PDB-8ybf: Crystal structure of canine distemper virus hemagglutinin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ybf

タイトル

Crystal structure of canine distemper virus hemagglutinin

要素

Hemagglutinin glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / hemagglutinin / viral entry

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Morbillivirus canis (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Fukuhara, H. / Yumoto, K. / Sako, M. / Kajikawa, M. / Ose, T. / Hashiguchi, T. / Kamishikiryo, J. / Maita, N. / Kuroki, K. / Maenaka, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Glycan-shielded homodimer structure and dynamical features of the canine distemper virus hemagglutinin relevant for viral entry and efficient vaccination.
著者: Fukuhara, H. / Yumoto, K. / Sako, M. / Kajikawa, M. / Ose, T. / Kawamura, M. / Yoda, M. / Chen, S. / Ito, Y. / Takeda, S. / Mwaba, M. / Wang, J. / Hashiguchi, T. / Kamishikiryo, J. / Maita, N. ...

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2024年7月31日	ID: 8IAY
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ybf.cif.gz	408 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ybf.ent.gz	279.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ybf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ybf_validation.pdf.gz	950.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ybf_full_validation.pdf.gz	962.2 KB	表示
XML形式データ	8ybf_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	8ybf_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/8ybf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/8ybf	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin glycoprotein

B: Hemagglutinin glycoprotein

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.156, 86.156, 302.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 161 through 169 or resid 171...
d_2	ens_1	(chain "B" and ((resid 161 through 162 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	A	A	161 - 169	5 - 13
d_1	2	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	171 - 174	15 - 18
d_1	3	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	184	28
d_1	4	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	190 - 236	34 - 80
d_1	5	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	247 - 275	91 - 119
d_1	6	ASN	ASN	GLU	GLU	A	A	277 - 298	121 - 142
d_1	7	SER	SER	LEU	LEU	A	A	300 - 304	144 - 148
d_1	8	ASP	ASP	ILE	ILE	A	A	313 - 331	157 - 175
d_1	9	LYS	LYS	ASP	ASP	A	A	333 - 369	177 - 213
d_1	10	GLN	GLN	GLN	GLN	A	A	371 - 374	215 - 218
d_1	11	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	376 - 401	220 - 245
d_1	12	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	403 - 457	247 - 301
d_1	13	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	459	303
d_1	14	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	461 - 470	305 - 314
d_1	15	PHE	PHE	VAL	VAL	A	A	472 - 478	316 - 322
d_1	16	CYS	CYS	CYS	CYS	A	A	490	334
d_1	17	ASP	ASP	ILE	ILE	A	A	503 - 506	347 - 350
d_1	18	SER	SER	THR	THR	A	A	508 - 515	352 - 359
d_1	19	SER	SER	ARG	ARG	A	A	517 - 529	361 - 373
d_1	20	ASP	ASP	ILE	ILE	A	A	531 - 542	375 - 386
d_1	21	THR	THR	PHE	PHE	A	A	544 - 551	388 - 395
d_1	22	LEU	LEU	CYS	CYS	A	A	553 - 602	397 - 446
d_1	23	NAG	NAG	NAG	NAG	A	C	901
d_2	1	LYS	LYS	PRO	PRO	B	B	161 - 169	5 - 13
d_2	2	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	171 - 174	15 - 18
d_2	3	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	184	28
d_2	4	GLY	GLY	PRO	PRO	B	B	190 - 236	34 - 80
d_2	5	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	247 - 275	91 - 119
d_2	6	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	277 - 298	121 - 142
d_2	7	SER	SER	LEU	LEU	B	B	300 - 304	144 - 148
d_2	8	ASP	ASP	ILE	ILE	B	B	313 - 331	157 - 175
d_2	9	LYS	LYS	ASP	ASP	B	B	333 - 369	177 - 213
d_2	10	GLN	GLN	GLN	GLN	B	B	371 - 374	215 - 218
d_2	11	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	376 - 401	220 - 245
d_2	12	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	403 - 457	247 - 301
d_2	13	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	459	303
d_2	14	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	461 - 470	305 - 314
d_2	15	PHE	PHE	VAL	VAL	B	B	472 - 478	316 - 322
d_2	16	CYS	CYS	CYS	CYS	B	B	490	334
d_2	17	ASP	ASP	ILE	ILE	B	B	503 - 506	347 - 350
d_2	18	SER	SER	THR	THR	B	B	508 - 515	352 - 359
d_2	19	SER	SER	ILE	ILE	B	B	517 - 542	361 - 386
d_2	20	THR	THR	PHE	PHE	B	B	544 - 551	388 - 395
d_2	21	LEU	LEU	CYS	CYS	B	B	553 - 602	397 - 446
d_2	22	NAG	NAG	NAG	NAG	B	D	901

