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- PDB-8y6m: The structure of Oryza sativa HKT2;1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y6m
タイトルThe structure of Oryza sativa HKT2;1
要素Cation transporter HKT2;1,Soluble cytochrome b562
キーワードPLANT PROTEIN / sodium/potassium sympoter / homodomer / transmembrane protein / BRIL-fused
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / inorganic cation transmembrane transport / sodium ion transport / electron transport chain / potassium ion transport / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cation transporter / Cation transport protein / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation transporter HKT2;1 / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Indica Group x Oryza nivara (イネ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Yang, G.H. / Gao, R. / Jia, Y.T. / Xu, X. / Fu, P. / Zhou, J.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171188 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the Oryza sativa cation transporters HKTs in salt tolerance.
著者: Ran Gao / Yutian Jia / Xia Xu / Peng Fu / Jiaqi Zhou / Guanghui Yang /
要旨: The high-affinity potassium transporters (HKTs), selectively permeable to either Na alone or Na/K, play pivotal roles in maintaining plant Na/K homeostasis. Although their involvement in salt ...The high-affinity potassium transporters (HKTs), selectively permeable to either Na alone or Na/K, play pivotal roles in maintaining plant Na/K homeostasis. Although their involvement in salt tolerance is widely reported, the molecular underpinnings of Oryza sativa HKTs remain elusive. In this study, we elucidate the structures of OsHKT1;1 and OsHKT2;1, representing two distinct classes of rice HKTs. The dimeric assembled OsHKTs can be structurally divided into four domains. At the dimer interface, a half-helix or a loop in the third domain is coordinated by the C-terminal region of the opposite subunit. Additionally, we present the structures of OsHKT1;5 salt-tolerant and salt-sensitive variants, a key quantitative trait locus associated with salt tolerance. The salt-tolerant variant of OsHKT1;5 exhibits enhanced Na transport capability and displays a more flexible conformation. These findings shed light on the molecular basis of rice HKTs and provide insights into their role in salt tolerance.
履歴
登録2024年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation transporter HKT2;1,Soluble cytochrome b562
B: Cation transporter HKT2;1,Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,0612
ポリマ－140,0612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Cation transporter HKT2;1,Soluble cytochrome b562 / OsHKT2 / 1 / Cation transporter HKT1 / OsHKT1 / Po-OsHKT1 / Cytochrome b-562


分子量: 70030.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa Indica Group x Oryza nivara (イネ), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HKT2;1, HKT1, OsI_023492, cybC / 発現宿主: Oryza sativa Indica Group (イネ) / 参照: UniProt: A2YGP9, UniProt: P0ABE7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of Oryza sativa HKT2;1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 192005 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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