PDB-8y68: the crystal structure of apo CASK-CaMK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y68

タイトル

the crystal structure of apo CASK-CaMK

要素

Peripheral plasma membrane protein CASK

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CASK / CaMK domain

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / GMP kinase activity / neurexin family protein binding / negative regulation of wound healing / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of neurotransmitter secretion / nuclear lamina / calcium ion import / Nephrin family interactions / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Li, W. / Feng, W.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the Ca2+/CaM-mediated regulation of CASK-CaMK
著者: Li, W.

履歴

登録	2024年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y68.cif.gz	267.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y68.ent.gz	216.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y68_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y68_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	8y68_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	8y68_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/8y68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/8y68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kmhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peripheral plasma membrane protein CASK

B: Peripheral plasma membrane protein CASK

76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peripheral plasma membrane protein CASK

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peripheral plasma membrane protein CASK

登録者が定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.490, 93.680, 139.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peripheral plasma membrane protein CASK / hCASK / Calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase / Protein lin-2 homolog 分子量: 38177.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASK, LIN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O14936, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (v/v) PEG6000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.84 Å / Num. obs: 40508 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / Num. unique obs: 2957 / CC_1/2: 0.676

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KMH

6kmh

解像度: 2.2→46.84 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	3797	4.96 %
R_work	0.2381	-	-
obs	0.2395	40386	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5024	0	0	116	5140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.493	6977
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.934	1939
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	747
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	897

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3633	139	0.4037	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.4786	139	0.4666	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.3831	144	0.3772	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.32	0.3843	140	0.3772	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.36	0.3292	139	0.3477	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.39	0.4347	139	0.3402	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.2882	142	0.3129	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.47	0.3025	141	0.2804	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.3167	142	0.2913	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.57	0.3265	138	0.2832	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.62	0.3166	147	0.2754	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.68	0.3369	137	0.2671	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.74	0.3319	143	0.2597	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.81	0.3091	140	0.25	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.88	0.2709	143	0.261	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.97	0.3282	146	0.2648	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.06	0.2933	139	0.2523	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.17	0.304	141	0.229	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.3	0.2942	142	0.2353	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.45	0.2279	140	0.2272	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.63	0.232	138	0.2263	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.86	0.2365	139	0.2102	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.16	0.2143	134	0.1887	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.57	0.1951	143	0.1782	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.24	0.2219	137	0.1837	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
5.24-6.59	0.1917	141	0.2138	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6-46.84	0.245	144	0.2132	2681	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8013	0.4888	-0.4167	5.8856	-1.1918	4.2848	0.2283	-0.1219	0.2728	0.9539	0.0068	-0.2088	-0.5559	0.0909	-0.1606	0.3954	-0.0036	0.01	0.255	0.006	0.3079	-13.5296	15.4843	59.3422
2	3.5172	-1.2683	1.283	2.5064	-0.9436	3.3355	-0.0488	-0.427	0.0966	-0.0088	0.009	-0.5625	-0.2688	0.0958	0.0227	0.2412	-0.042	0.004	0.5273	0.0035	0.4568	25.022	18.4075	35.0412
3	2.4184	-0.8018	0.171	5.4299	-0.7652	3.1355	0.0719	0.1732	-0.1666	-1.2174	0.0434	-0.1074	0.4205	-0.0666	-0.0683	0.4822	-0.0086	0.0002	0.2705	0.0084	0.2295	14.1997	15.214	10.2139
4	3.579	-1.9333	-1.0544	3.4879	1.3845	4.7355	-0.2859	0.0692	-0.1642	-0.6041	-0.1115	-0.7	0.1794	1.1815	0.2605	0.777	0.0056	0.1905	0.6126	0.1007	0.7697	27.8874	10.3914	14.7543
5	4.2088	1.9951	-1.5626	2.2899	-1.2381	4.0588	-0.1599	0.4494	-0.393	-0.0511	0.0708	-0.497	0.3221	0.0186	0.084	0.2516	0.0572	0.0197	0.4699	0.0131	0.5295	-4.6795	11.6823	35.1453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 99 through 326 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 5 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 288 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 289 through 326 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 98 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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