PDB-8xyf: Crystal structure of Holo-PlyGRCS, a bacteriophage Endolysin in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xyf

タイトル

Crystal structure of Holo-PlyGRCS, a bacteriophage Endolysin in complex with Cold shock protein C

要素

Cold shock-like protein CspC
Endolysin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Peptidoglycan hydrolase / Cold shock protein / lytic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of termination of DNA-templated transcription / symbiont-mediated cytolysis of host cell / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / transcription antitermination factor activity, RNA binding / catalytic activity / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / nucleic acid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus phage GRCS (ファージ)

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Padmanabhan, B. / Gopinath, K. / Harshitha, H.N.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Structural Basis for the Essential Role of Ca 2+ in the Lytic Activity of Staphylococcus aureus PlyGRCS Endolysin Targeting Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus.
著者: Krishnappa, G. / Nagaraj, H. / SureshKumar, H.B. / Mandal, M. / Padavattan, S. / Bahubali, V.H. / Thiyagarajan, S. / Padmanabhan, B.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xyf.cif.gz	176.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xyf.ent.gz	114.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8xyf_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xyf_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	8xyf_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	8xyf_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endolysin

B: Cold shock-like protein CspC

ヘテロ分子

37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.100, 58.004, 75.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 121.550, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-154- HOH

