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- PDB-8y7w: Thymidine Kinase from Staphylococcus aureus(COL strain) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y7w
タイトルThymidine Kinase from Staphylococcus aureus(COL strain)
要素Thymidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Native
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidine metabolic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidine kinase / Thymidine kinase, conserved site / Thymidine kinase / Thymidine kinase cellular-type signature. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ashraf, A. / Pal, R.K. / Hassan, M.I.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Indian Council of Medical ResearchNo.R.1201/06/2022-HR/E インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thymidine Kinase from Staphylococcus aureus(COL strain)
著者: Ashraf, A. / Pal, R.K. / Hassan, M.I.
履歴
登録2024年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3075
ポリマ－23,0741
非ポリマー2324
水1,15364
1
A: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,22720
ポリマ－92,2974
非ポリマー93016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area29460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.736, 71.736, 95.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

21A-451-

HOH

31A-456-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thymidine kinase


分子量: 23074.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tdk, SACOL2111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HE81, thymidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate 0.1M MES 10% V/V 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2023年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35 Å / Num. obs: 11525 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21.9 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 35.52
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 1126 / CC1/2: 0.983

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 10.939 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22735 560 4.9 %RANDOM
Rwork0.19258 ---
obs0.19436 10875 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å2-0 Å20 Å2
2--0.98 Å2-0 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1349 0 8 64 1421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0131383
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9121.6331872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.51.5813058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2995181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45322.0967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.97715242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4861510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3494.072718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3524.064717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.986.068895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9776.077896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8014.274665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8094.281661
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8976.3968
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.20574.3886110
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.20974.4256071
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 39 -
Rwork0.186 703 -
obs--88.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.008 Å / Origin y: 13.854 Å / Origin z: 12.557 Å
111213212223313233
T0.0955 Å2-0.0315 Å2-0.0337 Å2-0.0431 Å20.0001 Å2--0.033 Å2
L0.8087 °2-0.2664 °2-0.3725 °2-0.1333 °2-0.005 °2--1.3411 °2
S-0.0005 Å °0.0394 Å °-0.0358 Å °0.0618 Å °-0.0479 Å °-0.0122 Å °-0.2545 Å °-0.0085 Å °0.0484 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 194
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 303
3X-RAY DIFFRACTION1A401 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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