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万見
- PDB-8y1j: Structure of the pyridoxal 5'-phosphate-dependent (PLP) threonine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y1j
タイトルStructure of the pyridoxal 5'-phosphate-dependent (PLP) threonine deaminase ilvA1 from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素L-threonine dehydratase
キーワードLYASE / Threonine deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / L-serine ammonia-lyase activity / threonine catabolic process / L-serine catabolic process / isoleucine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, biosynthetic / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / ACT-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
2-KETOBUTYRIC ACID / L-threonine dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jia, H. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structure and function of the pyridoxal 5'-phosphate-dependent (PLP) threonine deaminase IlvA1 from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Jia, H. / Chen, Y. / Chen, Y. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2024年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine dehydratase
B: L-threonine dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2365
ポリマ－110,9302
非ポリマー3063
水6,666370
1
A: L-threonine dehydratase
B: L-threonine dehydratase
ヘテロ分子

A: L-threonine dehydratase
B: L-threonine dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,47210
ポリマ－221,8604
非ポリマー6136
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area17920 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area73910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.062, 114.062, 191.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-881-

HOH

21B-717-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 L-threonine dehydratase / Threonine deaminase


分子量: 55464.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: ilvA1, ilvA, PA0331 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6G0, threonine ammonia-lyase
#2: 化合物 ChemComp-2KT / 2-KETOBUTYRIC ACID / 2-OXOBUTANOIC ACID / α-ケト酪酸


分子量: 102.089 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 15% (w/v) PEG-6000, 0.1 M Bicine/sodium hydroxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 64851 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 3185 / Rpim(I) all: 0.287

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.0.32精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 9.759 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20174 1992 3.1 %RANDOM
Rwork0.17261 ---
obs0.1735 62420 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å20 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7754 0 21 370 8145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0167930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2611.80410752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4551.56417441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7545.3071057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.83554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.783101293
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4123.3043980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4123.3043980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.375.9384968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.375.9384969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7123.573950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7123.5713951
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.926.4545785
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.06832.28796
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.04231.788710
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 147 -
Rwork0.207 4478 -
obs--98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54320.1398-0.66870.39270.02180.5579-0.02280.0301-0.0720.0356-0.03670.01840.0468-0.07410.05950.13020.0033-0.0030.0392-0.00140.017458.13231.65741.034
20.87320.7207-0.34191.4513-0.36670.510.0070.0501-0.03720.0058-0.02460.13460.0977-0.07630.01760.07970.03250.01960.1256-0.01220.040450.80345.48440.829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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