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Yorodumi- PDB-8y74: Crystal structure of 9-mer peptide from H9N2 avian influenza viru... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8y74 | ||||||
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Title | Crystal structure of 9-mer peptide from H9N2 avian influenza virus in complex with BF2*0201 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / chicken MHC / T cell recognition | ||||||
Function / homology | Function and homology information ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / cap snatching / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / cap snatching / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / virion component / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / viral RNA genome replication / signaling receptor binding / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular region / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) Influenza A virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Jia, Y.S. / Ma, M.L. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2024 Title: Revealing novel and conservative T-cell epitopes with MHC B2 restriction on H9N2 avian influenza virus (AIV). Authors: Jia, Y. / Wu, Q. / Li, Y. / Ma, M. / Song, W. / Chen, R. / Yao, Y. / Nair, V. / Zhang, N. / Liao, M. / Dai, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8y74.cif.gz | 421.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8y74.ent.gz | 266.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8y74.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8y74_validation.pdf.gz | 464.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8y74_full_validation.pdf.gz | 471.4 KB | Display | |
Data in XML | 8y74_validation.xml.gz | 30.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8y74_validation.cif.gz | 42.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y74 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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Experimental dataset #1 | Data reference: 10.51093/xrd-00227 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31095.564 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: An extra methionine at the N-terminal of both the A and D chains is encoded by the starting codon ATG. Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: BF2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O46789 #2: Protein | Mass: 11193.601 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: B2M / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P21611 #3: Protein/peptide | Mass: 1217.395 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Influenza A virus (A/chicken/Bangladesh/19495/2013(H9N2)) References: UniProt: A0A023PU38 #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Imidazole pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 6,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.979183 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 22, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979183 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→43.532 Å / Num. obs: 65173 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Redundancy: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4776 / CC1/2: 0.438 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→43.532 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.214 / SU B: 9.324 / SU ML: 0.12 / Average fsc free: 0.9581 / Average fsc work: 0.9694 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.149 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.556 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→43.532 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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