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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y8i | ||||||
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タイトル | Structure of HCoV-HKU1C spike in the glycan-activated-3up conformation | ||||||
要素 | Spike glycoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HKU1C / spike / TMPRSS2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human coronavirus HKU1 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, Y.C. / Zhang, X. / Wang, H.F. / Sun, L. / Yang, H.T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: TMPRSS2 and glycan receptors synergistically facilitate coronavirus entry. 著者: Haofeng Wang / Xiaoce Liu / Xiang Zhang / Zhuoqian Zhao / Yuchi Lu / Dingzhe Pu / Zeyang Zhang / Jie Chen / Yajie Wang / Mengfei Li / Xuxue Dong / Yinkai Duan / Yujia He / Qiyu Mao / Hangtian ...著者: Haofeng Wang / Xiaoce Liu / Xiang Zhang / Zhuoqian Zhao / Yuchi Lu / Dingzhe Pu / Zeyang Zhang / Jie Chen / Yajie Wang / Mengfei Li / Xuxue Dong / Yinkai Duan / Yujia He / Qiyu Mao / Hangtian Guo / Haoran Sun / Yihan Zhou / Qi Yang / Yan Gao / Xiuna Yang / Hongzhi Cao / Luke Guddat / Lei Sun / Zihe Rao / Haitao Yang / 要旨: The entry of coronaviruses is initiated by spike recognition of host cellular receptors, involving proteinaceous and/or glycan receptors. Recently, TMPRSS2 was identified as the proteinaceous ...The entry of coronaviruses is initiated by spike recognition of host cellular receptors, involving proteinaceous and/or glycan receptors. Recently, TMPRSS2 was identified as the proteinaceous receptor for HCoV-HKU1 alongside sialoglycan as a glycan receptor. However, the underlying mechanisms for viral entry remain unknown. Here, we investigated the HCoV-HKU1C spike in the inactive, glycan-activated, and functionally anchored states, revealing that sialoglycan binding induces a conformational change of the NTD and promotes the neighboring RBD of the spike to open for TMPRSS2 recognition, exhibiting a synergistic mechanism for the entry of HCoV-HKU1. The RBD of HCoV-HKU1 features an insertion subdomain that recognizes TMPRSS2 through three previously undiscovered interfaces. Furthermore, structural investigation of HCoV-HKU1A in combination with mutagenesis and binding assays confirms a conserved receptor recognition pattern adopted by HCoV-HKU1. These studies advance our understanding of the complex viral-host interactions during entry, laying the groundwork for developing new therapeutics against coronavirus-associated diseases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8y8i.cif.gz | 621.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8y8i.ent.gz | 501.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8y8i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8y8i_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8y8i_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8y8i_validation.xml.gz | 99.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8y8i_validation.cif.gz | 147 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/8y8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/8y8i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39047MC 8y7xC 8y7yC 8y87C 8y88C 8y89C 8y8aC 8y8bC 8y8cC 8y8dC 8y8eC 8y8fC 8y8gC 8y8hC 8y8jC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 140242.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human coronavirus HKU1 (isolate N5) (ウイルス) 株: isolate N5 / 遺伝子: S, 3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ZME7 #2: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HKU1C spike with sialoglycan / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Human coronavirus HKU1 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89689 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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