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万見
- PDB-8y9s: Crystal structure of nanobody MY6321 bound to human serum albumin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y9s
タイトルCrystal structure of nanobody MY6321 bound to human serum albumin (HSA)
要素
  • Albumin
  • nanobody MY6321
キーワードPROTEIN BINDING / antibody / human serum albumin
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Ding, Y. / Zhong, P.Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32070939 中国
National Science Foundation (NSF, China)82030106 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA0805200 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of nanobody MY6321 bound to human serum albumin (HSA)
著者: Ding, Y. / Zhong, P.Y.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
B: nanobody MY6321
C: Albumin
D: nanobody MY6321


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,9704
ポリマ－160,9704
非ポリマー00
水00
1
A: Albumin
B: nanobody MY6321


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4852
ポリマ－80,4852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
2
C: Albumin
D: nanobody MY6321


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4852
ポリマ－80,4852
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area33370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.260, 143.900, 93.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Albumin / HSA


分子量: 67346.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALB / 発現宿主: Oryza sativa (イネ) / 参照: UniProt: P02768
#2: 抗体 nanobody MY6321


分子量: 13138.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→46.25 Å / Num. obs: 38264 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.286 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.31 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.88→2.95 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.018 / Num. measured all: 19122 / Num. unique obs: 2819 / CC1/2: 0.436 / Rpim(I) all: 0.825 / Rrim(I) all: 2.183 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDS0.7.7データスケーリング
XDS0.7.7データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.88→46.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 30.159 / SU ML: 0.511 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.474 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29265 1808 4.7 %RANDOM
Rwork0.23008 ---
obs0.23313 36434 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6 Å2-0 Å22.23 Å2
2---5.73 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.88→46.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10903 0 0 0 10903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01211342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01610688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.86515310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5561.77724774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.84451406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.568560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.284102046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.21690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2287.0925636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.2277.0925636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.97612.747038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.97612.747039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2347.5925706
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2337.5925707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.09913.7638273
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.58868.4613165
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.58968.4613166
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.955 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 133 -
Rwork0.387 2675 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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