PDB-8y9x: Crystal structure of the complex of lactoperoxidase with four ino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y9x

タイトル

Crystal structure of the complex of lactoperoxidase with four inorganic substrates, SCN, I, Br and Cl

要素

Lactoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / basolateral plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Singh, A.K. / Pandey, N. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural evidence for the order of preference of inorganic substrates in mammalian heme peroxidases: crystal structure of the complex of lactoperoxidase with four inorganic substrates, SCN, I, Br and Cl
著者: Viswanathan, V. / Singh, A.K. / Pandey, N. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2024年2月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2024年3月13日	ID: 8K5M
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y9x.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y9x.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y9x_validation.pdf.gz	9.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y9x_full_validation.pdf.gz	9.8 MB	表示
XML形式データ	8y9x_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	8y9x_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k5m PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoperoxidase

ヘテロ分子

72.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.350, 80.332, 73.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.940, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 A

#1: タンパク質

Lactoperoxidase / LPO

分子量: 67773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80025, peroxidase

#9: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 434分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2 M Ammonium iodide, 20%(w/v) PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→43.521 Å / Num. obs: 39294 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 29.8
反射シェル	解像度: 1.99→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 3044 / R_sym value: 0.31 / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8K5M

8k5m
PDB 未公開エントリ

解像度: 2→43.521 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.182 / WR_factor R_work: 0.143 / SU B: 3.736 / SU ML: 0.104 / Average fsc free: 0.9733 / Average fsc work: 0.9842 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	1971	5.016 %
R_work	0.1506	37323	-
all	0.153	-	-
obs	-	39294	96.496 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.645 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.035 Å²	-0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.055 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4742	0	205	407	5354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.013	0.016	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.848	6897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.783	1.77	10974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.873	5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.812	5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.041	10	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.321	10	236
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.111	0.2	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.347	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.313	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.283	3.01	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.273	3.008	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.334	5.401	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.335	5.402	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.463	3.347	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.463	3.348	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.743	6.002	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.743	6.004	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.892	31.535	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.869	31.54	5869

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.237	106	0.201	2248	0.203	3044	0.964	0.969	77.3325	0.156
2.052-2.108	0.245	122	0.197	2357	0.199	2867	0.959	0.972	86.4667	0.149
2.108-2.169	0.223	124	0.175	2492	0.177	2816	0.96	0.979	92.8977	0.135
2.169-2.235	0.199	133	0.166	2582	0.168	2792	0.974	0.981	97.2421	0.127
2.235-2.308	0.194	133	0.147	2497	0.15	2655	0.977	0.986	99.0584	0.118
2.308-2.389	0.217	121	0.149	2443	0.153	2568	0.967	0.986	99.8442	0.122
2.389-2.479	0.173	138	0.132	2367	0.135	2507	0.983	0.989	99.9202	0.11
2.479-2.58	0.188	114	0.127	2287	0.13	2404	0.978	0.99	99.8752	0.108
2.58-2.694	0.192	118	0.137	2193	0.14	2317	0.975	0.988	99.741	0.118
2.694-2.825	0.211	120	0.146	2080	0.15	2211	0.971	0.987	99.5025	0.126
2.825-2.977	0.184	113	0.142	1988	0.145	2103	0.978	0.988	99.9049	0.129
2.977-3.157	0.179	98	0.148	1871	0.15	1973	0.979	0.987	99.7973	0.136
3.157-3.374	0.19	112	0.146	1750	0.148	1864	0.978	0.987	99.8927	0.14
3.374-3.642	0.2	97	0.152	1661	0.155	1760	0.973	0.986	99.8864	0.15
3.642-3.987	0.168	68	0.134	1544	0.135	1612	0.981	0.989	100	0.134
3.987-4.453	0.167	63	0.127	1402	0.129	1467	0.988	0.99	99.8637	0.133
4.453-5.133	0.198	73	0.149	1215	0.152	1290	0.979	0.988	99.845	0.162
5.133-6.265	0.216	48	0.177	1032	0.179	1081	0.971	0.983	99.9075	0.19
6.265-8.77	0.221	46	0.174	832	0.176	879	0.958	0.982	99.8862	0.195
8.77-43.521	0.169	24	0.177	482	0.177	507	0.984	0.982	99.8028	0.204

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