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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y1k | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of TdpAB in complex with AMPPNP and PT-DNA | ||||||
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![]() | TRANSLOCASE/DNA / DNA phosphorothioation / antiphage / translocase / nuclease / TRANSLOCASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Chen, T.A. / Qian, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A DNA phosphorothioation pathway via adenylated intermediate modulates Tdp machinery. 著者: Tianchen An / Qian Tan / Lixu Jiang / Li Liu / Xing Jiang / Liying Liu / Xiaofei Chang / Xihao Tian / Zixin Deng / Shuai Gao / Lianrong Wang / Shi Chen / ![]() 要旨: In prokaryotes, the non-bridging oxygen in the DNA sugar-phosphate backbone can be enzymatically replaced by a sulfur atom, resulting in phosphorothioate (PT) modification. However, the mechanism ...In prokaryotes, the non-bridging oxygen in the DNA sugar-phosphate backbone can be enzymatically replaced by a sulfur atom, resulting in phosphorothioate (PT) modification. However, the mechanism underlying the oxygen-to-sulfur substitution remains enigmatic. In this study, we discovered a hypercompact DNA phosphorothioation system, TdpABC, in extreme thermophiles. This DNA sulfuration process occurs through two sequential steps: an initial activation step by ATP to form an adenylated intermediate, followed by a substitution step where the adenyl group is replaced with a sulfur atom. Together with the TdpA-TdpB, the TdpABC system provides anti-phage defense by degrading PT-free phage DNA. Cryogenic electron microscopy structural analysis revealed that the TdpA hexamer binds one strand of encircled duplex DNA via hydrogen bonds arranged in a spiral staircase conformation. Nevertheless, the TdpAB-DNA interaction was sensitive to the hydrophobicity of the PT sulfur. PTs inhibit ATP-driven translocation and nuclease activity of TdpAB on self-DNA, thereby preventing autoimmunity. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1008 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 670.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 129.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 189.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38837MC ![]() 8wetC ![]() 8wfdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66546.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 42757.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 3613.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() #4: DNA鎖 | | 分子量: 3711.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TdpAB in complex with AMPPNP and PT-DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78868 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 100.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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