PDB-8y9a: The Crystal Structure of USP8 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y9a

タイトル

The Crystal Structure of USP8 from Biortus.

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

キーワード

HYDROLASE / Protease / Thiol protease / Cell cycle / Ubl conjugation pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lysosomal protein catabolic process / endosome organization / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / mitotic cytokinesis / protein deubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of USP8 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

履歴

登録	2024年2月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y9a.cif.gz	41.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y9a.ent.gz	27.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/8y9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xpnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.008, 103.008, 93.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-213- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin- ...Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8 分子量: 16788.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP8, KIAA0055, UBPY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40818, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin- ...

分子量: 16788.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP8, KIAA0055, UBPY / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40818, ubiquitinyl hydrolase 1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.0M Na formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.23985 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.23985 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→40.24 Å / Num. obs: 3507 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / R_merge(I) obs: 0.824 / Num. unique obs: 640

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→40.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 18.565 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.486 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2681	166	4.733 %
R_work	0.1979	3341	-
all	0.201	-	-
obs	-	3507	97.824 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.62 Å²	1.31 Å²	0 Å²
2-	-	2.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→40.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1060	0	0	29	1089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.749	1.667	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.272	1.576	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.519	5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.381	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.271	10	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.725	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.454	9.046	507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.42	9.049	507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.307	13.543	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.307	13.551	633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.351	9.41	569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.345	9.406	568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.547	13.961	806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.543	13.967	807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.399	123.539	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.373	123.811	1278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.18	0.406	9	0.172	246	X-RAY DIFFRACTION	99.2218
3.18-3.267	0.294	14	0.238	228	X-RAY DIFFRACTION	98.7755
3.267-3.361	0.278	8	0.298	242	X-RAY DIFFRACTION	99.2063
3.361-3.464	0.281	10	0.26	225	X-RAY DIFFRACTION	98.3264
3.464-3.576	0.254	12	0.263	223	X-RAY DIFFRACTION	99.5763
3.576-3.701	0.246	6	0.227	216	X-RAY DIFFRACTION	99.1071
3.701-3.839	0.338	15	0.237	195	X-RAY DIFFRACTION	98.5915
3.839-3.995	0.358	16	0.242	187	X-RAY DIFFRACTION	97.5962
3.995-4.17	0.359	8	0.222	190	X-RAY DIFFRACTION	98.5075
4.17-4.372	0.179	14	0.191	174	X-RAY DIFFRACTION	98.4293
4.372-4.605	0.309	8	0.173	176	X-RAY DIFFRACTION	98.3957
4.605-4.88	0.244	3	0.186	169	X-RAY DIFFRACTION	97.1751
4.88-5.212	0.395	14	0.211	142	X-RAY DIFFRACTION	96.8944
5.212-5.622	0.308	11	0.207	146	X-RAY DIFFRACTION	98.125
5.622-6.146	0.226	3	0.227	136	X-RAY DIFFRACTION	96.5278
6.146-6.852	0.113	5	0.182	120	X-RAY DIFFRACTION	95.4198
6.852-7.874	3.057	1	0.161	107	X-RAY DIFFRACTION	94.7368
7.874-9.553	0.09	4	0.105	97	X-RAY DIFFRACTION	96.1905
9.553-13.145	0.124	3	0.104	73	X-RAY DIFFRACTION	93.8272
13.145-40.24	0.133	2	0.193	49	X-RAY DIFFRACTION	91.0714

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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