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- PDB-8y5o: E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state ... -

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8y5o

タイトル

E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin

要素

(30S ribosomal protein ...) x 20
(50S ribosomal protein ...) x 30
(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
(Transcription termination/antitermination protein ...) x 2
16S rRNA
23S rRNA
5S rRNA
Elongation factor G
Large ribosomal subunit protein uL1
Viomycin
mRNA
non-templete DNA strand
tRNA(Phe)
tRNA(fMet)
templete DNA strand

キーワード

RIBOSOME / RNA polymerase / translation / transcription / coupling / transcription-translation coupling / expressome

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / RNA polymerase complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / stringent response / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein complex oligomerization ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / RNA polymerase complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / stringent response / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein complex oligomerization / bacterial-type flagellum assembly / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / transcriptional attenuation / translation elongation factor activity / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / nitrate assimilation / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / translational initiation / DNA-templated transcription initiation / cell motility / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosome binding / response to heat / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / protein-containing complex assembly / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic large ribosomal subunit / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasmic translation / tRNA binding / protein dimerization activity / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / response to antibiotic / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / : / Translation elongation factor EFG/EF2 ...Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / : / Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Type-1 KH domain profile. / NusG, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Helix-hairpin-helix domain / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / S1 domain profile. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性

Viomycin / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / : / : / : / : / DNA / DNA (> 10) / polypeptide(D) ...Viomycin / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / : / : / : / : / DNA / DNA (> 10) / polypeptide(D) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Elongation factor G / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Transcription termination/antitermination protein NusA / Transcription termination/antitermination protein NusG / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å

データ登録者

Zhang, J. / Lu, G. / Wang, C. / Lin, J.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
著者: Zhang, J. / Lu, G. / Ebright, R.H. / Lin, J. / Wang, C.

履歴

登録	2024年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月13日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・詳細版	8y5o_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8y5o_validation.xml.gz	356.8 KB	表示
CIF形式データ	8y5o_validation.cif.gz	614 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/8y5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/8y5o	HTTPS FTP

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集合体

登録構造単位

A: 50S ribosomal protein L31

B: 50S ribosomal protein L32

C: 50S ribosomal protein L33

D: 50S ribosomal protein L34

E: 50S ribosomal protein L35

F: 50S ribosomal protein L36

G: 30S ribosomal protein S2

H: 30S ribosomal protein S3

I: 30S ribosomal protein S4

J: 30S ribosomal protein S5

K: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform

L: 30S ribosomal protein S7

M: 30S ribosomal protein S8

N: 30S ribosomal protein S9

O: 30S ribosomal protein S10

P: 30S ribosomal protein S11

Q: 30S ribosomal protein S12

R: 30S ribosomal protein S13

S: 30S ribosomal protein S14

T: 30S ribosomal protein S15

U: 30S ribosomal protein S16

V: 30S ribosomal protein S17

W: 30S ribosomal protein S18

X: 30S ribosomal protein S19

Y: 30S ribosomal protein S20

Z: 30S ribosomal protein S21

b: 50S ribosomal protein L2

c: 50S ribosomal protein L3

d: 50S ribosomal protein L4

e: 50S ribosomal protein L5

f: 50S ribosomal protein L6

g: 50S ribosomal protein L9

i: 50S ribosomal protein L11

j: 50S ribosomal protein L13

k: 50S ribosomal protein L14

l: 50S ribosomal protein L15

m: 50S ribosomal protein L16

n: 50S ribosomal protein L17

o: 50S ribosomal protein L18

p: 50S ribosomal protein L19

q: 50S ribosomal protein L20

r: 50S ribosomal protein L21

s: 50S ribosomal protein L22

t: 50S ribosomal protein L23

u: 50S ribosomal protein L24

v: 50S ribosomal protein L25

w: 50S ribosomal protein L27

x: 50S ribosomal protein L28

y: 50S ribosomal protein L29

z: 50S ribosomal protein L30

1: 23S rRNA

2: 5S rRNA

3: 16S rRNA

4: mRNA

8: templete DNA strand

9: non-templete DNA strand

A1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

A2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B1: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

B2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

W0: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

NA: Transcription termination/antitermination protein NusA

NG: Transcription termination/antitermination protein NusG

5: tRNA(Phe)

