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- PDB-8ydd: Crystal structure of Nanog(R100A) in complex with Wdr5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ydd
タイトルCrystal structure of Nanog(R100A) in complex with Wdr5
要素
  • Homeobox protein NANOG
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードNUCLEAR PROTEIN / transcription factor / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of endodermal cell fate specification / negative regulation of cell fate commitment / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / mesodermal cell fate commitment / cellular response to erythropoietin / multidimensional cell growth / cell dedifferentiation / endodermal cell fate specification ...negative regulation of endodermal cell fate specification / negative regulation of cell fate commitment / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / mesodermal cell fate commitment / cellular response to erythropoietin / multidimensional cell growth / cell dedifferentiation / endodermal cell fate specification / regulation of stem cell division / cellular response to rapamycin / HATs acetylate histones / gonad development / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / tissue regeneration / Neddylation / embryonic pattern specification / MLL3/4 complex / stem cell division / negative regulation of stem cell differentiation / Set1C/COMPASS complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / histone methyltransferase complex / stem cell population maintenance / transcription factor binding / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / negative regulation of BMP signaling pathway / somatic stem cell population maintenance / BMP signaling pathway / response to retinoic acid / : / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / : / stem cell differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / mitotic spindle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site ...: / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 5 / Homeobox protein NANOG
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, D. / Shi, X. / Zhao, L. / Wu, B. / Chen, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670748 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970576 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071195 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900934 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Nanog(R100A) in complex with Wdr5
著者: Wang, D. / Shi, X. / Zhao, L. / Wu, B. / Chen, Y. / Li, Y.
履歴
登録2024年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
C: WD repeat-containing protein 5
D: Homeobox protein NANOG
E: Homeobox protein NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0605
ポリマ-118,0605
非ポリマー00
8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.667, 87.604, 96.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein / WD repeat-containing protein BIG-3


分子量: 34390.992 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Wdr5, Big, Big3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61965
#2: タンパク質 Homeobox protein NANOG / ES cell-associated protein 4 / Early embryo specific expression NK-type homeobox protein / Homeobox ...ES cell-associated protein 4 / Early embryo specific expression NK-type homeobox protein / Homeobox transcription factor Nanog


分子量: 7443.760 Da / 分子数: 2 / Mutation: R100A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nanog, Ecat4, Enk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80Z64
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月14日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 49782 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.803 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.546.90.6524630.8030.9440.2660.7030.46999.9
2.54-2.596.90.5724820.8530.960.2330.6160.473100
2.59-2.646.80.5824660.8380.9550.240.6290.47100
2.64-2.696.80.49324720.8740.9660.2040.5340.486100
2.69-2.756.60.44824680.8930.9710.1880.4860.4899.9
