PDB-8ydd: Crystal structure of Nanog(R100A) in complex with Wdr5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ydd

タイトル

Crystal structure of Nanog(R100A) in complex with Wdr5

要素

Homeobox protein NANOG
WD repeat-containing protein 5

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / transcription factor / protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of endodermal cell fate specification / negative regulation of cell fate commitment / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / mesodermal cell fate commitment / cellular response to erythropoietin / multidimensional cell growth / cell dedifferentiation / endodermal cell fate specification ...negative regulation of endodermal cell fate specification / negative regulation of cell fate commitment / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / mesodermal cell fate commitment / cellular response to erythropoietin / multidimensional cell growth / cell dedifferentiation / endodermal cell fate specification / regulation of stem cell division / cellular response to rapamycin / HATs acetylate histones / gonad development / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / tissue regeneration / Neddylation / embryonic pattern specification / MLL3/4 complex / stem cell division / negative regulation of stem cell differentiation / Set1C/COMPASS complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / histone methyltransferase complex / stem cell population maintenance / transcription factor binding / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / negative regulation of BMP signaling pathway / somatic stem cell population maintenance / BMP signaling pathway / response to retinoic acid / : / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / : / stem cell differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / mitotic spindle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wang, D. / Shi, X. / Zhao, L. / Wu, B. / Chen, Y.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31670748	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31970576	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071195	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900934	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Nanog(R100A) in complex with Wdr5
著者: Wang, D. / Shi, X. / Zhao, L. / Wu, B. / Chen, Y. / Li, Y.

履歴

登録	2024年2月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ydd.cif.gz	408.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ydd.ent.gz	333.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ydd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ydd_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ydd_full_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示
XML形式データ	8ydd_validation.xml.gz	46.7 KB	表示
CIF形式データ	8ydd_validation.cif.gz	62.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/8ydd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/8ydd	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

