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- PDB-8ya8: The crystal structure of human Rtel1 HHD2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ya8
タイトルThe crystal structure of human Rtel1 HHD2 domain
要素Regulator of telomere elongation helicase 1
キーワードHYDROLASE / Regulator of telomere elongation helicase 1 / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand displacement / telomeric loop disassembly / negative regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of telomeric loop disassembly / Isomerases; Isomerases altering macromolecular conformation; Enzymes altering nucleic acid conformation / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / negative regulation of t-circle formation / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of DNA recombination ...DNA strand displacement / telomeric loop disassembly / negative regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of telomeric loop disassembly / Isomerases; Isomerases altering macromolecular conformation; Enzymes altering nucleic acid conformation / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / negative regulation of t-circle formation / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of DNA recombination / positive regulation of telomere capping / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of telomere maintenance / replication fork processing / telomere maintenance in response to DNA damage / Telomere Extension By Telomerase / DNA polymerase binding / telomere maintenance / DNA helicase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / nuclear speck / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Regulator of telomere elongation helicase 1 / : / RTEL1 helicase, ARCH domain / RTEL1, HHD domain / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like ...Regulator of telomere elongation helicase 1 / : / RTEL1 helicase, ARCH domain / RTEL1, HHD domain / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of telomere elongation helicase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Chun, I.S. / Kim, M.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Biodesign / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the HHD2 domain in human RTEL1
著者: Chun, I. / Jung, E. / Kim, W.J. / Kim, M.S.
履歴
登録2024年2月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of telomere elongation helicase 1
B: Regulator of telomere elongation helicase 1
C: Regulator of telomere elongation helicase 1
D: Regulator of telomere elongation helicase 1
E: Regulator of telomere elongation helicase 1
F: Regulator of telomere elongation helicase 1
G: Regulator of telomere elongation helicase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1607
ポリマ－68,1607
非ポリマー00
水86548
1
A: Regulator of telomere elongation helicase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7371
ポリマ－9,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Regulator of telomere elongation helicase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7371
ポリマ－9,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Regulator of telomere elongation helicase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7371
ポリマ－9,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Regulator of telomere elongation helicase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7371
ポリマ－9,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Regulator of telomere elongation helicase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7371
ポリマ－9,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Regulator of telomere elongation helicase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7371
ポリマ－9,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Regulator of telomere elongation helicase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7371
ポリマ－9,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.052, 61.958, 79.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Regulator of telomere elongation helicase 1 / Novel helicase-like


分子量: 9737.107 Da / 分子数: 7 / 断片: HHD2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTEL1, C20orf41, KIAA1088, NHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZ71, DNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Potassium sulfate, 20% (v/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 14421 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.09
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 1393 / CC1/2: 0.766

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→48.9 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 720 5.01 %
Rwork0.2391 --
obs0.2406 14378 94.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4317 0 0 48 4365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8835962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9721578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007767
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.070.37381400.3332670X-RAY DIFFRACTION93
3.07-3.370.33311410.29592682X-RAY DIFFRACTION93
3.38-3.860.31581450.25312733X-RAY DIFFRACTION94
3.86-4.870.27591450.21122768X-RAY DIFFRACTION96
4.87-48.90.19261490.20672805X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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