#1: タンパク質

Hemagglutinin glycoprotein

分子量: 49832.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Morbillivirus canis (ウイルス) / 発現宿主:

Homo sapiens neanderthalensis (ヒト) / 参照: UniProt: C0LEZ2

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 8.0, 100mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 23165 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 68.47 Å² / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / R_merge(I) obs: 1.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2276 / CC_1/2: 0.761 / R_pim(I) all: 0.492

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→34.67 Å / SU ML: 0.4001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.4845
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3075	1088	5.06 %
R_work	0.2644	20430	-
obs	0.2664	21518	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→34.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6536	0	28	0	6564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	6713
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6979	9136
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.1015	914

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.05485524701 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.24	0.3908	129	0.3432	2504	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.24-3.41	0.3271	147	0.3024	2484	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.41-3.63	0.3439	144	0.3026	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.63-3.9	0.3462	138	0.303	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.36
3.9-4.3	0.3555	136	0.2867	2489	X-RAY DIFFRACTION	97.95
4.3-4.92	0.2836	127	0.2221	2542	X-RAY DIFFRACTION	98.89
4.92-6.19	0.2808	136	0.2341	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.82
6.19-34.67	0.2517	131	0.2407	2759	X-RAY DIFFRACTION	98.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.58950788826	-1.18769428488	-2.11130178335	1.51945728387	-0.820436211255	1.08760261484	0.19574484612	-0.415913706577	0.567508977421	1.05330834102	-0.109098425372	-0.0861950443963	-0.410325878397	0.440354540055	-0.0359566249634	0.906946318728	-0.138477097659	-0.0218686043718	0.666752854684	0.0899006503514	0.778779572361	19.4976286275	52.016855887	27.9866676344
2	3.2222324567	-2.25833484572	-1.73460474489	3.15501934341	-0.394172722327	1.82685034957	-0.0100742425397	0.750243553009	-0.0535257261896	0.0680495032728	-0.0539871755304	0.762408849307	0.241780671077	0.229498105363	8.33470187494E-5	0.51554543988	-0.0317988599203	0.0151432993936	0.672718696329	0.042300101178	0.559235693229	17.7019718628	38.232845898	14.2094452693
3	2.22547006947	-1.19582205166	1.57405571835	3.33630465457	-2.72436578514	4.14034562338	0.0170387290499	0.156815851253	-0.000210220308007	-0.349071647326	-0.0992714525827	-0.236108386003	0.322851442784	0.546281098425	-6.85142873549E-6	0.415665393652	-0.0145933054866	0.108782879441	0.599307132626	0.0507041813553	0.506896579365	30.4768583152	35.7142329245	18.490668613
4	-0.0485168905761	-0.0639396797056	-0.0106106495115	-0.0377795647695	-0.0187458465911	0.166965929958	0.268917036154	-0.934569831876	-0.874135236199	0.457060020008	0.349184275952	0.620301515841	1.18952488844	-0.925545405574	0.00264666155159	0.665952366501	0.00355241727654	0.0416336605496	1.16580646029	0.210449093942	1.03808965696	29.1654056944	13.2035572618	44.9350900464
