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万見
- PDB-8y3z: VcFadRqm, Genetically engineered mutants of Vibrio cholerae fadR,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y3z
タイトルVcFadRqm, Genetically engineered mutants of Vibrio cholerae fadR, in Complex with DNA
要素
  • (DNA (31-MER)) x 2
  • Fatty acid metabolism regulator protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Fatty acid metabolism regulator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tsui, W. / Shi, W. / Ma, J.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The unexpected conformational and functional change upon disruption of the additional fatty acyl-CoA ligand binding in Vibrio cholerae FadR
著者: Tsui, W. / Shi, W.
履歴
登録2024年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid metabolism regulator protein
B: Fatty acid metabolism regulator protein
C: DNA (31-MER)
D: DNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3687
ポリマ－83,0864
非ポリマー2823
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.303, 99.303, 225.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fatty acid metabolism regulator protein


分子量: 32010.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: fadR, BC353_03540, D6U24_01375, ERS013165_00302, ERS013186_01100, ERS013201_00358, EYB64_05555, F0H40_07700, F0M16_02315, FLM02_10025, FLM12_09940, I7465_02975
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A085QQF2

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9448.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#3: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9617.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)

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非ポリマー , 3種, 44分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: in cell / pH: 7.5 / 詳細: 16%(w/v)PEG8000,40mM KH2PO4,20%(v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月25日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 39938 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.52 % / Biso Wilson estimate: 71.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0117 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Num. unique obs: 35669 / CC1/2: 0.01 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-30007.21データ削減
HKL-30007.21データスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→29.81 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2419 2047 5.13 %RANDOM
Rwork0.2345 ---
obs0.2349 39938 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4378 1265 16 41 5700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1968276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.8082282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095901
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008853
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.35411250.36532509X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.620.41271430.34692458X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.690.36161240.33522499X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.770.2981290.32192479X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.860.3451450.31342476X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.960.34541320.3042485X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.080.33631370.31862499X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.220.32351510.3082479X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.390.30051500.29352467X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.60.26651270.2712526X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.880.27661320.24692530X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.270.22281270.21252560X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.890.18491420.19082551X-RAY DIFFRACTION100
4.89-6.150.20251490.20822605X-RAY DIFFRACTION100
6.15-29.810.18071340.17992768X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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