#1: タンパク質	Endolysin 分子量: 29378.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus phage GRCS (ファージ) 遺伝子: GRCS_0015 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: W6EBY7
#2: タンパク質	Cold shock-like protein CspC / CSP-C 分子量: 7410.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: cspC, msmB, b1823, JW1812 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9Y6
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM MES, pH 6.0, 35% PEGMME 5K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月6日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 35134 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.31 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 35134 / CC_1/2: 0.605 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→25.16 Å / SU ML: 0.1855 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.0275
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	1760	5.02 %
R_work	0.1731	33305	-
obs	0.1749	35065	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→25.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2517	0	12	274	2803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	2672
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9111	3646
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0633	361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.9164	372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.72	0.3321	133	0.2889	2396	X-RAY DIFFRACTION	93.98
1.72-1.77	0.2799	126	0.2566	2516	X-RAY DIFFRACTION	97.63
1.77-1.82	0.2841	133	0.2119	2547	X-RAY DIFFRACTION	98.75
1.82-1.89	0.2187	135	0.2056	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.89-1.96	0.2424	139	0.1894	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.96-2.05	0.2059	132	0.1799	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.16	0.2323	136	0.1772	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.3	0.2186	140	0.1722	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.3-2.47	0.2307	136	0.1726	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.72	0.2018	135	0.1767	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.72-3.11	0.1927	138	0.1706	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.12-3.92	0.1942	139	0.1551	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.92-25.16	0.185	138	0.1553	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.81485153914	-0.210787195029	0.668777514552	1.95989638778	0.685857596414	2.17086520938	-0.0171759711319	-0.144523861548	0.0764168533422	-0.0660748524934	0.148488699868	-0.176908166699	-0.107566123328	0.08129833865	0.000860190693006	0.149607205838	-0.0211559168164	0.00723152787558	0.228181605726	-0.0382118109854	0.162986604953	4.59087765486	13.4339869183	24.0247453762
2	0.343964392634	-0.235380278281	-0.180445444195	0.225501352381	-0.0590660949895	0.520986627508	-0.158044903997	-0.340811716887	0.17885176966	0.344141184081	-0.209623401267	-0.15544304752	-0.214248311112	0.149138658813	-0.000701560037374	0.351817781833	0.0643813119443	-0.0107849122684	0.274700090264	0.0510317803996	0.437333109513	-25.0871997788	14.9936232782	10.4640393418
3	2.13119746808	-0.233409155558	0.119043326831	1.83002037244	-0.136744978765	1.65125501232	0.00179939673471	0.0669832141821	0.0286176384489	-0.0836805739853	0.0226658971749	0.0942703520901	-0.122512198865	-0.0216384197102	0.00254890316891	0.127826198966	0.0230782953156	0.0112015884893	0.0659378115822	-0.00626901347084	0.126655705793	-17.4445088955	5.55750502597	5.31412019319
4	0.141793576237	0.117982885163	0.0261165427778	0.120079502738	-0.0355148288865	0.138321053217	-0.0434903901643	-0.206179777687	-0.0722117659815	0.240102983753	0.0595301143913	0.290120569581	0.261663746423	-0.164022409718	0.000464695483143	0.316643706711	0.0695269966865	0.00897560569483	0.317136230945	0.0598970454248	0.255342800603	-8.1458385523	-14.3875542989	16.3623549554
5	0.305219105679	0.257714259259	-0.0536368913063	0.208978754082	-0.0436763740375	0.273606263544	0.116345610866	-0.237793939736	-0.0883383582172	0.0881628923974	-0.111992522833	-0.205587665505	0.192051071737	0.299884909755	-0.00115388157886	0.203303683464	0.0676165271156	0.0188892862344	0.23377908171	0.0436279555666	0.191046004541	-6.884986922	-9.6309325299	15.9325692266
6	0.486173442942	-0.040307119889	-0.0475784091249	0.445783466541	-0.471784597807	0.462187646077	-0.217317520825	-0.371483628809	0.0510793272237	-0.387700862688	0.0905853933305	0.187434948244	-0.0106704615683	-0.423861332316	-0.000498728432599	0.266559229225	0.065445833922	-0.0238897349365	0.3864227244	-0.0568868635721	0.23494490851	-7.15899532697	16.9082126793	26.4511010851
7	0.264810874883	0.0897421261473	-0.169168545668	0.0645465025175	0.0239191002174	0.260867910109	-0.0881394456383	-0.308083848927	-0.0402203891479	-0.24695908298	-0.0200195664498	-0.0258824356442	-0.0691964715825	-0.0404057174887	0.000337572529349	0.188477034396	-0.0115413604914	-0.0184688834075	0.258609956309	-0.0251810793364	0.173025399426	-4.41394392785	11.2417156267	20.6812079085
8	0.630980006816	-0.613073311036	-0.395403775436	0.965769340539	0.248247506741	0.8882683389	0.149583646245	0.0143214576749	-0.177485903051	0.149262808625	0.0379501606533	-0.0908740832043	0.355994642364	0.263588114828	0.00139933643305	0.192461301284	0.0136657041277	-0.0154129957772	0.173912646311	-0.00333141824509	0.172924102608	-2.51127272706	-10.4091507153	11.4129732763
9	0.322974020377	-0.210331894337	0.215692519545	0.158284624493	-0.296736845071	1.59419349218	-0.00813415633465	-0.209209254098	0.193762553474	0.157344378068	0.0239805666287	-0.178560218726	-0.504894875115	0.276878982373	-0.0234780057923	0.188615458223	0.122486213302	0.0444223420267	0.350237002899	0.0263296825114	0.250385905229	4.80138747537	-14.1019654574	10.3686727877

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 41 through 143 )	A	A	41 - 143	41 - 143
2	2	chain 'A' and (resid 144 through 163 )	A	A	144 - 163	144 - 163
3	3	chain 'A' and (resid 164 through 252 )	A	A	164 - 252	164 - 252
4	4	chain 'B' and (resid 49 through 57 )	B	C	49 - 57	47 - 55
5	5	chain 'B' and (resid 58 through 69 )	B	C	58 - 69	56 - 67
6	6	chain 'A' and (resid 1 through 23)	A	A	1 - 23	1 - 23
7	7	chain 'A' and (resid 26 through 40)	A	A	26 - 40	26 - 40
8	8	chain 'B' and (resid 3 through 38)	B	C	3 - 38	1 - 36
9	9	chain 'B' and (resid 43 through 48)	B	C	43 - 48	41 - 46

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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