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- PDB-8xz0: Crystal complex structure of SARS-CoV-2 S bound to human ezrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xz0
タイトルCrystal complex structure of SARS-CoV-2 S bound to human ezrin
要素
  • Ezrin
  • Spike protein S2'
キーワードVIRAL PROTEIN/PROTEIN BINDING / SARS-CoV-2 / spike / ezrin-radixin-moesin / ERM / COVID-19 / cytoskeleton / VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


terminal web assembly / intestinal D-glucose absorption / protein localization to cell cortex / regulation of microvillus length / regulation of organelle assembly / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / postsynaptic actin cytoskeleton organization / positive regulation of early endosome to late endosome transport / microvillus assembly / membrane to membrane docking ...terminal web assembly / intestinal D-glucose absorption / protein localization to cell cortex / regulation of microvillus length / regulation of organelle assembly / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / postsynaptic actin cytoskeleton organization / positive regulation of early endosome to late endosome transport / microvillus assembly / membrane to membrane docking / Netrin-1 signaling / establishment of centrosome localization / uropod / astral microtubule organization / negative regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of protein localization to early endosome / : / cortical microtubule organization / filopodium assembly / protein-containing complex localization / positive regulation of multicellular organism growth / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / S100 protein binding / establishment of endothelial barrier / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / negative regulation of interleukin-2 production / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein kinase A binding / microvillus membrane / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / cortical cytoskeleton / microvillus / Recycling pathway of L1 / brush border / actin filament bundle assembly / immunological synapse / plasma membrane raft / cell adhesion molecule binding / ruffle / cellular response to cAMP / cell periphery / protein localization to plasma membrane / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction / actin filament / filopodium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor internalization / ruffle membrane / fibrillar center / apical part of cell / positive regulation of protein catabolic process / disordered domain specific binding / actin filament binding / regulation of cell shape / actin cytoskeleton / actin binding / ATPase binding / actin cytoskeleton organization / symbiont-mediated disruption of host tissue / microtubule binding / basolateral plasma membrane / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / vesicle / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endosome / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ciliary basal body / apical plasma membrane / cadherin binding / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / protein domain specific binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / positive regulation of gene expression / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses
類似検索 - 分子機能
Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain ...Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Ezrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.035 Å
データ登録者Wang, J.M. / Ma, W.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentNone 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal complex structure of SARS-CoV-2 S bound to human ezrin
著者: Wang, J.M. / Ma, W.F.
履歴
登録2024年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ezrin
B: Spike protein S2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5712
ポリマ－36,5712
非ポリマー00
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.507, 77.507, 55.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Ezrin / Cytovillin / Villin-2 / p81


分子量: 34982.477 Da / 分子数: 1 / 断片: FERM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EZR, VIL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15311
#2: タンパク質・ペプチド Spike protein S2'


分子量: 1588.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.22 M Magnesium acetate and 19% PEG 3350,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 18767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.7 % / CC1/2: 0.85 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Num. unique obs: 2092 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.035→34.662 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 1006 5.36 %
Rwork0.2148 --
obs0.217 18767 87.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.035→34.662 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2414 0 0 89 2503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9363365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5341482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0353-2.14250.3334400.2822773X-RAY DIFFRACTION27
2.1425-2.27680.30051010.27762515X-RAY DIFFRACTION85
2.2768-2.45250.28911810.25822851X-RAY DIFFRACTION100
2.4525-2.69920.29841870.25152848X-RAY DIFFRACTION100
2.6992-3.08960.2681630.23712913X-RAY DIFFRACTION100
3.0896-3.89170.27611490.20342905X-RAY DIFFRACTION99
3.8917-34.6620.21431850.18842956X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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