PDB-8y9r: Crystal structure of Spiral2 microtubule-binding domain from Phys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y9r

タイトル

Crystal structure of Spiral2 microtubule-binding domain from Physcomitrella patens

要素

Microtubule binding protein

キーワード

PLANT PROTEIN / structural protein

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule binding / microtubule
類似検索 - 分子機能

生物種

Physcomitrium patens (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.799 Å

データ登録者

Hayashi, I.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Mol Cell Res / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of microtubule binding by minus-end targeting protein Spiral2.
著者: Ohno, M. / Higuchi, Y. / Yamai, K. / Fuchigami, S. / Sasaki, T. / Oda, Y. / Hayashi, I.

履歴

登録	2024年2月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y9r.cif.gz	223.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y9r.ent.gz	177.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y9r_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y9r_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	8y9r_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	8y9r_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Microtubule binding protein

B: Microtubule binding protein

62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Microtubule binding protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Microtubule binding protein

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.826, 95.646, 150.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 17 - 299 / Label seq-ID: 3 - 285

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Microtubule binding protein / TOG domain-containing protein 分子量: 31057.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPA_024812 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K1IUB4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium citrate (pH 5.0), 0.2 M NaH2SO4, 50 mM guanidine hydrochloride and 1.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97899 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.11 Å / Num. obs: 24426 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.163 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 161797
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.593 / Num. unique obs: 3148 / CC_1/2: 0.693 / R_pim(I) all: 0.673 / Χ²: 0.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.799→48.095 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 16.241 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.645 / ESU R Free: 0.356 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2764	1107	5.049 %
R_work	0.2149	20817	-
all	0.218	-	-
obs	-	21924	99.909 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.541 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.366 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.995 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.628 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.799→48.095 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4222	0	0	25	4247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.856	1.632	5794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.623	1.566	9961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.747	5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.162	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.995	10	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.31	10	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	4205
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.096	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.23	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.809	5.7	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.809	5.7	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.02	10.223	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.022	10.224	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.148	6.405	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.146	6.405	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.762	11.515	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.76	11.516	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.867	58.173	4787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.866	58.196	4788
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	8583

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10531	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10531	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.799-2.872	0.435	82	0.374	1503	0.377	1589	0.834	0.868	99.7483	0.347
2.872-2.95	0.352	68	0.318	1482	0.319	1550	0.906	0.911	100	0.29
2.95-3.035	0.336	66	0.303	1440	0.305	1506	0.91	0.927	100	0.281
3.035-3.128	0.34	71	0.278	1403	0.281	1474	0.91	0.938	100	0.254
3.128-3.23	0.312	73	0.258	1331	0.261	1406	0.937	0.949	99.8577	0.235
3.23-3.343	0.311	81	0.23	1315	0.235	1396	0.944	0.963	100	0.203
3.343-3.469	0.304	70	0.224	1239	0.228	1309	0.944	0.968	100	0.205
3.469-3.61	0.233	62	0.205	1222	0.206	1285	0.971	0.974	99.9222	0.185
3.61-3.769	0.295	61	0.208	1192	0.212	1253	0.917	0.973	100	0.192
3.769-3.952	0.291	50	0.205	1118	0.209	1168	0.94	0.974	100	0.191
3.952-4.164	0.215	60	0.173	1080	0.175	1141	0.968	0.982	99.9124	0.163
4.164-4.415	0.258	62	0.164	993	0.169	1055	0.952	0.983	100	0.157
4.415-4.717	0.23	46	0.166	974	0.169	1021	0.971	0.984	99.9021	0.162
4.717-5.091	0.269	50	0.199	906	0.203	956	0.965	0.977	100	0.191
5.091-5.57	0.309	58	0.221	818	0.227	877	0.952	0.976	99.886	0.21
5.57-6.217	0.208	42	0.186	755	0.188	797	0.982	0.983	100	0.175
6.217-7.159	0.246	30	0.173	689	0.176	720	0.968	0.982	99.8611	0.171
7.159-8.72	0.198	28	0.143	594	0.145	623	0.98	0.988	99.8395	0.153
8.72-12.134	0.209	26	0.158	467	0.161	494	0.98	0.986	99.7976	0.179
12.134-48.095	0.407	21	0.402	296	0.403	318	0.877	0.892	99.6855	0.421

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