+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xy0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Activity-stability trade-off observed in variants at position 315 of the GH10 xylanase XynR | ||||||
要素 | Endo-1,4-beta-xylanase A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GH10 / Alkaliphily / Alkaline resistance / Thermostability / Xylanase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus sp. TAR1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamura, T. / Takita, T. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Nakamura, S. / Yasukawa, K. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024 タイトル: Activity-stability trade-off observed in variants at position 315 of the GH10 xylanase XynR. 著者: Nakamura, T. / Takita, T. / Kuwata, K. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Nakamura, S. / Yasukawa, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xy0.cif.gz | 115.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8xy0.ent.gz | 70.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xy0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xy0_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8xy0_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xy0_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xy0_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8y1mC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42058.156 Da / 分子数: 1 / 変異: T315Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. TAR1 (バクテリア) / 遺伝子: xynA, BH2120 / プラスミド: pET-21B(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07528, endo-1,4-beta-xylanase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 % / 解説: thin plate |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9 / 詳細: 0.2 M ammonium iodide, 26% w/v PEG4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 26490 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.87 % / Biso Wilson estimate: 22.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 3206 / CC1/2: 0.829 / Rrim(I) all: 0.434 / % possible all: 71.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.27 Å / SU ML: 0.2001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8805 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.27 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|