B: WD repeat-containing protein 5

C: WD repeat-containing protein 5

D: Homeobox protein NANOG

E: Homeobox protein NANOG

118 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.667, 87.604, 96.874
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein / WD repeat-containing protein BIG-3 分子量: 34390.992 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Wdr5, Big, Big3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61965
#2: タンパク質	Homeobox protein NANOG / ES cell-associated protein 4 / Early embryo specific expression NK-type homeobox protein / Homeobox ...ES cell-associated protein 4 / Early embryo specific expression NK-type homeobox protein / Homeobox transcription factor Nanog 分子量: 7443.760 Da / 分子数: 2 / Mutation: R100A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nanog, Ecat4, Enk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80Z64
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月14日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 49782 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.803 / Net I/σ(I): 2.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	6.9	0.65	2463	0.803	0.944	0.266	0.703	0.469	99.9
2.54-2.59	6.9	0.57	2482	0.853	0.96	0.233	0.616	0.473	100
2.59-2.64	6.8	0.58	2466	0.838	0.955	0.24	0.629	0.47	100
2.64-2.69	6.8	0.493	2472	0.874	0.966	0.204	0.534	0.486	100
2.69-2.75	6.6	0.448	2468	0.893	0.971	0.188	0.486	0.48	99.9
2.75-2.82	6.2	0.398	2467	0.902	0.974	0.174	0.435	0.477	100
2.82-2.89	6.6	0.378	2483	0.927	0.981	0.157	0.41	0.484	100
2.89-2.96	7.1	0.346	2503	0.946	0.986	0.139	0.373	0.476	99.9
2.96-3.05	7.1	0.298	2486	0.956	0.989	0.12	0.321	0.485	100
3.05-3.15	7	0.252	2461	0.966	0.991	0.102	0.273	0.485	100
3.15-3.26	7	0.216	2492	0.976	0.994	0.087	0.233	0.512	99.9
3.26-3.39	6.9	0.173	2474	0.982	0.995	0.07	0.187	0.527	100
3.39-3.55	6.7	0.15	2496	0.981	0.995	0.062	0.163	0.567	99.9
3.55-3.73	6.2	0.127	2509	0.986	0.996	0.055	0.138	0.575	99.8
3.73-3.97	7.2	0.121	2484	0.99	0.998	0.048	0.13	0.581	100
3.97-4.27	7.2	0.101	2484	0.992	0.998	0.04	0.109	0.606	99.9
4.27-4.7	7	0.09	2502	0.993	0.998	0.036	0.097	0.606	99.9
4.7-5.38	6.4	0.082	2515	0.994	0.999	0.034	0.089	0.518	99.8
5.38-6.78	6.9	0.097	2504	0.993	0.998	0.04	0.105	0.443	99.7
6.78-50	6.6	0.074	2571	0.996	0.999	0.031	0.081	0.569	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→37.57 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2214	1991	4.04 %
R_work	0.1736	-	-
obs	0.1755	49282	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7985	0	0	469	8454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8206
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.973	11125
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.229	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.56	0.275	146	0.2106	3148	X-RAY DIFFRACTION	94
2.56-2.63	0.2718	133	0.2115	3349	X-RAY DIFFRACTION	98
2.63-2.7	0.2811	142	0.2011	3348	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7-2.79	0.2369	142	0.1957	3354	X-RAY DIFFRACTION	99
2.79-2.89	0.2668	138	0.2033	3372	X-RAY DIFFRACTION	99
2.89-3.01	0.2519	140	0.1955	3395	X-RAY DIFFRACTION	99
3.01-3.14	0.2445	140	0.1864	3408	X-RAY DIFFRACTION	99
3.14-3.31	0.2358	144	0.1783	3374	X-RAY DIFFRACTION	99
3.31-3.52	0.2397	143	0.1655	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.79	0.169	144	0.1539	3395	X-RAY DIFFRACTION	99
3.79-4.17	0.1999	143	0.1487	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.77	0.1843	147	0.1376	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
4.77-6.01	0.1924	136	0.1619	3438	X-RAY DIFFRACTION	99
6.01-37.57	0.2072	153	0.1898	3454	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3667	-0.3313	0.773	1.2004	0.0556	0.98	0.1813	-0.0498	-0.1961	0.2304	-0.0816	0.2526	0.1898	-0.0806	-0.0697	0.179	-0.03	-0.0013	0.1415	0.0177	0.2003	-25.726	5.207	-26.826
2	1.1684	0.0118	-0.2165	0.7479	-0.2008	1.3144	0.0214	0.1555	0.0154	-0.1041	0.0843	-0.1052	0.1079	0.0609	-0.1228	0.1793	0.0034	-0.0179	0.1495	-0.0193	0.1789	-32.254	11.375	-40.806
3	0.8545	0.7746	0.0931	1.298	0.3283	1.0647	-0.0156	0.1241	0.0479	-0.1514	0.0536	0.0711	-0.0626	-0.0523	0.0026	0.148	0.0077	-0.0025	0.1762	0.0408	0.2007	-31.515	26.385	-37.38
4	2.277	0.3158	-0.3305	0.5911	-0.2325	0.6112	0.3475	-0.2703	0.4011	0.3789	-0.2577	0.3308	-0.1057	0.107	0.0081	0.2379	-0.0399	0.0439	0.2071	0.0042	0.3063	-26.306	37.328	-30.374
5	0.3686	-0.2495	0.3153	2.3376	0.3085	1.2106	-0.1562	-0.0732	0.2996	0.1833	0.0829	-0.1414	-0.0621	-0.0436	0.0741	0.1888	-0.0019	-0.0086	0.1854	-0.0234	0.2391	-21.688	28.089	-22.48
6	0.2735	-0.1751	0.4627	1.3639	-0.119	0.9458	0.1011	0.2001	-0.0308	0.0991	-0.0679	-0.0069	-0.1928	-0.1878	0.0639	0.2183	0.0215	-0.044	0.1737	0.0158	0.0995	-21.448	17.508	-17.746
7	1.4057	-0.7776	-0.5795	2.3657	1.4107	2.16	-0.1378	-0.267	0.0143	0.4853	0.3827	-0.2684	0.3009	0.437	-0.1293	0.1984	-0.0069	-0.0483	0.1651	0.0037	0.2017	-16.272	16.919	-15.254
8	1.2993	0.4628	0.8647	1.625	0.093	0.5578	0.1025	-0.2528	-0.2188	0.3759	-0.0838	-0.0416	0.2062	0.045	-0.0539	0.2617	-0.0185	-0.0476	0.1259	0.0097	0.1918	-21.993	8.632	-21.812
9	1.2975	-0.1581	0.2867	1.3162	-0.7947	0.8583	0.0917	-0.1835	-0.0011	0.3533	-0.0502	0.0787	-0.0789	0.0054	-0.0603	0.2489	-0.0245	-0.0005	0.131	-0.0346	0.1487	-18.244	-11.257	-20.059
