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万見
- PDB-8y47: Crystal Structure of SCAB1 in complex with CKL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y47
タイトルCrystal Structure of SCAB1 in complex with CKL2
要素
  • Casein kinase 1-like protein 2
  • Stomatal closure-related actin-binding protein 1
キーワードPLANT PROTEIN / cytoskeleton / plant / actin-binding / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AS1 kinase activity / regulation of stomatal movement / actin filament organization / actin binding / cytoskeleton / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stomatal closure-related actin-binding protein, coiled-coil domain / Stomatal closure-related actin-binding protein, actin-binding domain / : / Stomatal closure-related actin-binding protein / Stomatal closure-related actin-binding protein, PH domain / Ig domain of plant-specific actin-binding protein / Actin-binding domain of plant-specific actin-binding protein / Coiled-coil regions of plant-specific actin-binding protein / PH domain of plant-specific actin-binding protein / : ...Stomatal closure-related actin-binding protein, coiled-coil domain / Stomatal closure-related actin-binding protein, actin-binding domain / : / Stomatal closure-related actin-binding protein / Stomatal closure-related actin-binding protein, PH domain / Ig domain of plant-specific actin-binding protein / Actin-binding domain of plant-specific actin-binding protein / Coiled-coil regions of plant-specific actin-binding protein / PH domain of plant-specific actin-binding protein / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Stomatal closure-related actin-binding protein 1 / Casein kinase 1-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, W. / Ye, K.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB0570000 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010201 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of SCAB1 in complex with CKL2
著者: Zhang, W. / Ye, K.
履歴
登録2024年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stomatal closure-related actin-binding protein 1
B: Casein kinase 1-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9692
ポリマ－26,9692
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.378, 63.907, 89.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Stomatal closure-related actin-binding protein 1


分子量: 24874.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SCAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O48791
#2: タンパク質・ペプチド Casein kinase 1-like protein 2 / Protein CASEIN KINASE I-LIKE 2


分子量: 2095.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CKL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAI5, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0 and 30% jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14473 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 27.75
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 707

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 4.635 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24516 708 5 %RANDOM
Rwork0.19196 ---
obs0.19456 13396 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→19.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1659 0 0 95 1754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.071.9592269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1233728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2855212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76123.47869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.09715289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7761511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4072.288866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4062.284865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5963.3851072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5943.391073
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7182.755819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7162.757820
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7163.9391198
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.70418.5421796
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.68218.4321778
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 60 -
Rwork0.224 957 -
obs--98.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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