ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.20.1_4487: ???)精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→48.61 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1867 | 2009 | 6 % |
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Rwork | 0.1646 | - | - |
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obs | 0.166 | 33493 | 99.97 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.61 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1572 | 0 | 39 | 173 | 1784 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.013 | | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.311 | | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.692 | 584 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.077 | 232 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.012 | 289 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.64-1.68 | 0.2703 | 140 | 0.242 | 2234 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.68-1.73 | 0.241 | 140 | 0.2165 | 2232 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.73-1.78 | 0.2174 | 142 | 0.2038 | 2251 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.78-1.83 | 0.2225 | 142 | 0.1839 | 2232 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.83-1.9 | 0.2256 | 145 | 0.203 | 2232 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.9-1.98 | 0.2041 | 144 | 0.1778 | 2236 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.98-2.07 | 0.1942 | 146 | 0.1648 | 2250 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.07-2.18 | 0.1899 | 143 | 0.1544 | 2235 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.18-2.31 | 0.1839 | 139 | 0.1602 | 2246 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.31-2.49 | 0.2208 | 140 | 0.1803 | 2255 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.49-2.74 | 0.1866 | 145 | 0.1683 | 2255 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.74-3.14 | 0.187 | 144 | 0.1669 | 2252 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.14-3.95 | 0.1543 | 145 | 0.1536 | 2283 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.95-48.61 | 0.1756 | 154 | 0.1467 | 2291 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.8886 Å / Origin y: 13.1264 Å / Origin z: -0.7865 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1346 Å2 | -0.0022 Å2 | 0.0113 Å2 | - | 0.1259 Å2 | 0.0017 Å2 | - | - | 0.1422 Å2 |
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L | 1.6011 °2 | 0.2521 °2 | -0.7049 °2 | - | 3.3163 °2 | 0.2214 °2 | - | - | 2.3387 °2 |
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S | -0.0212 Å ° | -0.061 Å ° | -0.0132 Å ° | 0.1493 Å ° | -0.0023 Å ° | -0.0157 Å ° | 0.04 Å ° | 0.0179 Å ° | 0.0115 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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