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- PDB-8y9a: The Crystal Structure of USP8 from Biortus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y9a
タイトルThe Crystal Structure of USP8 from Biortus.
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
キーワードHYDROLASE / Protease / Thiol protease / Cell cycle / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of lysosomal protein catabolic process / acrosomal membrane / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of amyloid fibril formation / K63-linked deubiquitinase activity / mitotic cytokinesis ...negative regulation of lysosomal protein catabolic process / acrosomal membrane / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of amyloid fibril formation / K63-linked deubiquitinase activity / mitotic cytokinesis / protein deubiquitination / cellular response to dexamethasone stimulus / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Negative regulation of MET activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / regulation of protein stability / SH3 domain binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of protein localization / midbody / Ras protein signal transduction / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / postsynaptic density / cadherin binding / cysteine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / proteolysis / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / USP8 WW domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / : / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. ...: / USP8 WW domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / : / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of USP8 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.
履歴
登録2024年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7881
ポリマ－16,7881
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.008, 103.008, 93.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-213-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin- ...Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8


分子量: 16788.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP8, KIAA0055, UBPY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40818, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.0M Na formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.23985 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40.24 Å / Num. obs: 3507 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.824 / Num. unique obs: 640

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→40.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 18.565 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.486 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 166 4.733 %
Rwork0.1979 3341 -
all0.201 --
obs-3507 97.824 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 87.712 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.62 Å21.31 Å20 Å2
2--2.62 Å20 Å2
3----8.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1060 0 0 29 1089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0121076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7491.6671438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2721.5762420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5195126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.38158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27110230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.7251053
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1790.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0690.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1420.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1510.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1760.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4549.046507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.429.049507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.30713.543632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.30713.551633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3519.41569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3459.406568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.54713.961806
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.54313.967807
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.399123.5391284
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.373123.8111278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.180.40690.172246X-RAY DIFFRACTION99.2218
3.18-3.2670.294140.238228X-RAY DIFFRACTION98.7755
3.267-3.3610.27880.298242X-RAY DIFFRACTION99.2063
3.361-3.4640.281100.26225X-RAY DIFFRACTION98.3264
3.464-3.5760.254120.263223X-RAY DIFFRACTION99.5763
3.576-3.7010.24660.227216X-RAY DIFFRACTION99.1071
3.701-3.8390.338150.237195X-RAY DIFFRACTION98.5915
3.839-3.9950.358160.242187X-RAY DIFFRACTION97.5962
3.995-4.170.35980.222190X-RAY DIFFRACTION98.5075
4.17-4.3720.179140.191174X-RAY DIFFRACTION98.4293
4.372-4.6050.30980.173176X-RAY DIFFRACTION98.3957
4.605-4.880.24430.186169X-RAY DIFFRACTION97.1751
4.88-5.2120.395140.211142X-RAY DIFFRACTION96.8944
5.212-5.6220.308110.207146X-RAY DIFFRACTION98.125
5.622-6.1460.22630.227136X-RAY DIFFRACTION96.5278
6.146-6.8520.11350.182120X-RAY DIFFRACTION95.4198
6.852-7.8743.05710.161107X-RAY DIFFRACTION94.7368
7.874-9.5530.0940.10597X-RAY DIFFRACTION96.1905
9.553-13.1450.12430.10473X-RAY DIFFRACTION93.8272
13.145-40.240.13320.19349X-RAY DIFFRACTION91.0714

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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