6: tRNA(fMet)

a: Large ribosomal subunit protein uL1

0: Elongation factor G

h: Viomycin

ヘテロ分子

2.81 MDa, 68 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 ABCDEFbcdefgijklmnopqrstuvwxyz

#1: タンパク質	50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL31-A 分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M9
#2: タンパク質	50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32 分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#3: タンパク質	50S ribosomal protein L33 / Large ribosomal subunit protein bL33 分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#4: タンパク質・ペプチド	50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34 分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#5: タンパク質	50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A 分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#6: タンパク質・ペプチド	50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B 分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6
#27: タンパク質	50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2 分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#28: タンパク質	50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3 分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#29: タンパク質	50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4 分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#30: タンパク質	50S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL5 分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#31: タンパク質	50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL6 分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#32: タンパク質	50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL9 分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#33: タンパク質	50S ribosomal protein L11 / Large ribosomal subunit protein uL11 分子量: 14894.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J7
#34: タンパク質	50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13 分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#35: タンパク質	50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14 分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#36: タンパク質	50S ribosomal protein L15 分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#37: タンパク質	50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16 分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#38: タンパク質	50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein bL17 分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#39: タンパク質	50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18 分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#40: タンパク質	50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19 分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#41: タンパク質	50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20 分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#42: タンパク質	50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21 分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#43: タンパク質	50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22 分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#44: タンパク質	50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23 分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#45: タンパク質	50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24 分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#46: タンパク質	50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25 分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#47: タンパク質	50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27 分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#48: タンパク質	50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28 分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#49: タンパク質	50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29 分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#50: タンパク質	50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30 分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#7: タンパク質	30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#8: タンパク質	30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#9: タンパク質	30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS4 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#10: タンパク質	30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#11: タンパク質	30S ribosomal protein S6, fully modified isoform 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#12: タンパク質	30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#13: タンパク質	30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#14: タンパク質	30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#15: タンパク質	30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription termination/antitermination protein NusE 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#16: タンパク質	30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#17: タンパク質	30S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein uS12 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#18: タンパク質	30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#19: タンパク質	30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#20: タンパク質	30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#21: タンパク質	30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#22: タンパク質	30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#23: タンパク質	30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS18 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#24: タンパク質	30S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein uS19 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#25: タンパク質	30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#26: タンパク質	30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 123456

#51: RNA鎖	23S rRNA 分子量: 941611.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1929590828
#52: RNA鎖	5S rRNA 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: NR_103249
#53: RNA鎖	16S rRNA 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1789840096
#54: RNA鎖	mRNA 分子量: 14747.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#63: RNA鎖	tRNA(Phe) 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / プラスミド: pBS -Phe / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845258627
#64: RNA鎖	tRNA(fMet) 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / プラスミド: pBS-fMet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845258627

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 89

#55: DNA鎖	templete DNA strand 分子量: 11230.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#56: DNA鎖	non-templete DNA strand 分子量: 11473.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 A1A2B1B2W0

#57: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoA / プラスミド: pVS10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#58: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoC / プラスミド: pVS10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#59: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 プラスミド: pVS10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#60: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / プラスミド: pVS10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase

-
Transcription termination/antitermination protein ... , 2種, 2分子 NANG

#61: タンパク質	Transcription termination/antitermination protein NusA / N utilization substance protein A / Transcription termination/antitermination L factor 分子量: 54932.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: nusA, b3169, JW3138 / プラスミド: pET28a-NusA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFF6
#62: タンパク質	Transcription termination/antitermination protein NusG 分子量: 20560.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: nusG, b3982, JW3945 / プラスミド: pIA247 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFG0

#61: タンパク質

Transcription termination/antitermination protein NusA / N utilization substance protein A / Transcription termination/antitermination L factor

分子量: 54932.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: nusA, b3169, JW3138 / プラスミド: pET28a-NusA / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFF6

#62: タンパク質

Transcription termination/antitermination protein NusG

分子量: 20560.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: nusG, b3982, JW3945 / プラスミド: pIA247 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFG0

-
タンパク質 , 2種, 2分子 a0

#65: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL1 / 50S ribosomal protein L1 分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0
#66: タンパク質	Elongation factor G / EF-G 分子量: 79069.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fusA, far, fus, b3340, JW3302 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6M8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

#65: タンパク質

Large ribosomal subunit protein uL1 / 50S ribosomal protein L1

分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0

#66: タンパク質

Elongation factor G / EF-G

分子量: 79069.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fusA, far, fus, b3340, JW3302 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6M8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
Polypeptide(D) , 1種, 1分子 h

#67: Polypeptide(D)	Viomycin タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 703.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Viomycin

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#68: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#69: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#70: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験情報

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Ternary complex of transcription-translation coupling complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#67 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量	値: 3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 47 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35620 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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