PDB-8y2l: The Crystal Structure of Glucosyltransferase TcdB from Clostridio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y2l

タイトル

The Crystal Structure of Glucosyltransferase TcdB from Clostridioides difficile

要素

Glucosyltransferase TcdB

キーワード

TRANSFERASE / Glucosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.95 Å

データ登録者

Fan, S. / Wei, X. / Lv, R. / Wang, C. / Tang, M. / Jin, Y. / Yang, Z.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Glucosyltransferase TcdB from Clostridioides difficile
著者: Fan, S. / Wei, X. / Lv, R. / Wang, C. / Tang, M. / Jin, Y. / Yang, Z.

履歴

登録	2024年1月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y2l.cif.gz	346.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y2l.ent.gz	274.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucosyltransferase TcdB

B: Glucosyltransferase TcdB

C: Glucosyltransferase TcdB

ヘテロ分子

191 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.166, 268.755, 194.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: -2 - 539 / Label seq-ID: 1 - 542

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Glucosyltransferase TcdB 分子量: 63164.566 Da / 分子数: 3 / 変異: Y59C, E244G, S452A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: tcdB, toxB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P18177, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01M RbCl, 0.01M SrAc2, 0.01M CsAc, 0.01M BaAc2, 0.1M BES, TEA pH7.5, 12.5% PEG4,000, 20% 1,2,6- Hexanetriol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.95→49.15 Å / Num. obs: 36051 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 3.95→4.13 Å / Num. unique obs: 4300 / CC_1/2: 0.743

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.95→49.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 40.116 / SU ML: 0.525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.753 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3002	1789	4.966 %
R_work	0.244	34235	-
all	0.247	-	-
obs	-	36024	99.917 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 147.016 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.927 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.656 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.271 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.95→49.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13251	0	78	14	13343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	13587
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	12630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.801	1.83	18321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.319	1.775	29148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.76	5	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.079	5	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.762	10	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	9.106	10	720
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.039	0.2	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	15870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	12364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	6821
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	6928
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.05	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.062	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.076	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.413	14.656	6501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.411	14.656	6501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.592	26.361	8121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.592	26.362	8122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.36	15.139	7086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.346	15.132	7079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.409	27.777	10200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.409	27.777	10201
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.475	134.285	15681
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.475	134.284	15682
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.052	0.05	18369
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.048	0.05	18377
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.047	0.05	18439

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05159	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05159	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04783	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04783	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04681	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04681	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.95-4.052	0.375	133	0.312	2441	X-RAY DIFFRACTION	100
4.052-4.162	0.378	115	0.294	2454	X-RAY DIFFRACTION	100
4.162-4.282	0.286	130	0.265	2345	X-RAY DIFFRACTION	100
4.282-4.413	0.317	106	0.25	2334	X-RAY DIFFRACTION	100
4.413-4.556	0.265	100	0.252	2252	X-RAY DIFFRACTION	100
4.556-4.715	0.289	131	0.244	2128	X-RAY DIFFRACTION	100
4.715-4.891	0.316	130	0.245	2080	X-RAY DIFFRACTION	100
4.891-5.089	0.242	97	0.211	1986	X-RAY DIFFRACTION	100
5.089-5.312	0.208	119	0.205	1906	X-RAY DIFFRACTION	99.9506
5.312-5.568	0.246	122	0.216	1827	X-RAY DIFFRACTION	100
5.568-5.865	0.335	84	0.24	1766	X-RAY DIFFRACTION	100
5.865-6.216	0.392	81	0.243	1712	X-RAY DIFFRACTION	100
6.216-6.637	0.311	77	0.243	1562	X-RAY DIFFRACTION	100
6.637-7.158	0.219	89	0.206	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
7.158-7.825	0.253	58	0.207	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
7.825-8.721	0.263	67	0.216	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
8.721-10.018	0.256	44	0.202	1121	X-RAY DIFFRACTION	99.9142
10.018-12.144	0.371	37	0.21	967	X-RAY DIFFRACTION	100
12.144-16.673	0.399	36	0.24	768	X-RAY DIFFRACTION	100
16.673-49.15	0.365	33	0.494	485	X-RAY DIFFRACTION	99.6154

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