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- PDB-8y7s: Crystal structure of a benzaldehyde lyase mutant M6 from Herbicon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y7s
タイトルCrystal structure of a benzaldehyde lyase mutant M6 from Herbiconiux sp. SALV-R1
要素Thiamine pyrophosphate-binding protein
キーワードLYASE / benzaldehyde / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase complex / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine pyrophosphate enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Thiamine pyrophosphate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Herbiconiux sp. SALV-R1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Li, Y. / Zhang, Y.F. / Chen, Y.Y. / Liu, W.D. / Yao, P.Y. / Wu, Q.Q. / Zhu, D.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Manipulating Activity and Chemoselectivity of a Benzaldehyde Lyase for Efficient Synthesis of alpha-Hydroxymethyl Ketones and One-Pot Enantio-Complementary Conversion to 1,2-Diols
著者: Zhang, Y. / Li, Y. / Chen, Y. / Liu, W. / Zhao, Q. / Feng, J. / Yao, P. / Wu, Q. / Zhu, D.
履歴
登録2024年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine pyrophosphate-binding protein
B: Thiamine pyrophosphate-binding protein
C: Thiamine pyrophosphate-binding protein
D: Thiamine pyrophosphate-binding protein
E: Thiamine pyrophosphate-binding protein
F: Thiamine pyrophosphate-binding protein
G: Thiamine pyrophosphate-binding protein
H: Thiamine pyrophosphate-binding protein
I: Thiamine pyrophosphate-binding protein
J: Thiamine pyrophosphate-binding protein
K: Thiamine pyrophosphate-binding protein
L: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)705,93136
ポリマ－700,53512
非ポリマー5,39524
水14,196788
1
A: Thiamine pyrophosphate-binding protein
B: Thiamine pyrophosphate-binding protein
E: Thiamine pyrophosphate-binding protein
F: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,31012
ポリマ－233,5124
非ポリマー1,7988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24930 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area61160 Å2
手法PISA
2
C: Thiamine pyrophosphate-binding protein
D: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子

H: Thiamine pyrophosphate-binding protein
K: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,31012
ポリマ－233,5124
非ポリマー1,7988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area24880 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area60680 Å2
手法PISA
3
J: Thiamine pyrophosphate-binding protein
L: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子

G: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子

I: Thiamine pyrophosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,31012
ポリマ－233,5124
非ポリマー1,7988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_455-x-1/2,y+1/2,-z1
Buried area24560 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area61120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)333.789, 98.696, 231.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Thiamine pyrophosphate-binding protein


分子量: 58377.934 Da / 分子数: 12 / 変異: A27I, V29I, G417S,E549L, I552L, M533L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Herbiconiux sp. SALV-R1 (バクテリア)
遺伝子: HL652_19860
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6M5J4S0
#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 4000, 40% 1,2,6-Hexanetriol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 201314 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.307 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.322 / Χ2: 0.559 / Net I/σ(I): 2.2 / Num. measured all: 2121106
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.68-2.787.81.361196900.7010.9080.4681.4440.41898.7
2.78-2.899.61.157200630.8220.950.3731.2180.42799.8
2.89-3.0210.40.984200030.8670.9640.3111.0330.4399.9
3.02-3.1811.10.781201090.920.9790.2410.8190.445100
3.18-3.3810.80.57200480.9490.9870.1790.5990.468100
3.38-3.6410.90.37201610.9730.9930.1160.3880.511100
3.64-411.40.254201470.9870.9970.0780.2660.566100
4-4.5811.20.169201970.9920.9980.0520.1770.674100
4.58-5.7711.40.138202770.9940.9990.0430.1450.718100
5.77-5010.70.096206190.9970.9990.030.1010.85100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→29.19 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 9996 5 %
Rwork0.1887 --
obs0.191 199971 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48846 0 0 788 49634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00749862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18868217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5067448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0958147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0218980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.770.34519660.295318342X-RAY DIFFRACTION97
2.77-2.880.30829940.2518904X-RAY DIFFRACTION99
2.88-3.010.30249980.237618969X-RAY DIFFRACTION99
3.01-3.170.299410020.233619019X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.370.262510000.213819023X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.630.254810060.194819091X-RAY DIFFRACTION100
3.63-40.223710020.17619075X-RAY DIFFRACTION100
4-4.570.193710070.155619169X-RAY DIFFRACTION100
4.57-5.750.190210120.149619218X-RAY DIFFRACTION100
5.75-29.190.185310090.154419165X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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