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- PDB-8y20: Crystal structure of the Mcl-1 in complex with A-1210477 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y20
タイトルCrystal structure of the Mcl-1 in complex with A-1210477
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / MCL-1 / BAK / BH3
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / outer membrane-bounded periplasmic space / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900880 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82273496 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)819740748 中国
引用
ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2025
タイトル: Deciphering molecular specificity in MCL-1/BAK interaction and its implications for designing potent MCL-1 inhibitors.
著者: Wei, H. / Wang, H. / Xiang, S. / Wang, J. / Qu, L. / Chen, X. / Guo, M. / Lu, X. / Chen, Y.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Deciphering Molecular Specificity in MCL-1/BAK Interaction and Its Implications for Designing Potent MCL-1 Inhibitors
著者: Chen, Y. / Wei, H. / Wang, H. / Xiang, S. / Wang, J. / Qu, L. / Chen, X. / Guo, M. / Lu, X.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4183
ポリマ－57,2261
非ポリマー1,1922
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.100, 137.280, 38.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L- ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 57225.867 Da / 分子数: 1 / 変異: E173A,N174A,K240A,K391A,K394A,R398A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q07820
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-A1LXV / A-1210477 / 1668553-26-1


分子量: 850.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H55N7O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Magnesium Formate, 1mM Maltose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→38.66 Å / Num. obs: 27170 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1189 / Rpim(I) all: 0.03452 / Rrim(I) all: 0.1239 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.23→2.31 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.289 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 2601 / CC1/2: 0.89 / CC star: 0.971 / Rpim(I) all: 0.3645 / Rrim(I) all: 1.341 / % possible all: 99.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→38.66 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1997 7.35 %
Rwork0.1871 --
obs0.1912 27170 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 84 142 4178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8845627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1862437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.23-2.27550.30561410.2651784X-RAY DIFFRACTION99
2.2755-2.3370.27441370.24421731X-RAY DIFFRACTION99
2.337-2.40580.33211400.23811760X-RAY DIFFRACTION100
2.4058-2.48340.27441380.2351751X-RAY DIFFRACTION100
2.4834-2.57220.28761430.22631798X-RAY DIFFRACTION100
2.5722-2.67520.30131390.2131753X-RAY DIFFRACTION100
2.6752-2.79690.28891430.2121794X-RAY DIFFRACTION100
2.7969-2.94430.27531410.21711784X-RAY DIFFRACTION100
2.9443-3.12870.30881420.23021782X-RAY DIFFRACTION100
3.1287-3.37010.27771420.20391791X-RAY DIFFRACTION100
3.3701-3.7090.22631440.18351816X-RAY DIFFRACTION100
3.709-4.24510.21971450.16061832X-RAY DIFFRACTION100
4.2451-5.34620.18131470.14311843X-RAY DIFFRACTION100
5.3462-38.660.20821550.16121954X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2059-0.87170.33671.23330.18650.7009-0.0573-0.1434-0.08110.03750.1115-0.02940.00840.0985-0.04720.40140.02760.0240.28010.00380.2515-10.766848.803416.5846
21.3819-0.69320.23595.97010.42193.3601-0.02760.11090.016-0.41930.0254-0.0473-0.19140.1962-0.01450.2325-0.0384-0.0080.2617-0.00370.3108-17.51114.8096.7727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -195 through 160 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 161 through 321 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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