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- PDB-8yd9: Crystal structure of p38alpha with an allosteric inhibitor 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yd9
タイトルCrystal structure of p38alpha with an allosteric inhibitor 3
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / STRUCTURAL GENOMICS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / Platelet sensitization by LDL / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / JUN kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of ossification / MAP kinase activity / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / skeletal muscle tissue development / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / placenta development / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / NOD1/2 Signaling Pathway / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / chemotaxis / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / peptidyl-serine phosphorylation / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6GI / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Hasegawa, S. / Kinoshita, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of a novel target site for ATP-independent p38 alpha inhibitors
著者: Kinoshita, T. / Hasegawa, S.
#1: ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of a novel target site for ATP-independent ERK2 inhibitors.
著者: Yoshida, M. / Nagao, H.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2857
ポリマ－41,3431
非ポリマー9426
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.785, 85.643, 126.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID- ...MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 41343.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-6GI / 13-[4-({Imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl}methoxy)phenyl]-4,8-dioxa-12,14,16,18-tetraazatetracyclo[9.7.0.0^{3,9}.0^{12,17}]octadeca-1(11),2,9,15,17-pentaen-15-amine


分子量: 481.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H23N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: anmonium acetate, HEPES, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月29日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→45.61 Å / Num. obs: 59663 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.85 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.34
反射 シェル解像度: 1.66→1.76 Å / Num. unique obs: 59663 / CC1/2: 0.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→45.61 Å / SU ML: 0.2291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8297
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 3074 5 %
Rwork0.1604 58428 -
obs0.1627 59663 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2825 0 66 401 3292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00773173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95824332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2613438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.670.37031340.30442549X-RAY DIFFRACTION97.67
1.67-1.70.31391390.25662630X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.730.30111360.23172589X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.760.28161400.23632666X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.790.33431380.25032607X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.830.32591380.25732633X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.31861390.24132630X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.910.28541390.20782638X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.960.21891370.16672607X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.010.20111390.16652645X-RAY DIFFRACTION99.96
2.01-2.070.23121390.16022646X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.140.19211380.16372628X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.210.20931410.16512660X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.30.21871380.16572659X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.410.2531400.1562650X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.530.191400.15842670X-RAY DIFFRACTION99.82
2.53-2.690.19731420.15682684X-RAY DIFFRACTION99.96
2.69-2.90.19371390.1692642X-RAY DIFFRACTION99.86
2.9-3.190.22741420.16732696X-RAY DIFFRACTION99.93
3.19-3.650.18791410.14142687X-RAY DIFFRACTION99.44
3.65-4.60.17371450.12552745X-RAY DIFFRACTION99.55
4.61-37.130.18281500.16292867X-RAY DIFFRACTION99.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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