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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ydc | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a hammerhead ribozyme with pseudoknot | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA / catalysis | |||||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Zhan, X. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: The structure and catalytic mechanism of a pseudoknot-containing hammerhead ribozyme. 著者: Zhan, X. / Wilson, T.J. / Li, Z. / Zhang, J. / Yang, Y. / Lilley, D.M.J. / Liu, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ydc.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ydc.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ydc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/8ydc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/8ydc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 18715.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (code 3) (人工物) |
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#2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 4447.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-GTP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.69 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: Magnesium acetate tetrahydrate MES monohydrate Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89→16.25 Å / Num. obs: 12665 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 37.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.89→2.993 Å / Num. unique obs: 1226 / CC1/2: 0.866 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.89→16.25 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→16.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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