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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8xx8 | |||||||||
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| Title | Structure of Glycilhalorhodopsin from Salinarimonas soli | |||||||||
Components | Rhodopsin | |||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / photoreceptor / anion pump / microbial rhodopsin | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationmonoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Salinarimonas soli (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.63 Å | |||||||||
Authors | Suzuki, K. / Ishizuka, T. / Konno, M. / Inoue, K. / Murata, T. | |||||||||
| Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2024Title: Light-driven anion-pumping rhodopsin with unique cytoplasmic anion-release mechanism. Authors: Ishizuka, T. / Suzuki, K. / Konno, M. / Shibata, K. / Kawasaki, Y. / Akiyama, H. / Murata, T. / Inoue, K. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8xx8.cif.gz | 712.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8xx8.ent.gz | 496 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8xx8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/8xx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/8xx8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABDEFC
| #1: Protein | Mass: 28077.568 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salinarimonas soli (bacteria) / Gene: F0L46_11385 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 142 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-LFA / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-OLA / #5: Chemical | ChemComp-RET / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.06 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 8 / Details: Li2SO4, NaCl, HEPES, PEG-200 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.052 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.052 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.63→48.06 Å / Num. obs: 123100 / % possible obs: 99.92 % / Redundancy: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 45.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 9.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.63→47.19 Å / SU ML: 0.3467 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.3356 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.63→47.19 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Salinarimonas soli (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Japan, 2items
Citation
PDBj












