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- PDB-8ydc: Crystal structure of a hammerhead ribozyme with pseudoknot -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ydc
タイトルCrystal structure of a hammerhead ribozyme with pseudoknot
要素
  • DNA/RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*U)-D(P*C)-R(P*UP*GP*GP*GP*A)-3')
  • ribozyme strand
キーワードRNA / catalysis
機能・相同性GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Liu, Y. / Zhan, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)82111530210 中国
National Science Foundation (NSF, China)21877065 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structure and catalytic mechanism of a pseudoknot-containing hammerhead ribozyme.
著者: Zhan, X. / Wilson, T.J. / Li, Z. / Zhang, J. / Yang, Y. / Lilley, D.M.J. / Liu, Y.
履歴
登録2024年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribozyme strand
B: DNA/RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*U)-D(P*C)-R(P*UP*GP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6863
ポリマ－23,1632
非ポリマー5231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.578, 83.578, 258.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 ribozyme strand


分子量: 18715.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (code 3) (人工物)
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*U)-D(P*C)-R(P*UP*GP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4447.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Magnesium acetate tetrahydrate MES monohydrate Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→16.25 Å / Num. obs: 12665 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 37.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.05
反射 シェル解像度: 2.89→2.993 Å / Num. unique obs: 1226 / CC1/2: 0.866

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.89→16.25 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 642 5.11 %
Rwork0.1954 --
obs0.196 12565 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→16.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1549 0 0 1549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.742857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-3.110.40011170.37422304X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.420.29231420.24582295X-RAY DIFFRACTION99
3.42-3.910.25511310.22822343X-RAY DIFFRACTION99
3.91-4.910.15911232407X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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