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- PDB-8ybc: Crystal structure of coiled coil domain of Golm1 (Golgi membrane ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ybc
タイトルCrystal structure of coiled coil domain of Golm1 (Golgi membrane protein 1)
要素Golgi membrane protein 1
キーワードONCOPROTEIN / tetramer / coiled coil / Alpha-Helix
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus organization / regulation of lipid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Golgi membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Xie, X. / Bai, W.F. / Shi, N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: The first structure of human Golm1 coiled coil domain reveals an unexpected tetramer and highlights its structural diversity.
著者: Bai, W. / Li, B. / Wu, P. / Li, X. / Huang, X. / Shi, N. / Yang, C. / Hu, F. / Xie, X.
履歴
登録2024年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi membrane protein 1
B: Golgi membrane protein 1
C: Golgi membrane protein 1
D: Golgi membrane protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5734
ポリマ－32,5734
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10650 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.810, 44.020, 63.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Golgi membrane protein 1 / Golgi membrane protein GP73 / Golgi phosphoprotein 2


分子量: 8143.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: GOLM1, C9orf155, GOLPH2, PSEC0242, UNQ686/PRO1326
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta / 参照: UniProt: Q8NBJ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 5% PEG6000 / PH範囲: 6.0-6.5 / Temp details: 16 degrees centigrade

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月25日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→35.23 Å / Num. obs: 23659 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27.79 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 12613 / CC1/2: 0.759 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→35.23 Å / SU ML: 0.356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.666
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 2387 10.09 %
Rwork0.2422 21272 -
obs0.25 23659 88.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→35.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 0 54 2204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87762882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0395313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2547280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.330.43911370.34821252X-RAY DIFFRACTION88.64
2.33-2.380.3531550.28031415X-RAY DIFFRACTION99.18
2.38-2.430.31351590.25931408X-RAY DIFFRACTION99.05
2.43-2.490.32321680.26821388X-RAY DIFFRACTION99.42
2.49-2.560.35361540.26171414X-RAY DIFFRACTION98.68
2.56-2.640.35521620.25471388X-RAY DIFFRACTION98.41
2.64-2.720.3666300.2733308X-RAY DIFFRACTION21.05
2.72-2.820.32721510.23791380X-RAY DIFFRACTION98.84
2.82-2.930.32991710.24181438X-RAY DIFFRACTION98.89
2.93-3.060.30851570.24121378X-RAY DIFFRACTION98.78
3.06-3.230.38281580.24871396X-RAY DIFFRACTION98.54
3.23-3.410.27491360.23171267X-RAY DIFFRACTION95.96
3.47-3.640.2733910.2045814X-RAY DIFFRACTION89.34
3.7-4.060.31151110.20841013X-RAY DIFFRACTION74.54
4.06-4.650.36011400.21081324X-RAY DIFFRACTION93.61
4.65-5.850.26631540.23411370X-RAY DIFFRACTION96.21
5.86-35.230.31031530.27321319X-RAY DIFFRACTION92.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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