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万見
- PDB-8y4z: Monomeric HERC5 HECT c-lobe structure in solution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y4z
タイトルMonomeric HERC5 HECT c-lobe structure in solution
要素E3 ISG15--protein ligase HERC5
キーワードLIGASE / PROTEIN / HECT ligase / E3 / Ubiquitin / ISG15 / ISGylation
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / regulation of defense response to virus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism / ubiquitin-protein transferase activity ...ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / regulation of defense response to virus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / protein ubiquitination / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ISG15--protein ligase HERC5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Dag, C. / Lambert, M. / Kahraman, K. / Lohn, F. / Lee, W. / Gocenler, O. / Guntert, P. / Dotsch, V.
資金援助 トルコ, 米国, European Union, 4件
組織認可番号国
Other government120Z594 トルコ
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-2051595 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1902076 米国
European Union (EU)iNEXT DISCOVERY Horizon 2020- 871037European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Monomeric HERC5 HECT c-lobe structure in solution
著者: Dag, C. / Lambert, M. / Kahraman, K. / Lohn, F. / Lee, W. / Gocenler, O. / Guntert, P. / Dotsch, V.
履歴
登録2024年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ISG15--protein ligase HERC5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4451
ポリマ－13,4451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 E3 ISG15--protein ligase HERC5 / Cyclin-E-binding protein 1 / HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 5


分子量: 13445.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HERC5, CEB1, CEBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UII4, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic22D 1H-15N HSQC
121anisotropic23D HNCO
131anisotropic23D HN(CA)CO
141anisotropic23D HN(CA)CB
151anisotropic23D HN(COCA)CB
1111anisotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1101anisotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
191anisotropic13D 1H-15N NOESY
181anisotropic53D H(CCO)NH
171anisotropic53D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 2 mM TCEP, 20 uM DSS, 95% H2O/5% D2O
Label: 1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
3 mMDTTnatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
20 uMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 1 / pH: 7.4 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9501
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9002
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO12003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8004
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Lee精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leechemical shift assignment
Poky3.98.15Manthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leeデータ解析
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leepeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics7
torsion angle dynamics1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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