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- PDB-8y1y: Crystal structure of the Mcl-1 in complex with a long BH3 peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y1y
タイトルCrystal structure of the Mcl-1 in complex with a long BH3 peptide of BAK
要素
  • BH3 peptide from Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / MCL-1 / BAK / BH3
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis ...Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / B cell apoptotic process / cellular homeostasis / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / myeloid cell homeostasis / Bcl-2 family protein complex / porin activity / thymocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / BH3 domain binding / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / establishment of localization in cell / response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / positive regulation of neuron apoptotic process / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900880 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82273496 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)819740748 中国
引用
ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2025
タイトル: Deciphering molecular specificity in MCL-1/BAK interaction and its implications for designing potent MCL-1 inhibitors.
著者: Wei, H. / Wang, H. / Xiang, S. / Wang, J. / Qu, L. / Chen, X. / Guo, M. / Lu, X. / Chen, Y.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Deciphering Molecular Specificity in MCL-1/BAK Interaction and Its Implications for Designing Potent MCL-1 Inhibitors
著者: Chen, Y. / Wei, H. / Wang, H. / Xiang, S. / Wang, J. / Qu, L. / Chen, X. / Guo, M. / Lu, X.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: BH3 peptide from Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3663
ポリマ－20,3012
非ポリマー651
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area8410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.484, 59.187, 59.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17922.344 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 171-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド BH3 peptide from Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 2378.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16611
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.01M Nickel (II) Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 20% polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→39.47 Å / Num. obs: 12840 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1131 / Rpim(I) all: 0.05368 / Rrim(I) all: 0.1256 / Net I/σ(I): 10.31
反射 シェル解像度: 2.01→2.084 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 1255 / CC1/2: 0.783 / CC star: 0.937 / Rpim(I) all: 0.4786 / Rrim(I) all: 1.132 / % possible all: 99.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→39.47 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 2364 10.01 %
Rwork0.207 --
obs0.2115 12833 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1339 0 1 54 1394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6431858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.94188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.050.2991360.28971261X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.10.33761420.27221245X-RAY DIFFRACTION99
2.1-2.150.27771520.25261235X-RAY DIFFRACTION98
2.15-2.20.3041140.26251277X-RAY DIFFRACTION98
2.2-2.260.27551510.25311248X-RAY DIFFRACTION99
2.26-2.330.27631390.24741207X-RAY DIFFRACTION98
2.33-2.40.30581440.22371263X-RAY DIFFRACTION99
2.4-2.490.27751350.21751266X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.590.25061370.21641220X-RAY DIFFRACTION99
2.59-2.70.27411370.20381261X-RAY DIFFRACTION99
2.7-2.850.26291320.20951264X-RAY DIFFRACTION99
2.85-3.030.23651370.2171275X-RAY DIFFRACTION99
3.03-3.260.21021390.18781256X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.590.26591490.18561236X-RAY DIFFRACTION99
3.59-4.10.24121420.17241234X-RAY DIFFRACTION98
4.11-5.170.2061320.17231258X-RAY DIFFRACTION99
5.17-39.470.25241460.22241252X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.59130.2954-1.56953.9412-0.81132.96240.3363-0.64760.97220.5755-0.0850.2918-0.41650.0211-0.1710.3271-0.0010.04030.2931-0.06970.3021-0.44141.41112.8287
24.69961.6871-2.30214.6432-1.44551.6035-0.1745-0.7122-0.25780.2240.0017-0.45080.09440.43620.140.23390.0482-0.00840.354-0.04610.29990.0307-18.707-2.0056
34.19161.1686-0.72183.2301-1.17982.7379-0.0506-0.23760.03920.0913-0.0955-0.1993-0.06510.26130.07430.17870.00270.00650.1668-0.03820.18433.8098-5.6049-3.3125
42.3375-2.03881.90943.8699-3.92214.17660.16380.2524-0.1537-1.00540.07410.55930.4071-0.156-0.15240.2566-0.0261-0.03940.2334-0.03040.2455-2.4752-7.9536-15.8106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 172 through 223 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 224 through 254 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 255 through 320 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 73 through 92 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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