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- PDB-8ybf: Crystal structure of canine distemper virus hemagglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ybf
タイトルCrystal structure of canine distemper virus hemagglutinin
要素Hemagglutinin glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / viral entry
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Morbillivirus canis (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fukuhara, H. / Yumoto, K. / Sako, M. / Kajikawa, M. / Ose, T. / Hashiguchi, T. / Kamishikiryo, J. / Maita, N. / Kuroki, K. / Maenaka, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H02384 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22121007 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Glycan-shielded homodimer structure and dynamical features of the canine distemper virus hemagglutinin relevant for viral entry and efficient vaccination
著者: Fukuhara, H. / Yumoto, K. / Sako, M. / Kajikawa, M. / Ose, T. / Kawamura, M. / Yoda, M. / Chen, S. / Ito, Y. / Takeda, S. / Mwaba, M.H. / Wang, J. / Hashiguchi, T. / Kamishikiryo, J. / Maita, ...著者: Fukuhara, H. / Yumoto, K. / Sako, M. / Kajikawa, M. / Ose, T. / Kawamura, M. / Yoda, M. / Chen, S. / Ito, Y. / Takeda, S. / Mwaba, M.H. / Wang, J. / Hashiguchi, T. / Kamishikiryo, J. / Maita, N. / Kitatsuji, C. / Takeda, M. / Kuroki, K. / Maenaka, K.
履歴
登録2024年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2024年7月31日ID: 8IAY
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin glycoprotein
B: Hemagglutinin glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1084
ポリマ－99,6662
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area35400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.156, 86.156, 302.936
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 161 through 169 or resid 171...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 161 through 162 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSPROPROAA161 - 1695 - 13
d_12ARGARGALAALAAA171 - 17415 - 18
d_13PROPROPROPROAA18428
d_14GLYGLYPROPROAA190 - 23634 - 80
d_15GLUGLUPROPROAA247 - 27591 - 119
d_16ASNASNGLUGLUAA277 - 298121 - 142
d_17SERSERLEULEUAA300 - 304144 - 148
d_18ASPASPILEILEAA313 - 331157 - 175
d_19LYSLYSASPASPAA333 - 369177 - 213
d_110GLNGLNGLNGLNAA371 - 374215 - 218
d_111GLYGLYARGARGAA376 - 401220 - 245
d_112LEULEUGLYGLYAA403 - 457247 - 301
d_113ILEILEILEILEAA459303
d_114GLYGLYASPASPAA461 - 470305 - 314
d_115PHEPHEVALVALAA472 - 478316 - 322
d_116CYSCYSCYSCYSAA490334
d_117ASPASPILEILEAA503 - 506347 - 350
d_118SERSERTHRTHRAA508 - 515352 - 359
d_119SERSERARGARGAA517 - 529361 - 373
d_120ASPASPILEILEAA531 - 542375 - 386
d_121THRTHRPHEPHEAA544 - 551388 - 395
d_122LEULEUCYSCYSAA553 - 602397 - 446
d_123NAGNAGNAGNAGAC901
d_21LYSLYSPROPROBB161 - 1695 - 13
d_22ARGARGALAALABB171 - 17415 - 18
d_23PROPROPROPROBB18428
d_24GLYGLYPROPROBB190 - 23634 - 80
d_25GLUGLUPROPROBB247 - 27591 - 119
d_26ASNASNGLUGLUBB277 - 298121 - 142
d_27SERSERLEULEUBB300 - 304144 - 148
d_28ASPASPILEILEBB313 - 331157 - 175
d_29LYSLYSASPASPBB333 - 369177 - 213
d_210GLNGLNGLNGLNBB371 - 374215 - 218
d_211GLYGLYARGARGBB376 - 401220 - 245
d_212LEULEUGLYGLYBB403 - 457247 - 301
d_213ILEILEILEILEBB459303
d_214GLYGLYASPASPBB461 - 470305 - 314
d_215PHEPHEVALVALBB472 - 478316 - 322
d_216CYSCYSCYSCYSBB490334
d_217ASPASPILEILEBB503 - 506347 - 350
d_218SERSERTHRTHRBB508 - 515352 - 359
d_219SERSERILEILEBB517 - 542361 - 386
d_220THRTHRPHEPHEBB544 - 551388 - 395
d_221LEULEUCYSCYSBB553 - 602397 - 446
d_222NAGNAGNAGNAGBD901

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin glycoprotein


分子量: 49832.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Morbillivirus canis (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens neanderthalensis (ヒト) / 参照: UniProt: C0LEZ2
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 8.0, 100mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 23165 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 68.47 Å2 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 1.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2276 / CC1/2: 0.761 / Rpim(I) all: 0.492

