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- PDB-8y57: Anti MDMA antibody 1bB11 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y57
タイトルAnti MDMA antibody 1bB11 complex
要素
  • Heavy chain of 1bB11
  • Light chain of 1bB11
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Ecstasy
機能・相同性Chem-B41
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cheon, G. / Lee, Y. / Lee, S.
資金援助 韓国, 5件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A5A1014560 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00223552 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4022936 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020M3A9E4038938 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1A2C100988211 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of an antibody specifically recognizing 3,4-methyl enedioxy methamphetamine through the epoxide moiety.
著者: Cheon, G. / Hwang, D. / Le, T.C. / Lee, Y. / Han, E. / An, S. / Jung, Y. / Chung, H. / Lee, S.
履歴
登録2024年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Heavy chain of 1bB11
D: Light chain of 1bB11
A: Heavy chain of 1bB11
B: Light chain of 1bB11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5975
ポリマ－97,4044
非ポリマー1931
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)254.120, 254.120, 254.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Space group name HallI4bd2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z+1/2,x
#11: z,-x,-y+1/2
#12: -y+1/2,z,-x
#13: -z,-x+1/2,y
#14: -z+1/2,x,-y
#15: y,-z,-x+1/2
#16: x,-y,-z+1/2
#17: -x+1/2,y,-z
#18: -x,-y+1/2,z
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
#25: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#26: x+3/4,-z+3/4,y+5/4
#27: x+3/4,z+5/4,-y+5/4
#28: z+3/4,y+5/4,-x+5/4
#29: -z+3/4,y+5/4,x+3/4
#30: -y+3/4,x+5/4,z+3/4
#31: y+3/4,-x+3/4,z+5/4
#32: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#33: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#34: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#35: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#36: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#37: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#38: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#39: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#40: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#41: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#42: -x+1/2,-y+1,z+1/2
#43: y+3/4,x+5/4,-z+5/4
#44: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#45: z+3/4,-y+3/4,x+5/4
#46: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#47: -x+3/4,z+5/4,y+3/4
#48: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of 1bB11


分子量: 24889.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pSF vector / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of 1bB11


分子量: 23812.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pSF vector / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-B41 / (2S)-1-(1,3-benzodioxol-5-yl)-N-methylpropan-2-amine / 3,4 methylenedioxy-n-methylamphetamine / MDMA / Ecstasy / MDMA


分子量: 193.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 44%(v/v) PEG-400, pH 7.0 imidazole, 0.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.84 Å / Num. obs: 23445 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 75.9 % / Biso Wilson estimate: 84.3 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.303 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.305 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.314 Å / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 16.3 / Num. unique obs: 1142 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.305

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-2000v717データ削減
HKL-2000v717データスケーリング
PHENIX1.19_4092位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→49.84 Å / SU ML: 0.4896 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.1716
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3011 2000 8.54 %
Rwork0.2427 21420 -
obs0.2476 23420 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6411 0 14 0 6425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00186570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46228931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04041005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.65062336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.280.38971390.34111497X-RAY DIFFRACTION99.88
3.28-3.360.35111410.31771499X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.460.3841410.29191509X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.570.32291390.27991496X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.70.32311410.29351513X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.850.35551410.27241508X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.030.32611410.25471509X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.240.3341420.24351528X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.50.27971420.21611513X-RAY DIFFRACTION100
4.5-4.850.261430.20171530X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.340.22941430.20611532X-RAY DIFFRACTION100
5.34-6.110.31611450.23511559X-RAY DIFFRACTION100
6.11-7.690.28931460.25051564X-RAY DIFFRACTION100
7.7-49.840.27961560.21831663X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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