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万見
- PDB-8y21: Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB heter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y21
タイトルCrystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB hetero-dimer from Mycobacterium tuberculosis complexed with substrate Palmitoyl-CoA
要素((3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit ...) x 2
キーワードLYASE / fatty acid synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dehydratase subunit HadA-like / : / N-terminal of MaoC-like dehydratase / FAS1-like, dehydratase domain region / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PALMITIC ACID / (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / UPF0336 protein Rv0635
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.691 Å
データ登録者Ganguly, S.S. / Singh, B.K. / Saha, R. / De, S. / Das, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR40990/MED/29/1540/2020 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB hetero-dimer from Mycobacterium tuberculosis complexed with substrate Palmitoyl-CoA
著者: Ganguly, S.S. / Singh, B.K. / Saha, R. / De, S. / Das, A.K.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
D: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
E: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
F: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,36412
ポリマ－66,5534
非ポリマー1,8118
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.169, 78.303, 109.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit ... , 2種, 4分子 CDEF

#1: タンパク質 (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA


分子量: 18326.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0635 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFK1
#2: タンパク質 (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB


分子量: 14949.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0636 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WYY7

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非ポリマー , 4種, 198分子

#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 % / 解説: Long rod shaped crystal
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→36.85 Å / Num. obs: 65768 / % possible obs: 91.45 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01715 / Rpim(I) all: 0.01715 / Rrim(I) all: 0.02425 / Net I/σ(I): 24.48
反射 シェル解像度: 1.691→1.751 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1633 / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / Num. unique obs: 5380 / CC1/2: 0.932 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.1633 / Rrim(I) all: 0.231 / % possible all: 82.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
pointlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.691→33.95 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 --
Rwork0.2294 --
obs-65768 91.45 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.691→33.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4181 0 73 190 4444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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