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万見
- PDB-8y1k: The cryo-EM structure of TdpAB in complex with AMPPNP and PT-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y1k
タイトルThe cryo-EM structure of TdpAB in complex with AMPPNP and PT-DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*C)-3')
  • TdpA
  • TdpB
キーワードTRANSLOCASE/DNA / DNA phosphorothioation / antiphage / translocase / nuclease / TRANSLOCASE-DNA complex
機能・相同性PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermus antranikianii DSM 12462 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen, T.A. / Qian, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2025
タイトル: A DNA phosphorothioation pathway via adenylated intermediate modulates Tdp machinery.
著者: Tianchen An / Qian Tan / Lixu Jiang / Li Liu / Xing Jiang / Liying Liu / Xiaofei Chang / Xihao Tian / Zixin Deng / Shuai Gao / Lianrong Wang / Shi Chen /
要旨: In prokaryotes, the non-bridging oxygen in the DNA sugar-phosphate backbone can be enzymatically replaced by a sulfur atom, resulting in phosphorothioate (PT) modification. However, the mechanism ...In prokaryotes, the non-bridging oxygen in the DNA sugar-phosphate backbone can be enzymatically replaced by a sulfur atom, resulting in phosphorothioate (PT) modification. However, the mechanism underlying the oxygen-to-sulfur substitution remains enigmatic. In this study, we discovered a hypercompact DNA phosphorothioation system, TdpABC, in extreme thermophiles. This DNA sulfuration process occurs through two sequential steps: an initial activation step by ATP to form an adenylated intermediate, followed by a substitution step where the adenyl group is replaced with a sulfur atom. Together with the TdpA-TdpB, the TdpABC system provides anti-phage defense by degrading PT-free phage DNA. Cryogenic electron microscopy structural analysis revealed that the TdpA hexamer binds one strand of encircled duplex DNA via hydrogen bonds arranged in a spiral staircase conformation. Nevertheless, the TdpAB-DNA interaction was sensitive to the hydrophobicity of the PT sulfur. PTs inhibit ATP-driven translocation and nuclease activity of TdpAB on self-DNA, thereby preventing autoimmunity.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: TdpA
A: TdpA
B: TdpA
E: TdpA
D: TdpA
C: TdpA
H: TdpB
G: TdpB
I: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)493,63513
ポリマ－492,11710
非ポリマー1,5193
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
TdpA


分子量: 66546.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus antranikianii DSM 12462 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 TdpB


分子量: 42757.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus antranikianii DSM 12462 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*A)-3')


分子量: 3613.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermus antranikianii DSM 12462 (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3711.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermus antranikianii DSM 12462 (バクテリア)
#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TdpAB in complex with AMPPNP and PT-DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Thermus antranikianii DSM 12462 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78868 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 100.95 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002634428
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.409746656
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03825035
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00295936
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.71634866

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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