PDB-8y74: Crystal structure of 9-mer peptide from H9N2 avian influenza viru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y74

タイトル

Crystal structure of 9-mer peptide from H9N2 avian influenza virus in complex with BF2*0201

要素

Beta-2-microglobulin
MHC class I alpha chain 2
Polymerase basic protein 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / chicken MHC / T cell recognition

機能・相同性

機能・相同性情報

ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / cap snatching / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / cap snatching / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / virion component / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / viral RNA genome replication / signaling receptor binding / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Jia, Y.S. / Ma, M.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Revealing novel and conservative T-cell epitopes with MHC B2 restriction on H9N2 avian influenza virus (AIV).
著者: Jia, Y. / Wu, Q. / Li, Y. / Ma, M. / Song, W. / Chen, R. / Yao, Y. / Nair, V. / Zhang, N. / Liao, M. / Dai, M.

履歴

登録	2024年2月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8y74.ent.gz	266.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	8y74_full_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示
XML形式データ	8y74_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	8y74_validation.cif.gz	42.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y74	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.51093/xrd-00227 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MHC class I alpha chain 2

B: Beta-2-microglobulin

C: Polymerase basic protein 2

D: MHC class I alpha chain 2

E: Beta-2-microglobulin

F: Polymerase basic protein 2

87 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.782, 76.553, 87.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.449, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MHC class I alpha chain 2 / MHC class I antigen / MHC class I glycoprotein / MHC class I molecule 分子量: 31095.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: An extra methionine at the N-terminal of both the A and D chains is encoded by the starting codon ATG. 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: BF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O46789
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11193.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド	Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3 分子量: 1217.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Influenza A virus (A/chicken/Bangladesh/19495/2013(H9N2)) (A型インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: A0A023PU38
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Imidazole pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 6,000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.532 Å / Num. obs: 65173 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4776 / CC_1/2: 0.438 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0425	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→43.532 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / WR_factor R_free: 0.252 / WR_factor R_work: 0.214 / SU B: 9.324 / SU ML: 0.12 / Average fsc free: 0.9581 / Average fsc work: 0.9694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2402	3321	5.097 %
R_work	0.2039	61831	-
all	0.206	-	-
obs	-	65152	99.951 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	-0.321 Å²
2-	-	0.233 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.293 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.532 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6091	0	0	251	6342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	6278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.826	8538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.592	1.774	12907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.874	5	745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.879	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.485	10	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.48	10	321
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.104	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.11	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.588	1.784	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.586	1.785	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.384	3.193	3743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.383	3.193	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.394	2.082	3271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.394	2.082	3272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.687	3.687	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.687	3.687	4796
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.911	17.855	6762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.869	17.81	6730

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.31	249	0.284	4516	0.286	4767	0.925	0.935	99.958	0.261
1.949-2.003	0.283	222	0.242	4483	0.244	4707	0.95	0.964	99.9575	0.208
2.003-2.061	0.255	224	0.226	4270	0.227	4498	0.962	0.968	99.9111	0.196
2.061-2.124	0.263	196	0.223	4230	0.225	4427	0.96	0.969	99.9774	0.194
2.124-2.193	0.292	218	0.232	4059	0.236	4280	0.947	0.967	99.9299	0.202
2.193-2.27	0.244	217	0.223	3901	0.224	4127	0.961	0.959	99.7819	0.202
2.27-2.355	0.3	193	0.239	3803	0.242	3998	0.952	0.968	99.95	0.209
2.355-2.451	0.271	216	0.219	3642	0.222	3859	0.958	0.974	99.9741	0.195
2.451-2.56	0.251	221	0.215	3481	0.217	3702	0.961	0.974	100	0.198
2.56-2.684	0.309	170	0.222	3340	0.226	3510	0.947	0.972	100	0.211
2.684-2.829	0.277	194	0.22	3221	0.223	3415	0.952	0.971	100	0.217
2.829-3	0.248	156	0.21	3007	0.212	3163	0.961	0.974	100	0.214
3-3.206	0.229	127	0.213	2880	0.213	3007	0.969	0.974	100	0.225
3.206-3.461	0.223	163	0.211	2610	0.212	2773	0.97	0.979	100	0.223
3.461-3.789	0.226	138	0.202	2441	0.203	2579	0.974	0.98	100	0.223
3.789-4.233	0.231	118	0.17	2207	0.173	2325	0.973	0.985	100	0.202
4.233-4.88	0.192	92	0.141	2007	0.143	2100	0.981	0.989	99.9524	0.182
4.88-5.958	0.212	74	0.177	1669	0.178	1743	0.98	0.986	100	0.215
5.958-8.347	0.241	81	0.203	1310	0.205	1391	0.971	0.981	100	0.252
8.347-43.532	0.141	52	0.195	753	0.191	805	0.987	0.977	100	0.275

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4175	0.6622	1.2851	0.9265	0.6001	2.9681	-0.0066	0.1213	0.0073	-0.071	0.0071	0.1204	0.2094	-0.1635	-0.0005	0.0652	0.0021	0.0127	0.0971	-0.0004	0.0663	-11.0965	5.2595	9.7474
2	1.8361	1.2688	0.3851	2.7094	1.4158	4.5257	0.0214	-0.0854	-0.0776	0.0581	-0.1265	0.2193	0.4312	-0.7273	0.1051	0.0711	-0.0484	-0.0065	0.1505	-0.0039	0.0462	-12.9844	5.3882	28.5479
3	4.1634	4.7041	0.0785	12.5542	-0.7855	2.1777	-0.0183	0.1914	0.1563	-0.3413	0.0592	0.5574	0.2097	-0.328	-0.0409	0.1474	-0.0032	-0.0312	0.2757	-0.0273	0.1842	-25.7565	0.1026	-2.8471
4	2.1153	-0.7641	0.5854	2.6179	0.3634	3.5377	-0.1521	-0.0631	0.1212	0.0395	-0.0391	-0.1894	-0.3878	-0.1848	0.1912	0.0497	0.0229	-0.0507	0.012	-0.0256	0.2289	-16.8026	-31.4442	40.2759
5	2.5541	-0.0635	1.3656	3.9444	1.5085	3.465	0.0505	0.0576	0.1389	-0.2554	-0.0481	0.0385	-0.1723	-0.2385	-0.0025	0.0903	0.043	-0.0073	0.1133	0.0285	0.1254	-27.8164	-32.286	24.9572
6	1.3702	-3.9902	-0.735	12.0444	2.4686	0.6817	-0.2796	-0.1793	0.0948	0.6752	0.2013	-0.0726	-0.0532	-0.139	0.0783	0.3796	0.1278	0.031	0.3338	-0.0758	0.2954	-23.698	-25.6557	58.5285
7	0.172	0.2231	-0.0405	0.3458	-0.0676	0.0183	-0.0309	0.0476	-0.0476	-0.0529	0.0485	0.0297	0.0214	-0.0331	-0.0176	0.1677	0.0288	-0.0182	0.2115	-0.0117	0.164	-11.5715	-6.3664	24.1307
8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
9	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
10	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
12	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
14	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
15	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
16	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
17	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
18	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
19	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
20	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
21	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
22	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
23	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
24	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
25	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
26	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
27	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
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29	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.158	0	0	0.158	0	0.158	0	0	0
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	0 - 271
2	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	0 - 271
3	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	A	0 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	A	0 - 271
5	X-RAY DIFFRACTION	29	ALL	A	0 - 271
6	X-RAY DIFFRACTION	36	ALL	A	0 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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