5	2.67550001838	-1.78301820065	-0.901027598529	2.22419820989	0.805909230081	4.69385207568	0.0957332218291	0.298803665722	0.185537238629	-0.287389159716	-0.0902098449081	-0.0442551247722	-0.104524856541	0.323495020543	0.000325049281576	0.457208684575	0.0696704795412	-0.00715709658493	0.64492293849	0.11600391055	0.647786739974	34.0903469043	27.7781174031	29.7464333923
6	3.76552725748	-2.73588721663	0.736955031607	2.95636956331	-0.232068847029	2.45180632836	-0.0645173559519	-0.541292798621	-0.190261963133	0.286826011424	0.25880417959	-0.0735838277139	-0.141554666493	0.0895525184721	5.19859099585E-5	0.541989851138	-0.0409758524617	0.0572185520746	0.590451017906	0.073231552361	0.593867839011	21.2866175219	34.1120929667	40.0540414558
7	3.87734864488	-1.39943649776	-0.444843282623	2.36918336814	-2.16156306521	3.25047975062	-0.127536061353	-0.101616273829	-0.43099242907	-0.268274932401	0.21098418461	0.0452349895437	-0.0815000683707	-0.154437495775	0.000374494256799	0.522760146668	0.0702429968192	0.0730531629333	0.702961773307	0.103344672841	0.543498415578	11.0896626164	41.9342127604	28.0598429651
8	3.84576871834	1.37658242781	1.64469479076	3.44325724266	1.53546005655	4.14771802881	-0.158769933301	0.0443681305567	-0.254585880243	-0.246854089855	-0.0885844441556	0.0480279649636	0.363650257233	-0.0586351559761	-0.000143236496059	0.554729095338	0.081799361021	0.0851846656701	0.52225833077	0.099687331666	0.498620422445	15.3903339765	57.5439332335	3.11277967209
9	1.72572953862	0.15399711053	-0.516568458332	3.97405482198	-1.64173420673	4.06850085328	-0.0350762433506	-0.0776061339855	0.182901845381	0.172035973713	0.0326687899215	0.0618817991683	-0.826283172606	-0.126845938407	6.14117397696E-5	0.694826167251	0.0817946916151	-0.00643862475144	0.536965707216	0.021549559807	0.522333792767	19.674336468	72.8306438815	2.63491994175
10	2.09528545645	0.503299491783	0.467391842407	4.09023168079	1.2399792976	5.03853441193	0.217798142348	0.131946843772	0.0709543699354	-0.377329996244	-0.372162943925	0.194476696826	-0.543994711688	-0.571305131658	0.000141480976878	0.819799529146	0.110018007855	-0.00983489059379	0.566342945921	0.0291521422187	0.559490168962	12.2360979397	77.1202418045	-12.6742180709
11	1.75132186016	0.407045475475	2.2403895822	2.97843490015	-1.54150302428	3.70203034421	0.00137193247511	-0.0657971928837	-0.121729017954	-0.119581255671	0.0121352705693	0.406605967119	0.417527984541	-0.978987578711	-0.000118135189031	0.580952178966	-0.0208489552516	-0.0117101934169	0.695666402506	0.0281174324716	0.682703526915	3.2082943466	57.1630221479	-6.00058392152

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 161 through 211 )	A	A	161 - 211	1 - 43
2	2	chain 'A' and (resid 212 through 246 )	A	A	212 - 246	44 - 74
3	3	chain 'A' and (resid 247 through 370 )	A	A	247 - 370	75 - 193
4	4	chain 'A' and (resid 371 through 391 )	A	A	371 - 391	194 - 214
5	5	chain 'A' and (resid 392 through 446 )	A	A	392 - 446	215 - 269
6	6	chain 'A' and (resid 447 through 552 )	A	A	447 - 552	270 - 371
7	7	chain 'A' and (resid 553 through 602 )	A	A	553 - 602	372 - 421
8	8	chain 'B' and (resid 158 through 247 )	B	B	158 - 247	1 - 81
9	9	chain 'B' and (resid 248 through 379 )	B	B	248 - 379	82 - 209
10	10	chain 'B' and (resid 380 through 518 )	B	B	380 - 518	210 - 337
11	11	chain 'B' and (resid 519 through 602 )	B	B	519 - 602	338 - 420

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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