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万見
- PDB-8yb6: Type I-EHNH Cascade complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yb6
タイトルType I-EHNH Cascade complex
要素
  • (CRISPR system Cascade subunit ...) x 2
  • (CRISPR-associated protein ...) x 2
  • 61-nt crRNA
  • CRISPR-associated endoribonuclease Cse3
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA pro / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein, CT1975 / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR associated protein ...CRISPR-associated protein, CT1975 / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR associated protein / CRISPR_assoc / HNH endonuclease / HNH endonuclease / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / HNH nucleases / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal / HNH nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CRISPR system Cascade subunit CasC / CRISPR-associated endoribonuclease Cse3 / CRISPR system Cascade subunit CasD / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1)
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Li, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Mechanisms for HNH-mediated target DNA cleavage in type I CRISPR-Cas systems.
著者: Chendi Zhang / Fugen Chen / Feng Wang / Haijiang Xu / Jialin Xue / Zhuang Li /
要旨: The metagenome-derived type I-E and type I-F variant CRISPR-associated complex for antiviral defense (Cascade) complexes, fused with HNH domains, precisely cleave target DNA, representing recently ...The metagenome-derived type I-E and type I-F variant CRISPR-associated complex for antiviral defense (Cascade) complexes, fused with HNH domains, precisely cleave target DNA, representing recently identified genome editing tools. However, the underlying working mechanisms remain unknown. Here, structures of type I-F and I-E Cascade complexes at different states are reported. In type I-F Cascade, Cas8f loosely attaches to Cascade head and is adjacent to the 5' end of the target single-stranded DNA (ssDNA). Formation of the full R-loop drives the Cascade head to move outward, allowing Cas8f to detach and rotate ∼150° to accommodate target ssDNA for cleavage. In type I-E Cascade, Cas5e domain is adjacent to the 5' end of the target ssDNA. Full crRNA-target pairing drives the lift of the Cascade head, widening the substrate channel for target ssDNA entrance. Altogether, these analyses into both complexes revealed that crRNA-guided positioning of target DNA and target DNA-induced HNH unlocking are two key factors for their site-specific cleavage of target DNA.
履歴
登録2024年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月23日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system Cascade subunit CasD
B: CRISPR-associated endoribonuclease Cse3
C: 61-nt crRNA
D: CRISPR system Cascade subunit CasC
E: CRISPR system Cascade subunit CasC
F: CRISPR system Cascade subunit CasC
G: CRISPR system Cascade subunit CasC
H: CRISPR system Cascade subunit CasC
I: CRISPR system Cascade subunit CasC
J: CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1)
K: CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,38513
ポリマ－426,25411
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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CRISPR system Cascade subunit ... , 2種, 7分子 ADEFGHI

#1: タンパク質 CRISPR system Cascade subunit CasD


分子量: 43621.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア)
遺伝子: casD, BWX75_00750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8C5
#4: タンパク質
CRISPR system Cascade subunit CasC


分子量: 41794.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア)
遺伝子: casC, BWX75_00749 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8B5

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CRISPR-associated protein ... , 2種, 2分子 JK

#5: タンパク質 CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1)


分子量: 60665.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア)
遺伝子: BWX75_00747 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8D1
#6: タンパク質 CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2)


分子量: 20300.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア)
遺伝子: BWX75_00748 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V6F8C9

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タンパク質 / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 4分子 BC

#2: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cse3


分子量: 31218.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア)
遺伝子: cse3, BWX75_00751 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1V6F8C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: RNA鎖 61-nt crRNA


分子量: 19681.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type I-EHNH Cascade complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 6.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 291872 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00528509
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.79538897
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.8574361
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0444283
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054831

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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