2.75-2.826.20.39824670.9020.9740.1740.4350.477100
2.82-2.896.60.37824830.9270.9810.1570.410.484100
2.89-2.967.10.34625030.9460.9860.1390.3730.47699.9
2.96-3.057.10.29824860.9560.9890.120.3210.485100
3.05-3.1570.25224610.9660.9910.1020.2730.485100
3.15-3.2670.21624920.9760.9940.0870.2330.51299.9
3.26-3.396.90.17324740.9820.9950.070.1870.527100
3.39-3.556.70.1524960.9810.9950.0620.1630.56799.9
3.55-3.736.20.12725090.9860.9960.0550.1380.57599.8
3.73-3.977.20.12124840.990.9980.0480.130.581100
3.97-4.277.20.10124840.9920.9980.040.1090.60699.9
4.27-4.770.0925020.9930.9980.0360.0970.60699.9
4.7-5.386.40.08225150.9940.9990.0340.0890.51899.8
5.38-6.786.90.09725040.9930.9980.040.1050.44399.7
6.78-506.60.07425710.9960.9990.0310.0810.56999.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→37.57 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 1991 4.04 %
Rwork0.1736 --
obs0.1755 49282 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7985 0 0 469 8454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97311125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2291072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.2751460.21063148X-RAY DIFFRACTION94
2.56-2.630.27181330.21153349X-RAY DIFFRACTION98
2.63-2.70.28111420.20113348X-RAY DIFFRACTION98
2.7-2.790.23691420.19573354X-RAY DIFFRACTION99
2.79-2.890.26681380.20333372X-RAY DIFFRACTION99
2.89-3.010.25191400.19553395X-RAY DIFFRACTION99
3.01-3.140.24451400.18643408X-RAY DIFFRACTION99
3.14-3.310.23581440.17833374X-RAY DIFFRACTION99
3.31-3.520.23971430.16553406X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.790.1691440.15393395X-RAY DIFFRACTION99
3.79-4.170.19991430.14873429X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.770.18431470.13763421X-RAY DIFFRACTION100
4.77-6.010.19241360.16193438X-RAY DIFFRACTION99
6.01-37.570.20721530.18983454X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3667-0.33130.7731.20040.05560.980.1813-0.0498-0.19610.2304-0.08160.25260.1898-0.0806-0.06970.179-0.03-0.00130.14150.01770.2003-25.7265.207-26.826
21.16840.0118-0.21650.7479-0.20081.31440.02140.15550.0154-0.10410.0843-0.10520.10790.0609-0.12280.17930.0034-0.01790.1495-0.01930.1789-32.25411.375-40.806
30.85450.77460.09311.2980.32831.0647-0.01560.12410.0479-0.15140.05360.0711-0.0626-0.05230.00260.1480.0077-0.00250.17620.04080.2007-31.51526.385-37.38
42.2770.3158-0.33050.5911-0.23250.61120.3475-0.27030.40110.3789-0.25770.3308-0.10570.1070.00810.2379-0.03990.04390.20710.00420.3063-26.30637.328-30.374
50.3686-0.24950.31532.33760.30851.2106-0.1562-0.07320.29960.18330.0829-0.1414-0.0621-0.04360.07410.1888-0.0019-0.00860.1854-0.02340.2391-21.68828.089-22.48
60.2735-0.17510.46271.3639-0.1190.94580.10110.2001-0.03080.0991-0.0679-0.0069-0.1928-0.18780.06390.21830.0215-0.0440.17370.01580.0995-21.44817.508-17.746
71.4057-0.7776-0.57952.36571.41072.16-0.1378-0.2670.01430.48530.3827-0.26840.30090.437-0.12930.1984-0.0069-0.04830.16510.00370.2017-16.27216.919-15.254
81.29930.46280.86471.6250.0930.55780.1025-0.2528-0.21880.3759-0.0838-0.04160.20620.045-0.05390.2617-0.0185-0.04760.12590.00970.1918-21.9938.632-21.812
91.2975-0.15810.28671.3162-0.79470.85830.0917-0.1835-0.00110.3533-0.05020.0787-0.07890.0054-0.06030.2489-0.0245-0.00050.131-0.03460.1487-18.244-11.257-20.059
101.6538-0.663-0.04561.4131-0.75420.5818-0.0826-0.21780.28540.0433-0.0905-0.18290.06360.09390.21170.2282-0.0027-0.02220.17480.00910.2195-11.035-7.543-28.393
110.60140.32280.02241.5489-0.13690.79430.03590.0326-0.0721-0.0982-0.0574-0.1190.02610.11760.00170.11080.00690.01270.1475-0.01440.1736-8.302-26.599-35.641
121.5712-0.0448-0.30291.9394-0.0951.9405-0.1801-0.0001-0.28480.13550.04350.08860.27690.11970.09870.1946-0.02610.03190.16210.02420.1748-18.005-33.554-19.862
130.92780.3689-0.83511.9625-0.23750.96560.0443-0.15720.00670.218-0.01930.15480.0226-0.03720.01520.17550.0002-0.00530.1288-0.02350.1712-18.97-17.949-15.483
