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- PDB-8y74: Crystal structure of 9-mer peptide from H9N2 avian influenza viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y74
タイトルCrystal structure of 9-mer peptide from H9N2 avian influenza virus in complex with BF2*0201
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I alpha chain 2
  • Polymerase basic protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / chicken MHC / T cell recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / virion component / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / MHC class I alpha chain 2 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jia, Y.S. / Ma, M.L. / Liao, M. / Dai, M.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Revealing novel and conservative T-cell epitopes with MHC B2 restriction on H9N2 avian influenza virus (AIV).
著者: Jia, Y. / Wu, Q. / Li, Y. / Ma, M. / Song, W. / Chen, R. / Yao, Y. / Nair, V. / Zhang, N. / Liao, M. / Dai, M.
履歴
登録2024年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月15日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I alpha chain 2
B: Beta-2-microglobulin
C: Polymerase basic protein 2
D: MHC class I alpha chain 2
E: Beta-2-microglobulin
F: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0136
ポリマ－87,0136
非ポリマー00
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.782, 76.553, 87.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.449, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I alpha chain 2 / MHC class I antigen / MHC class I glycoprotein / MHC class I molecule


分子量: 31095.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: An extra methionine at the N-terminal of both the A and D chains is encoded by the starting codon ATG.
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: BF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O46789
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11193.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 1217.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/chicken/Bangladesh/19495/2013(H9N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: A0A023PU38
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Imidazole pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.532 Å / Num. obs: 65173 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4776 / CC1/2: 0.438 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0425精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→43.532 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.214 / SU B: 9.324 / SU ML: 0.12 / Average fsc free: 0.9581 / Average fsc work: 0.9694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 3321 5.097 %
Rwork0.2039 61831 -
all0.206 --
obs-65152 99.951 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 39.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å2-0.321 Å2
2--0.233 Å20 Å2
3---0.293 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6091 0 0 251 6342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0126278
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.8268538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5921.77412907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8745745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.879548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48510972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.4810321
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21011
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1980.24954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22922
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.23148
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.110.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.180.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5881.7843007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5861.7853007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3843.1933743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3833.1933744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3942.0823271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3942.0823272
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6873.6874795
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6873.6874796
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.91117.8556762
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.86917.816730
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.9-1.9490.312490.28445160.28647670.9250.93599.9580.261
1.949-2.0030.2832220.24244830.24447070.950.96499.95750.208
2.003-2.0610.2552240.22642700.22744980.9620.96899.91110.196
2.061-2.1240.2631960.22342300.22544270.960.96999.97740.194
2.124-2.1930.2922180.23240590.23642800.9470.96799.92990.202
2.193-2.270.2442170.22339010.22441270.9610.95999.78190.202
2.27-2.3550.31930.23938030.24239980.9520.96899.950.209
2.355-2.4510.2712160.21936420.22238590.9580.97499.97410.195
2.451-2.560.2512210.21534810.21737020.9610.9741000.198
2.56-2.6840.3091700.22233400.22635100.9470.9721000.211
2.684-2.8290.2771940.2232210.22334150.9520.9711000.217
2.829-30.2481560.2130070.21231630.9610.9741000.214
3-3.2060.2291270.21328800.21330070.9690.9741000.225
3.206-3.4610.2231630.21126100.21227730.970.9791000.223
3.461-3.7890.2261380.20224410.20325790.9740.981000.223
3.789-4.2330.2311180.1722070.17323250.9730.9851000.202
4.233-4.880.192920.14120070.14321000.9810.98999.95240.182
4.88-5.9580.212740.17716690.17817430.980.9861000.215
5.958-8.3470.241810.20313100.20513910.9710.9811000.252
8.347-43.5320.141520.1957530.1918050.9870.9771000.275
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41750.66221.28510.92650.60012.9681-0.00660.12130.0073-0.0710.00710.12040.2094-0.1635-0.00050.06520.00210.01270.0971-0.00040.0663-11.09655.25959.7474
21.83611.26880.38512.70941.41584.52570.0214-0.0854-0.07760.0581-0.12650.21930.4312-0.72730.10510.0711-0.0484-0.00650.1505-0.00390.0462-12.98445.388228.5479
34.16344.70410.078512.5542-0.78552.1777-0.01830.19140.1563-0.34130.05920.55740.2097-0.328-0.04090.1474-0.0032-0.03120.2757-0.02730.1842-25.75650.1026-2.8471
42.1153-0.76410.58542.61790.36343.5377-0.1521-0.06310.12120.0395-0.0391-0.1894-0.3878-0.18480.19120.04970.0229-0.05070.012-0.02560.2289-16.8026-31.444240.2759
52.5541-0.06351.36563.94441.50853.4650.05050.05760.1389-0.2554-0.04810.0385-0.1723-0.2385-0.00250.09030.043-0.00730.11330.02850.1254-27.8164-32.28624.9572
61.3702-3.9902-0.73512.04442.46860.6817-0.2796-0.17930.09480.67520.2013-0.0726-0.0532-0.1390.07830.37960.12780.0310.3338-0.07580.2954-23.698-25.655758.5285
70.1720.2231-0.04050.3458-0.06760.0183-0.03090.0476-0.0476-0.05290.04850.02970.0214-0.0331-0.01760.16770.0288-0.01820.2115-0.01170.164-11.5715-6.366424.1307
80000000000000000.158000.15800.158000
90000000000000000.158000.15800.158000
100000000000000000.158000.15800.158000
110000000000000000.158000.15800.158000
120000000000000000.158000.15800.158000
130000000000000000.158000.15800.158000
140000000000000000.158000.15800.158000
150000000000000000.158000.15800.158000
160000000000000000.158000.15800.158000
170000000000000000.158000.15800.158000
180000000000000000.158000.15800.158000
190000000000000000.158000.15800.158000
200000000000000000.158000.15800.158000
210000000000000000.158000.15800.158000
220000000000000000.158000.15800.158000
230000000000000000.158000.15800.158000
240000000000000000.158000.15800.158000
250000000000000000.158000.15800.158000
260000000000000000.158000.15800.158000
270000000000000000.158000.15800.158000
280000000000000000.158000.15800.158000
290000000000000000.158000.15800.158000
300000000000000000.158000.15800.158000
310000000000000000.158000.15800.158000
320000000000000000.158000.15800.158000
330000000000000000.158000.15800.158000
340000000000000000.158000.15800.158000
350000000000000000.158000.15800.158000
360000000000000000.158000.15800.158000
370000000000000000.158000.15800.158000
380000000000000000.158000.15800.158000
390000000000000000.158000.15800.158000
400000000000000000.158000.15800.158000
410000000000000000.158000.15800.158000
420000000000000000.158000.15800.158000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA0 - 271
2X-RAY DIFFRACTION8ALLA0 - 271
3X-RAY DIFFRACTION15ALLA0 - 271
4X-RAY DIFFRACTION22ALLA0 - 271
5X-RAY DIFFRACTION29ALLA0 - 271
6X-RAY DIFFRACTION36ALLA0 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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