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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ya8 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of human Rtel1 HHD2 domain | ||||||
![]() | Regulator of telomere elongation helicase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Regulator of telomere elongation helicase 1 / DNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA strand displacement / telomeric loop disassembly / negative regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of telomeric loop disassembly / telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / negative regulation of t-circle formation / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of DNA recombination ...DNA strand displacement / telomeric loop disassembly / negative regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of telomeric loop disassembly / telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / negative regulation of t-circle formation / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of DNA recombination / positive regulation of telomere maintenance / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / DNA duplex unwinding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / replication fork processing / positive regulation of telomere capping / Telomere Extension By Telomerase / DNA polymerase binding / DNA helicase activity / telomere maintenance / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nuclear membrane / DNA helicase / chromosome, telomeric region / nuclear speck / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chun, I.S. / Kim, M.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of human Rtel1 HHD2 domain 著者: Chun, I.S. / Kim, M.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9737.107 Da / 分子数: 7 / 断片: HHD2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 % |
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結晶化 | 温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Potassium sulfate, 20% (v/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 14421 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.09 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 1393 / CC1/2: 0.766 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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