10	1.6538	-0.663	-0.0456	1.4131	-0.7542	0.5818	-0.0826	-0.2178	0.2854	0.0433	-0.0905	-0.1829	0.0636	0.0939	0.2117	0.2282	-0.0027	-0.0222	0.1748	0.0091	0.2195	-11.035	-7.543	-28.393
11	0.6014	0.3228	0.0224	1.5489	-0.1369	0.7943	0.0359	0.0326	-0.0721	-0.0982	-0.0574	-0.119	0.0261	0.1176	0.0017	0.1108	0.0069	0.0127	0.1475	-0.0144	0.1736	-8.302	-26.599	-35.641
12	1.5712	-0.0448	-0.3029	1.9394	-0.095	1.9405	-0.1801	-0.0001	-0.2848	0.1355	0.0435	0.0886	0.2769	0.1197	0.0987	0.1946	-0.0261	0.0319	0.1621	0.0242	0.1748	-18.005	-33.554	-19.862
13	0.9278	0.3689	-0.8351	1.9625	-0.2375	0.9656	0.0443	-0.1572	0.0067	0.218	-0.0193	0.1548	0.0226	-0.0372	0.0152	0.1755	0.0002	-0.0053	0.1288	-0.0235	0.1712	-18.97	-17.949	-15.483
14	1.224	-0.1182	-0.6496	0.6529	0.2606	0.8415	-0.1219	-0.3278	-0.2102	0.3539	0.0473	-0.1385	-0.0738	-0.0932	0.0365	0.2722	0.0185	0.0452	0.3431	-0.0181	0.0636	17.586	7.654	-8.08
15	1.5576	-0.091	-0.2576	1.1641	0.2117	2.7171	-0.0988	-0.1495	-0.1713	0.1449	0.0803	-0.0314	0.0743	0.1809	0.0689	0.1274	-0.0023	0.0257	0.1725	-0.0006	0.1748	26.837	0.103	-22.6
16	1.7494	-0.6814	-0.4729	0.8109	1.3445	3.0748	-0.1291	0.0838	0.1082	-0.2296	0.0286	0.4512	-0.6812	-0.3459	-0.0405	0.2816	-0.0008	0.0077	0.2125	-0.014	0.1508	15.103	7.879	-32.898
17	1.3108	-0.5771	-0.8979	1.791	0.6582	3.3238	0.0935	-0.1278	0.2151	-0.1286	-0.1172	0.1628	-0.7686	-0.4531	0.0038	0.3523	0.0637	0.0037	0.2761	-0.0424	0.197	12.748	15.245	-17.304
18	2.1753	0.6912	0.3639	2.8237	-0.0236	2.0516	-0.195	-0.0223	-0.0515	-0.3659	-0.2732	0.7429	-0.1824	-0.6402	0.2183	0.2427	-0.0009	-0.0251	0.1871	-0.0273	0.188	27.485	3.698	-50.136
19	1.8604	0.7116	-0.3861	1.667	0.8319	1.545	-0.0909	-0.4032	-0.0918	0.1498	-0.0767	0.2469	-0.3112	-0.066	0.1949	0.1579	-0.0106	-0.0564	0.2421	0.0217	0.1911	36.068	7.143	-44.304
20	1.4872	-0.1419	1.062	0.7885	-0.1459	1.5465	-0.241	0.0198	0.0941	0.0166	0.0763	-0.3735	-0.1861	0.6169	0.1764	0.1927	0.0027	0.0211	0.245	0.0259	0.2658	36.703	8.562	-53.685
21	0.5582	-0.2797	0.8493	2.2498	0.2881	1.5276	-0.4895	-0.1543	0.2195	0.0456	0.3799	0.0416	-0.2757	0.593	0.2082	0.2236	0.0057	-0.0956	0.2693	0.0253	0.337	28.376	19.927	-63.166
22	2.3173	0.6732	-0.685	2.5267	0.1622	0.2671	-0.0531	-0.2613	0.2052	-0.1995	0.0383	-0.3146	0.2121	0.1926	0.1343	0.1993	0.0093	0.0303	0.1526	-0.0167	0.2798	-9.356	40.644	-37.706
23	0.6924	1.1249	-0.7381	8.9066	-0.1147	1.0052	-0.3108	0.1725	0.0996	-0.9405	0.2759	0.4472	0.0025	-0.3599	0.1973	0.1299	0.0438	-0.0103	0.2656	-0.0374	0.2322	-15.168	35.29	-49.565
24	5.4768	1.2839	-1.8202	0.6634	-0.1497	0.8331	-0.5624	0.4484	-0.4374	0.2182	0.2517	-0.1215	0.9938	-0.3058	0.2489	0.3567	0.0156	0.0272	0.2713	-0.096	0.4052	-9.399	24.928	-52.141
25	0.9439	-0.2819	-0.3752	0.8419	0.4601	0.8567	0.0535	0.1796	-0.0795	0.0126	0.1204	-0.1386	-0.0138	0.1304	-0.0647	0.1817	0.014	0.0058	0.2092	-0.0028	0.1993	-4.673	33.471	-50.173
26	2.1614	-0.1211	2.1703	3.2961	-2.7518	4.4303	0.3713	0.0704	-0.3244	-0.1914	-0.0122	-0.5463	0.624	0.41	-0.7248	0.2255	0.0161	0.0358	0.2135	-0.0352	0.3115	-13.983	19.712	-37.288

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 31:83 )	A	31 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 84:126 )	A	84 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 127:199 )	A	127 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 200:216 )	A	200 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 217:263 )	A	217 - 263
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 264:282 )	A	264 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 283:303 )	A	283 - 303
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 304:334 )	A	304 - 334
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 31:53 )	B	31 - 53
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 54:83 )	B	54 - 83
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 84:210 )	B	84 - 210
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 211:263 )	B	211 - 263
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 264:334 )	B	264 - 334
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 30:64 )	C	30 - 64
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 65:199 )	C	65 - 199
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 200:233 )	C	200 - 233
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 234:334 )	C	234 - 334
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 102:117 )	D	102 - 117
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 118:136 )	D	118 - 136
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 137:149 )	D	137 - 149
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 150:155 )	D	150 - 155
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN E AND RESID 96:104 )	E	96 - 104
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN E AND RESID 105:117 )	E	105 - 117
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 118:122 )	E	118 - 122
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN E AND RESID 123:148 )	E	123 - 148
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN E AND RESID 149:155 )	E	149 - 155

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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