141.224-0.1182-0.64960.65290.26060.8415-0.1219-0.3278-0.21020.35390.0473-0.1385-0.0738-0.09320.03650.27220.01850.04520.3431-0.01810.063617.5867.654-8.08
151.5576-0.091-0.25761.16410.21172.7171-0.0988-0.1495-0.17130.14490.0803-0.03140.07430.18090.06890.1274-0.00230.02570.1725-0.00060.174826.8370.103-22.6
161.7494-0.6814-0.47290.81091.34453.0748-0.12910.08380.1082-0.22960.02860.4512-0.6812-0.3459-0.04050.2816-0.00080.00770.2125-0.0140.150815.1037.879-32.898
171.3108-0.5771-0.89791.7910.65823.32380.0935-0.12780.2151-0.1286-0.11720.1628-0.7686-0.45310.00380.35230.06370.00370.2761-0.04240.19712.74815.245-17.304
182.17530.69120.36392.8237-0.02362.0516-0.195-0.0223-0.0515-0.3659-0.27320.7429-0.1824-0.64020.21830.2427-0.0009-0.02510.1871-0.02730.18827.4853.698-50.136
191.86040.7116-0.38611.6670.83191.545-0.0909-0.4032-0.09180.1498-0.07670.2469-0.3112-0.0660.19490.1579-0.0106-0.05640.24210.02170.191136.0687.143-44.304
201.4872-0.14191.0620.7885-0.14591.5465-0.2410.01980.09410.01660.0763-0.3735-0.18610.61690.17640.19270.00270.02110.2450.02590.265836.7038.562-53.685
210.5582-0.27970.84932.24980.28811.5276-0.4895-0.15430.21950.04560.37990.0416-0.27570.5930.20820.22360.0057-0.09560.26930.02530.33728.37619.927-63.166
222.31730.6732-0.6852.52670.16220.2671-0.0531-0.26130.2052-0.19950.0383-0.31460.21210.19260.13430.19930.00930.03030.1526-0.01670.2798-9.35640.644-37.706
230.69241.1249-0.73818.9066-0.11471.0052-0.31080.17250.0996-0.94050.27590.44720.0025-0.35990.19730.12990.0438-0.01030.2656-0.03740.2322-15.16835.29-49.565
245.47681.2839-1.82020.6634-0.14970.8331-0.56240.4484-0.43740.21820.2517-0.12150.9938-0.30580.24890.35670.01560.02720.2713-0.0960.4052-9.39924.928-52.141
250.9439-0.2819-0.37520.84190.46010.85670.05350.1796-0.07950.01260.1204-0.1386-0.01380.1304-0.06470.18170.0140.00580.2092-0.00280.1993-4.67333.471-50.173
262.1614-0.12112.17033.2961-2.75184.43030.37130.0704-0.3244-0.1914-0.0122-0.54630.6240.41-0.72480.22550.01610.03580.2135-0.03520.3115-13.98319.712-37.288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 31:83 )A31 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 84:126 )A84 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 127:199 )A127 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 200:216 )A200 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 217:263 )A217 - 263
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 264:282 )A264 - 282
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 283:303 )A283 - 303
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 304:334 )A304 - 334
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 31:53 )B31 - 53
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 54:83 )B54 - 83
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 84:210 )B84 - 210
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 211:263 )B211 - 263
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 264:334 )B264 - 334
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 30:64 )C30 - 64
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 65:199 )C65 - 199
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 200:233 )C200 - 233
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 234:334 )C234 - 334
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 102:117 )D102 - 117
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 118:136 )D118 - 136
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 137:149 )D137 - 149
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 150:155 )D150 - 155
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 96:104 )E96 - 104
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 105:117 )E105 - 117
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND RESID 118:122 )E118 - 122
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND RESID 123:148 )E123 - 148
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN E AND RESID 149:155 )E149 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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