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万見
- PDB-8y4l: The ACID domain of aMED25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y4l
タイトルThe ACID domain of aMED25
要素Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
キーワードTRANSCRIPTION / Activator-interacting domain / transcription activation / plant protein
機能・相同性
機能・相同性情報


trichome papilla formation / trichome branching / positive regulation of defense response / response to red light / regulation of flower development / positive regulation of flower development / red, far-red light phototransduction / jasmonic acid mediated signaling pathway / flower development / response to far red light ...trichome papilla formation / trichome branching / positive regulation of defense response / response to red light / regulation of flower development / positive regulation of flower development / red, far-red light phototransduction / jasmonic acid mediated signaling pathway / flower development / response to far red light / mediator complex / defense response to fungus / transcription coactivator activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / na
データ登録者Xiong, Y. / Zhu, J. / Yang, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21991082 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21921004 中国
Chinese Academy of SciencesXDB0540203 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ACID domain of aMED25
著者: Xiong, Y. / Zhu, J. / Yang, Y.
履歴
登録2024年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5221
ポリマ－14,5221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25 / AtMED25 / Phytochrome and flowering time 1 protein / Phytochrome and flowering time regulatory protein 1


分子量: 14521.814 Da / 分子数: 1 / 断片: ACID domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MED25, MED25_1, PFT1, At1g25540, F2J7.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7XYY2
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D CBCA(CO)NH
1131isotropic13D HBHA(CO)NH
1121isotropic1CC(CO)NH
1111isotropic33D 1H-15N NOESY
1141isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1101isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 500 mM NA- sodium chloride, 50 mM NA- NaH2PO4, 2 % NA- sodium azide, 5 uM NA- DTT, 4.0 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C,15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 mMsodium chlorideNA-1
50 mMNaH2PO4NA-1
2 %sodium azideNA-1
5 uMDTTNA-1
4.0 mg/mLProtein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態イオン強度: 1 M / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8503

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
FMCGUIBrunger精密化
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: na / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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