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- PDB-8y38: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus 70S ribosome (strain 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y38
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus 70S ribosome (strain 15B196) in complex with MCX-190.
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 28
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 19
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S14/S29 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S15, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL19
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Li, Y. / Lu, G. / Li, J. / Pei, X. / Lin, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130063 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Synthetic macrolides overcoming MLSK-resistant pathogens.
著者: Cong-Xuan Ma / Ye Li / Wen-Tian Liu / Yun Li / Fei Zhao / Xiao-Tian Lian / Jing Ding / Si-Meng Liu / Xie-Peng Liu / Bing-Zhi Fan / Li-Yong Liu / Feng Xue / Jian Li / Jue-Ru Zhang / Zhao Xue / ...著者: Cong-Xuan Ma / Ye Li / Wen-Tian Liu / Yun Li / Fei Zhao / Xiao-Tian Lian / Jing Ding / Si-Meng Liu / Xie-Peng Liu / Bing-Zhi Fan / Li-Yong Liu / Feng Xue / Jian Li / Jue-Ru Zhang / Zhao Xue / Xiao-Tong Pei / Jin-Zhong Lin / Jian-Hua Liang /
要旨: Conventional macrolide-lincosamide-streptogramin B-ketolide (MLSK) antibiotics are unable to counter the growing challenge of antibiotic resistance that is conferred by the constitutive methylation ...Conventional macrolide-lincosamide-streptogramin B-ketolide (MLSK) antibiotics are unable to counter the growing challenge of antibiotic resistance that is conferred by the constitutive methylation of rRNA base A2058 or its G2058 mutation, while the presence of unmodified A2058 is crucial for high selectivity of traditional MLSK in targeting pathogens over human cells. The absence of effective modes of action reinforces the prevailing belief that constitutively antibiotic-resistant Staphylococcus aureus remains impervious to existing macrolides including telithromycin. Here, we report the design and synthesis of a novel series of macrolides, featuring the strategic fusion of ketolide and quinolone moieties. Our effort led to the discovery of two potent compounds, MCX-219 and MCX-190, demonstrating enhanced antibacterial efficacy against a broad spectrum of formidable pathogens, including A2058-methylated Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, and notably, the clinical Mycoplasma pneumoniae isolates harboring A2058G mutations which are implicated in the recent pneumonia outbreak in China. Mechanistic studies reveal that the modified quinolone moiety of MCX-190 establishes a distinctive secondary binding site within the nascent peptide exit tunnel. Structure-activity relationship analysis underscores the importance of this secondary binding, maintained by a sandwich-like π-π stacking interaction and a water-magnesium bridge, for effective engagement with A2058-methylated ribosomes rather than topoisomerases targeted by quinolone antibiotics. Our findings not only highlight MCX-219 and MCX-190 as promising candidates for next-generation MLSK antibiotics to combat antibiotic resistance, but also pave the way for the future rational design of the class of MLSK antibiotics, offering a strategic framework to overcome the challenges posed by escalating antibiotic resistance.
履歴
登録2024年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Large ribosomal subunit protein bL33B
2: Large ribosomal subunit protein bL34
3: Large ribosomal subunit protein bL35
4: Large ribosomal subunit protein bL36
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: Large ribosomal subunit protein uL2
D: Large ribosomal subunit protein uL3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
F: Large ribosomal subunit protein uL5
G: Large ribosomal subunit protein uL6
H: Large ribosomal subunit protein uL13
I: Large ribosomal subunit protein uL14
J: Large ribosomal subunit protein uL15
K: Large ribosomal subunit protein uL16
L: Large ribosomal subunit protein bL17
M: Large ribosomal subunit protein uL18
N: Large ribosomal subunit protein bL19
O: Large ribosomal subunit protein bL20
P: Large ribosomal subunit protein bL21
Q: Large ribosomal subunit protein uL22
R: Large ribosomal subunit protein uL23
S: Large ribosomal subunit protein uL24
T: Large ribosomal subunit protein bL25
U: Large ribosomal subunit protein bL27
V: Large ribosomal subunit protein bL28
W: Large ribosomal subunit protein uL29
X: Large ribosomal subunit protein uL30
Y: Large ribosomal subunit protein bL31B
Z: Large ribosomal subunit protein bL32
a: 16S ribosomal RNA
b: Small ribosomal subunit protein uS2
c: Small ribosomal subunit protein uS3
d: Small ribosomal subunit protein uS4
e: Small ribosomal subunit protein uS5
f: Small ribosomal subunit protein bS6
g: Small ribosomal subunit protein uS7
h: Small ribosomal subunit protein uS8
i: Small ribosomal subunit protein uS9
j: Small ribosomal subunit protein uS10
k: Small ribosomal subunit protein uS11
l: Small ribosomal subunit protein uS12
m: Small ribosomal subunit protein uS13
n: Small ribosomal subunit protein uS14B
o: Small ribosomal subunit protein uS15
p: Small ribosomal subunit protein bS16
q: Small ribosomal subunit protein uS17
r: Small ribosomal subunit protein bS18
s: Small ribosomal subunit protein uS19
t: Small ribosomal subunit protein bS20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,110,68563
ポリマ－2,109,42450
非ポリマー1,26113
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
Large ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 1234CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL33B / 50S ribosomal protein L33 2


分子量: 5684.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66232
#2: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5252.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66254
#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35


分子量: 7461.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66277
#4: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66300
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 29827.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P60433
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 23199.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P60450
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22364.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P61060
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 19731.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A083
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 19501.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A084
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A089
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A081
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P0A0F7
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L16


分子量: 15599.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A080
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 13583.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A087
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A085
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13104.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q8NX05
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13459.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66109
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A0Q2
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12857.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A079
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 10380.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A078
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11316.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P60736
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 10462.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A1S4
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 8911.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66134
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 6550.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66154
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7845.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66174
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6434.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P0A0G1
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31B / 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 6909.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66197
#30: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 5569.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66211

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa

#5: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 946121.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: GenBank: 1865318698
#6: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: GenBank: 1760048038
#31: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 500724.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: GenBank: 1747281577

-
Small ribosomal subunit protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst

#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 26588.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: A0A2X2M020
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66554
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66564
#35: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66580
#36: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S6


分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66596
#37: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66617
#38: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66631
#39: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14642.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66647
#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11598.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66335
#41: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66358
#42: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 16813.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: A0A133PZQ5
#43: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66389
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14B / 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66413
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A116
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S16


分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66441
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q8NVB4
#48: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: P66469
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 12319.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: A0A133PYC3
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A0R9

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非ポリマー , 3種, 17分子

#51: 化合物 ChemComp-A1D6G / 7-[4-[3-[[(1~{S},2~{R},5~{R},6~{S},7~{S},8~{R},9~{R},11~{R},13~{R},14~{R})-8-[(2~{S},3~{R},4~{S},6~{R})-4-(dimethylamino)-6-methyl-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-ethyl-9-methoxy-1,5,7,9,11,13-hexamethyl-4,12,16-tris(oxidanylidene)-3,17-dioxa-15-azabicyclo[12.3.0]heptadecan-6-yl]oxycarbonylamino]propoxy]but-1-ynyl]-1-methyl-4-oxidanylidene-quinoline-3-carboxylic acid / MCX-190


分子量: 969.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H72N4O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#52: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Staphylococcus aureus 70S ribosome (strain 15B196) in complex with MCX-190.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#50 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: 15B196
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47560 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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