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万見
- PDB-8xyp: Cryo-EM structure of SAH-bound Tetrahymena DNA methyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xyp
タイトルCryo-EM structure of SAH-bound Tetrahymena DNA methyltransferase complex MTA1c
要素
  • MT-a70 family protein
  • Methyltransferase MT, putative
  • Myb-like DNA-binding domain protein
  • Transmembrane protein, putative
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA methyltransferase / DNA N6-methyladenine modification / chromatin regulation / gene regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / methyltransferase activity / methylation / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / Myb-like DNA-binding domain / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Transmembrane protein, putative / mRNA m(6)A methyltransferase / Myb-like domain-containing protein / Methyltransferase MT, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Xu, Q. / Shi, Z.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271264 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism for the substrate recognition by a eukaryotic DNA N-adenine methyltransferase complex.
著者: Qi Xu / Ying Xie / Zhubing Shi /
要旨: In eukaryotes, DNA N-methyladenine (6mA) modification plays important roles in various cellular functions, such as chromatin dynamics, gene expression regulation, and DNA damage response. It remains ...In eukaryotes, DNA N-methyladenine (6mA) modification plays important roles in various cellular functions, such as chromatin dynamics, gene expression regulation, and DNA damage response. It remains largely unknown how eukaryotic DNA 6mA methyltransferases (MTases) recognize their substrates. Here, we reported the structures of DNA-bound eukaryotic 6mA MTase complexes. The MTA1 complex (MTA1c) in ciliates is composed of MTA1, MTA9 (or MTA9-B), p1 and p2 subunits. Cryo-electron microscopy structures of MTA1c-DNA complexes reveal that DNA lies on the surface of the MTA1-MTA9/9-B dimer and is clamped by the p1 N-terminal region. The target deoxyadenosine is flipped out of the DNA duplex and approaches the catalytic center. Unmethylated and hemi-methylated DNA substrates bind MTA1c with differential conformational dynamics. Our structural and biochemical studies shed light on the activation and substrate recognition of MTA1c and provide a framework for understanding the molecular mechanism of DNA 6mA modification in eukaryotes.
履歴
登録2024年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MT-a70 family protein
B: Methyltransferase MT, putative
C: Myb-like DNA-binding domain protein
D: Transmembrane protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0045
ポリマ－143,6194
非ポリマー3841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 MT-a70 family protein


分子量: 43368.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
遺伝子: TTHERM_00704040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q22GC0
#2: タンパク質 Methyltransferase MT, putative


分子量: 41269.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
遺伝子: TTHERM_01005150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q22XT1
#3: タンパク質 Myb-like DNA-binding domain protein


分子量: 41937.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
遺伝子: TTHERM_00161750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q22VV9
#4: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 17043.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
遺伝子: TTHERM_00439330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7M8B9
#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrahymena MTA1c with SAH / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM K glutamate, 0.5 mM TCEP, 0.05% beta-OG
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 3634
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 372998 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 52.45 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00365419
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59987278
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0465772
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044934
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4331707

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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