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- PDB-8y30: Crystal structure of Staphylococcus aureus RecJ protein in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y30
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus RecJ protein in complex with Mg2+
要素Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
キーワードHYDROLASE / exonuclease / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ, C-terminal / Single-strand DNA-specific exonuclease, C terminal domain / Bacterial RecJ exonuclease / RecJ, OB domain / RecJ OB domain / : / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cheng, K.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100017 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270043 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Staphylococcus aureus RecJ
著者: Cheng, K. / Wang, Y.
履歴
登録2024年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
B: Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
C: Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,13618
ポリマ－257,1263
非ポリマー1,01015
水99155
1
A: Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0456
ポリマ－85,7091
非ポリマー3375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0456
ポリマ－85,7091
非ポリマー3375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0456
ポリマ－85,7091
非ポリマー3375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)199.313, 199.313, 62.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

-
要素

#1: タンパク質 Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ


分子量: 85708.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: recJ, C7M54_09320, DD547_01719, EP54_09380, EQ90_02295, FAF17_07585, GO736_02485, GO814_13090, GO942_04975, GQX37_04600, HMPREF3211_01788, NCTC10702_02567, NCTC13131_01854, SAHC1335_02661, ...遺伝子: recJ, C7M54_09320, DD547_01719, EP54_09380, EQ90_02295, FAF17_07585, GO736_02485, GO814_13090, GO942_04975, GQX37_04600, HMPREF3211_01788, NCTC10702_02567, NCTC13131_01854, SAHC1335_02661, SAMEA103891415_01718, SAMEA2076235_02465, SAMEA2078260_02401, SAMEA2078588_02434, SAMEA2078837_02538, SAMEA2080344_02433, SAMEA2081063_02523, SAMEA4008575_02672
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6HJB1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% peg 3350, 0.1 M (NH4)2SO4, 0.05 M MgSO4, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→99.66 Å / Num. obs: 68089 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 71.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 9925

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCdata processing
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→31 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.0042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 3492 5.13 %
Rwork0.2456 64546 -
obs0.2473 68038 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18036 0 51 55 18142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011118375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.512824864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10052862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02373207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.48366942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.840.43271330.34462550X-RAY DIFFRACTION96.34
2.84-2.880.35391020.33232597X-RAY DIFFRACTION98.18
2.88-2.920.32751060.32932619X-RAY DIFFRACTION100
2.92-2.970.36081290.32692565X-RAY DIFFRACTION97.61
2.97-3.010.3849940.34882603X-RAY DIFFRACTION97.58
3.01-3.070.33521160.34522624X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.120.36361900.34272543X-RAY DIFFRACTION98.52
3.12-3.180.38951120.32452575X-RAY DIFFRACTION98.53
3.18-3.250.30861180.31762618X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.320.34451470.30182618X-RAY DIFFRACTION97.67
3.32-3.390.34891140.29122569X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.480.3271500.30142604X-RAY DIFFRACTION98.64
3.48-3.570.31521840.28452520X-RAY DIFFRACTION99.52
3.57-3.680.32721580.27492631X-RAY DIFFRACTION99.25
3.68-3.80.30481940.27562486X-RAY DIFFRACTION99.26
3.8-3.930.31071410.26452595X-RAY DIFFRACTION98.59
3.93-4.090.29841260.2412619X-RAY DIFFRACTION99.89
4.09-4.270.29541520.2282563X-RAY DIFFRACTION98.8
4.27-4.50.25531510.22062577X-RAY DIFFRACTION99.27
4.5-4.780.23281170.21192600X-RAY DIFFRACTION99.74
4.78-5.150.21921190.21782611X-RAY DIFFRACTION99.2
5.15-5.660.30391730.25082579X-RAY DIFFRACTION99.49
5.66-6.480.26581710.25112532X-RAY DIFFRACTION98.87
6.48-8.130.20541470.20742585X-RAY DIFFRACTION99.31
8.14-310.18761480.15392563X-RAY DIFFRACTION98.05
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.3153383578 Å / Origin y: -89.8050954504 Å / Origin z: 18.8229931527 Å
111213212223313233
T0.528866575482 Å2-0.0371090179743 Å2-0.00219465290773 Å2-0.511905483641 Å20.0340368681258 Å2--0.468006135893 Å2
L0.139283333934 °2-0.036621328827 °20.0912851654452 °2-0.233922425289 °2-0.0111062817992 °2--0.0482628645313 °2
S0.00680458317126 Å °-0.0391704794533 Å °0.0253314079641 Å °-0.0387966368753 Å °-0.0458892138662 Å °0.0155389611856 Å °-0.0211559604497 Å °-0.0418401282845 Å °0.0430101615172 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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