448006202	0.0183704700028	-0.177327411352	0.0727361751197	0.218671378192	0.0407281110876	-0.0981562069125	0.192436531604	-0.0188617990892	0.267016402267	1.85833100996	-19.1453779219	15.4085760108
3	1.29062181588	0.0138757441236	1.07272699506	1.30907476786	0.739531845423	3.37128166277	0.0508809677276	-0.0381431425444	0.0817147067333	-0.132279506446	0.0480608152023	-0.213722909992	-0.087874316166	0.253175636859	-0.085304105668	0.139192348406	-0.0074153907924	-0.0131309666335	0.192946614989	0.0142459497994	0.246564486107	17.8584314142	-9.7416955061	24.0809281536
4	3.26753045272	-0.674382929244	0.379915589897	2.31145119671	0.624816892242	5.19723893632	0.0680996841566	-0.302163670231	-0.140712200378	-0.00418068107764	-0.0262381630181	0.262295555635	0.186913204013	-0.259241845847	0.00385268538184	0.128656173697	-0.016918622943	-0.0410086242023	0.212121558307	0.00753784229549	0.223105628641	4.66606387807	-12.0724162233	35.0923800576
5	4.58225921568	-1.83071657935	-0.636250146947	6.35118996141	1.60910172156	1.71861538937	0.150591008972	-0.0227630612481	0.00039106445838	0.540444676487	0.038108167433	-0.608973056865	-0.0550083443652	0.278348967699	-0.144398573889	0.240791934409	-0.052932545196	-0.0862164942347	0.247535404254	-0.0727434806413	0.294415473747	11.7424506479	-30.2950032215	-13.584633175
6	3.64616366324	0.687542703855	-0.402639439497	2.75089097693	0.396452606263	3.44352282276	0.0814170982357	-0.208446024127	0.388184994339	0.330268773326	-0.00747338140835	-0.0603256139293	-0.402653605585	-0.0158906495977	-0.0402110218306	0.256552100956	0.000448759340045	-0.053002839492	0.171991193408	-0.0357153540018	0.221383995612	-2.71742898908	-25.2052154956	-11.0551824592
7	4.50120476182	2.3473779474	1.67630558193	4.12942104008	2.25514132525	2.45805349408	-0.0858112024332	-0.189233156306	0.498091424554	-0.194993942435	-0.12975671363	0.319673519129	-0.236584318129	-0.465187717398	0.182165832046	0.232699757874	0.06298645532	-0.0389958961346	0.260106495225	0.00088595410068	0.209285986451	-15.5411608451	-27.9277783775	-18.144649743
8	6.26872811123	-0.0624622871476	0.276755130691	1.78293340232	0.862982616155	3.81615684851	0.095438585247	0.4780511694	-0.379013754319	0.0335547505308	-0.0927633023263	0.114153300212	-0.071712930262	-0.188586176267	-0.019302958786	0.18698782149	-0.0190224157894	-0.0461227879383	0.258538006122	-0.00612201399606	0.158340070889	-11.6632646979	-38.7930199924	-28.9829025366
9	4.699896492	-0.650445549659	2.89875605564	4.38996129654	-0.994058605093	5.88542341365	0.0158986721763	0.480527520723	-0.115115527231	-0.0401281865446	0.122051110825	-0.190570312829	-0.153906085792	0.522924027935	-0.124071146781	0.179071165639	-0.0644187404451	-0.0211608558909	0.224564860484	-0.0446879569155	0.191548418585	1.73701865118	-36.7674098119	-28.6495300858
10	0.79320783993	0.594993304216	0.598219650539	2.01435485579	-0.0499368037467	2.78583786652	-0.238742957513	0.470838891635	-0.155038884851	-0.333649827267	0.704548521432	0.248546561119	0.56805247229	-0.452268217484	-0.503645925445	0.475591420279	-0.119148409225	-0.000560304852071	0.423596728437	0.0280460488826	0.358318169436	-31.5044636573	14.0934314575	-8.35138406537
11	0.997125886914	-0.207426220446	-0.489118655539	0.858019058567	-0.66176282525	2.94491008856	-0.256159259426	0.14920680327	-0.339741193546	0.157117919924	0.178309674396	0.388164521902	0.81262378143	-0.64189858109	-0.168670342478	0.992906861437	-0.30562025952	0.147268432636	0.562416414464	0.233961351811	0.201161525724	-27.322981082	6.19979404767	0.854146454402
12	2.13711766909	0.592444943639	-1.07329796598	1.6219779593	-1.18042769073	1.09739744831	-0.0693219492992	-0.154505502015	-0.15796332754	0.722656917165	0.138863516325	-0.232915564991	0.85068589969	-0.0373962912097	-0.100640452776	0.861650226884	-0.0921033318851	-0.147686455648	0.350321697007	0.053814908339	0.350193520543	-19.1491440942	8.71377876609	-4.48630485322
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 25 )	A	A	3 - 25	1 - 23
2	2	chain 'A' and (resid 26 through 141 )	A	A	26 - 141	24 - 139
3	3	chain 'A' and (resid 142 through 224 )	A	A	142 - 224	140 - 222
4	4	chain 'A' and (resid 225 through 290 )	A	A	225 - 290	223 - 288
5	5	chain 'B' and (resid 11 through 42 )	B	E	11 - 42	1 - 32
6	6	chain 'B' and (resid 43 through 141 )	B	E	43 - 141	33 - 131
7	7	chain 'B' and (resid 142 through 192 )	B	E	142 - 192	132 - 182
8	8	chain 'B' and (resid 193 through 248 )	B	E	193 - 248	183 - 238
9	9	chain 'B' and (resid 249 through 290 )	B	E	249 - 290	239 - 280
10	10	chain 'C' and (resid 1 through 25 )	C	I	1 - 25	1 - 25
11	11	chain 'C' and (resid 26 through 42 )	C	I	26 - 42	26 - 42
12	12	chain 'C' and (resid 43 through 90 )	C	I	43 - 90	43 - 90
13	13	chain 'C' and (resid 91 through 141 )	C	I	91 - 141	91 - 141
14	14	chain 'C' and (resid 142 through 192 )	C	I	142 - 192	142 - 192
15	15	chain 'C' and (resid 193 through 248 )	C	I	193 - 248	193 - 248
16	16	chain 'C' and (resid 249 through 262 )	C	I	249 - 262	249 - 262
17	17	chain 'C' and (resid 263 through 290 )	C	I	263 - 290	263 - 290
18	18	chain 'D' and (resid 11 through 70 )	D	M	11 - 70	1 - 60
19	19	chain 'D' and (resid 71 through 141 )	D	M	71 - 141	61 - 131
20	20	chain 'D' and (resid 142 through 165 )	D	M	142 - 165	132 - 155
21	21	chain 'D' and (resid 166 through 264 )	D	M	166 - 264	156 - 254
22	22	chain 'D' and (resid 265 through 290 )	D	M	265 - 290	255 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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