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→34.67 Å / SU ML: 0.4001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.4845
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3075 1088 5.06 %
Rwork0.2644 20430 -
obs0.2664 21518 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→34.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6536 0 28 0 6564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00286713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69799136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04811067
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.1015914
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.05485524701 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.240.39081290.34322504X-RAY DIFFRACTION99.92
3.24-3.410.32711470.30242484X-RAY DIFFRACTION99.77
3.41-3.630.34391440.30262523X-RAY DIFFRACTION99.81
3.63-3.90.34621380.3032508X-RAY DIFFRACTION99.36
3.9-4.30.35551360.28672489X-RAY DIFFRACTION97.95
4.3-4.920.28361270.22212542X-RAY DIFFRACTION98.89
4.92-6.190.28081360.23412621X-RAY DIFFRACTION99.82
6.19-34.670.25171310.24072759X-RAY DIFFRACTION98.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58950788826-1.18769428488-2.111301783351.51945728387-0.8204362112551.087602614840.19574484612-0.4159137065770.5675089774211.05330834102-0.109098425372-0.0861950443963-0.4103258783970.440354540055-0.03595662496340.906946318728-0.138477097659-0.02186860437180.6667528546840.08990065035140.77877957236119.497628627552.01685588727.9866676344
23.2222324567-2.25833484572-1.734604744893.15501934341-0.3941727223271.82685034957-0.01007424253970.750243553009-0.05352572618960.0680495032728-0.05398717553040.7624088493070.2417806710770.2294981053638.33470187494E-50.51554543988-0.03179885992030.01514329939360.6727186963290.0423001011780.55923569322917.701971862838.23284589814.2094452693
32.22547006947-1.195822051661.574055718353.33630465457-2.724365785144.140345623380.01703872904990.156815851253-0.000210220308007-0.349071647326-0.0992714525827-0.2361083860030.3228514427840.546281098425-6.85142873549E-60.415665393652-0.01459330548660.1087828794410.5993071326260.05070418135530.50689657936530.476858315235.714232924518.490668613
4-0.0485168905761-0.0639396797056-0.0106106495115-0.0377795647695-0.01874584659110.1669659299580.268917036154-0.934569831876-0.8741352361990.4570600200080.3491842759520.6203015158411.18952488844-0.9255454055740.002646661551590.6659523665010.003552417276540.04163366054961.165806460290.2104490939421.0380896569629.165405694413.203557261844.9350900464
52.67550001838-1.78301820065-0.9010275985292.224198209890.8059092300814.693852075680.09573322182910.2988036657220.185537238629-0.287389159716-0.0902098449081-0.0442551247722-0.1045248565410.3234950205430.0003250492815760.4572086845750.0696704795412-0.007157096584930.644922938490.116003910550.64778673997434.090346904327.778117403129.7464333923
63.76552725748-2.735887216630.7369550316072.95636956331-0.2320688470292.45180632836-0.0645173559519-0.541292798621-0.1902619631330.2868260114240.25880417959-0.0735838277139-0.1415546664930.08955251847215.19859099585E-50.541989851138-0.04097585246170.05721855207460.5904510179060.0732315523610.59386783901121.286617521934.112092966740.0540414558
73.87734864488-1.39943649776-0.4448432826232.36918336814-2.161563065213.25047975062-0.127536061353-0.101616273829-0.43099242907-0.2682749324010.210984184610.0452349895437-0.0815000683707-0.1544374957750.0003744942567990.5227601466680.07024299681920.07305316293330.7029617733070.1033446728410.54349841557811.089662616441.934212760428.0598429651
83.845768718341.376582427811.644694790763.443257242661.535460056554.14771802881-0.1587699333010.0443681305567-0.254585880243-0.246854089855-0.08858444415560.04802796496360.363650257233-0.0586351559761-0.0001432364960590.5547290953380.0817993610210.08518466567010.522258330770.0996873316660.49862042244515.390333976557.54393323353.11277967209
91.725729538620.15399711053-0.5165684583323.97405482198-1.641734206734.06850085328-0.0350762433506-0.07760613398550.1829018453810.1720359737130.03266878992150.0618817991683-0.826283172606-0.1268459384076.14117397696E-50.6948261672510.0817946916151-0.006438624751440.5369657072160.0215495598070.52233379276719.67433646872.83064388152.63491994175
102.095285456450.5032994917830.4673918424074.090231680791.23997929765.038534411930.2177981423480.1319468437720.0709543699354-0.377329996244-0.3721629439250.194476696826-0.543994711688-0.5713051316580.0001414809768780.8197995291460.110018007855-0.009834890593790.5663429459210.02915214221870.55949016896212.236097939777.1202418045-12.6742180709
111.751321860160.4070454754752.24038958222.97843490015-1.541503024283.702030344210.00137193247511-0.0657971928837-0.121729017954-0.1195812556710.01213527056930.4066059671190.417527984541-0.978987578711-0.0001181351890310.580952178966-0.0208489552516-0.01171019341690.6956664025060.02811743247160.6827035269153.208294346657.1630221479-6.00058392152
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 161 through 211 )AA161 - 2111 - 43
22chain 'A' and (resid 212 through 246 )AA212 - 24644 - 74
33chain 'A' and (resid 247 through 370 )AA247 - 37075 - 193
44chain 'A' and (resid 371 through 391 )AA371 - 391194 - 214
55chain 'A' and (resid 392 through 446 )AA392 - 446215 - 269
66chain 'A' and (resid 447 through 552 )AA447 - 552270 - 371
77chain 'A' and (resid 553 through 602 )AA553 - 602372 - 421
88chain 'B' and (resid 158 through 247 )BB158 - 2471 - 81
99chain 'B' and (resid 248 through 379 )BB248 - 37982 - 209
1010chain 'B' and (resid 380 through 518 )BB380 - 518210 - 337
1111chain 'B' and (resid 519 through 602 )BB519 - 602338 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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