+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yb6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Type I-EHNH Cascade complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA pro / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Z. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024 タイトル: Mechanisms for HNH-mediated target DNA cleavage in type I CRISPR-Cas systems 著者: Li, Z. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yb6.cif.gz | 684.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8yb6.ent.gz | 557.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yb6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yb6_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8yb6_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yb6_validation.xml.gz | 99.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yb6_validation.cif.gz | 153.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/8yb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/8yb6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39110MC 8ydbC 8yeoC 8yh9C 8yhaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-CRISPR system Cascade subunit ... , 2種, 7分子 ADEFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 43621.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: casD, BWX75_00750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8C5 |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 41794.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: casC, BWX75_00749 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8B5 |
-CRISPR-associated protein ... , 2種, 2分子 JK
#5: タンパク質 | 分子量: 60665.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: BWX75_00747 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8D1 |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 20300.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: BWX75_00748 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8C9 |
-タンパク質 / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 4分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 31218.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 遺伝子: cse3, BWX75_00751 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1V6F8C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
---|---|
#3: RNA鎖 | 分子量: 19681.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
#7: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Type I-EHNH Cascade complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 6.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 291872 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|