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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y8j | ||||||
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タイトル | Local structure of HCoV-HKU1C spike in complex with glycan | ||||||
![]() | Spike glycoprotein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HKU1C / spike / TMPRSS2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | ||||||
![]() | Lu, Y.C. / Zhang, X. / Wang, H.F. / Sun, L. / Yang, H.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: TMPRSS2 and glycan receptors synergistically facilitate coronavirus entry. 著者: Haofeng Wang / Xiaoce Liu / Xiang Zhang / Zhuoqian Zhao / Yuchi Lu / Dingzhe Pu / Zeyang Zhang / Jie Chen / Yajie Wang / Mengfei Li / Xuxue Dong / Yinkai Duan / Yujia He / Qiyu Mao / Hangtian ...著者: Haofeng Wang / Xiaoce Liu / Xiang Zhang / Zhuoqian Zhao / Yuchi Lu / Dingzhe Pu / Zeyang Zhang / Jie Chen / Yajie Wang / Mengfei Li / Xuxue Dong / Yinkai Duan / Yujia He / Qiyu Mao / Hangtian Guo / Haoran Sun / Yihan Zhou / Qi Yang / Yan Gao / Xiuna Yang / Hongzhi Cao / Luke Guddat / Lei Sun / Zihe Rao / Haitao Yang / ![]() ![]() 要旨: The entry of coronaviruses is initiated by spike recognition of host cellular receptors, involving proteinaceous and/or glycan receptors. Recently, TMPRSS2 was identified as the proteinaceous ...The entry of coronaviruses is initiated by spike recognition of host cellular receptors, involving proteinaceous and/or glycan receptors. Recently, TMPRSS2 was identified as the proteinaceous receptor for HCoV-HKU1 alongside sialoglycan as a glycan receptor. However, the underlying mechanisms for viral entry remain unknown. Here, we investigated the HCoV-HKU1C spike in the inactive, glycan-activated, and functionally anchored states, revealing that sialoglycan binding induces a conformational change of the NTD and promotes the neighboring RBD of the spike to open for TMPRSS2 recognition, exhibiting a synergistic mechanism for the entry of HCoV-HKU1. The RBD of HCoV-HKU1 features an insertion subdomain that recognizes TMPRSS2 through three previously undiscovered interfaces. Furthermore, structural investigation of HCoV-HKU1A in combination with mutagenesis and binding assays confirms a conserved receptor recognition pattern adopted by HCoV-HKU1. These studies advance our understanding of the complex viral-host interactions during entry, laying the groundwork for developing new therapeutics against coronavirus-associated diseases. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 39048MC ![]() 8y7xC ![]() 8y7yC ![]() 8y87C ![]() 8y88C ![]() 8y89C ![]() 8y8aC ![]() 8y8bC ![]() 8y8cC ![]() 8y8dC ![]() 8y8eC ![]() 8y8fC ![]() 8y8gC ![]() 8y8hC ![]() 8y8iC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 140242.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: isolate N5 / 遺伝子: S, 3 / 発現宿主: ![]() #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-MJJ / | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: HKU1C spike with sialoglycan / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120295 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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